任中，吳樸積極為其出謀獻策。安南既平，林希元為讒言所害，降官貶謫。吳樸也“功竟弗錄”，更坎坷的是回詔安后又遭誣陷，致“以他事下獄”。于是，吳樸憤而著書。他鍥而不舍，居然在獄中完成八卷巨著《龍飛紀略》。林希元在《龍飛紀略·序》中云：“吳子生長遐荒，糟糠不厭，仍能窮討旁搜，著為是記，良亦難矣。”《龍飛紀略》一書詳記“南海傍海諸國，磧外如西域大小部落，塞外如遼東興和、大寧、東勝，極徼國邑，海陸道路，遠近順逆，亦悉加考證”。對外邦各國，該書又詳記其土產(chǎn)、資源。書中，吳樸還不改初衷，依然提出暢開外貿(mào)的遠見卓識。該書于吳樸生前已付梓，北京圖書館、日本東洋文庫及法國遠東博古學(xué)院均有珍藏。

嘉靖十六年（1537年），吳樸重要著作問世，此即中國第一部刻印水路簿《渡海方程》。該書對鄭和七下西洋航海記錄和民間水路簿加以整理、考證，詳述海中諸國道里之數(shù)，及各地可供泊舟和不可泊之情況。《渡海方程》付印后被輾轉(zhuǎn)傳抄，又被改為《海道針經(jīng)》、《鄭和航海圖》等多種書名。后又被顧炎武《天下郡國利病書》所輯錄，對當時和后代的海上交通起了相當?shù)淖饔�。該書中文手稿今收藏于英國牛津大學(xué)波德林圖書館。吳樸平生著作尚有《皇明大事記》、《醫(yī)齒問難》、《九邊圖要》、《東南海外諸夷》、《復(fù)大寧河套諸計劃》和《校補三國志》等，但多散失。