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  • 魏冬青

    魏冬青(教授)

    魏冬青,男,上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院生物信息與生物統(tǒng)計(jì)系教授,博士生導(dǎo)師,副主任。主要研究方向?yàn)樯镄畔W(xué)、生物物理學(xué)。開(kāi)發(fā)了分子模擬與計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)軟件SAMM,構(gòu)建了多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù);首次從理論上證明了鐵電液晶的存在。主持國(guó)家863項(xiàng)目:“藥物代謝酶SNPs與藥物的類藥性一體化預(yù)測(cè)軟件的研究與開(kāi)發(fā)”, 兩個(gè)國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目, 完成5個(gè)國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目以及2個(gè)省部級(jí)重點(diǎn)項(xiàng)目。至今發(fā)表SCI文章100多篇,主編專著2本,9篇邀請(qǐng)?jiān)u述文章,參與13篇專著的有關(guān)章節(jié)編寫。


    個(gè)人簡(jiǎn)介

    性別:男

    職務(wù):上海交通大學(xué) 生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院 教授 博士生導(dǎo)師

    研究方向: 生物信息學(xué) 生物物理學(xué)

    社會(huì)兼職

    Springer期刊“Interdisciplinary Sciences u2013 Computational Life Sciences” (交叉科學(xué) u2013 計(jì)算生命科學(xué))主編,“Current Pharmaceutical Biotechnology”和“Current Drug Metabolism”,guest editor, “J. Atomic and Molecular Physics”Managing Editor, 國(guó)際交叉科學(xué)家聯(lián)合會(huì)主席(International Association of Scientists in The Interdisciplinary Areas(IASIA)),中國(guó)交叉科學(xué)學(xué)會(huì)副理事長(zhǎng)!癕olecular Simulation”, “Journal of Molecular Graphics and Modeling”, “原子分子物理學(xué)報(bào)” 等12家期刊編委。

    個(gè)人經(jīng)歷

    1987年7月在美屬波多黎各大學(xué)獲博士學(xué)位

    魏冬青

    1987年8月-1992年12月加拿大不列顛哥倫比亞大學(xué)做博士后研究和研究學(xué)者

    1993年1月-2006年2月加拿大計(jì)算及其應(yīng)用研究中心,任研究員

    2000年2月-2000年7月北京大學(xué)教授

    2000年8月-2006年2月蒙特利爾理工學(xué)院教授

    2002年1月起任加拿大康克迪亞大學(xué)分子設(shè)計(jì)研究中心成員(兼職)

    2003年1月-2006年1月,天津市及天津師大特聘教授(海河學(xué)者),天津大學(xué)博士生導(dǎo)師,生物信息與藥物開(kāi)發(fā)研究所所長(zhǎng)

    2006年2月起任上海交通大學(xué)生物信息與生物統(tǒng)計(jì)系教授,博士生導(dǎo)師,副主任,以及微生物代謝國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室成員

    研究領(lǐng)域

    生物信息學(xué),生物物理學(xué),計(jì)算以及理論化學(xué)物理學(xué)

    生物信息學(xué)

    開(kāi)發(fā)了分子模擬與計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)軟件SAMM,構(gòu)建了小分子數(shù)據(jù)庫(kù)(1500萬(wàn)), 中藥有效成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù), 藥物靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù),以及細(xì)胞色素P450酶多態(tài)性基因型-表型相關(guān)性數(shù)據(jù)庫(kù)。

    開(kāi)發(fā)了統(tǒng)計(jì)預(yù)測(cè)模型以及基于web的軟件工具并應(yīng)用到藥物構(gòu)效關(guān)系,藥物代謝動(dòng)力學(xué)和基因表型相關(guān)性的研究中。利用同源建模的方法預(yù)測(cè)出了多個(gè)蛋白質(zhì)的3D結(jié)構(gòu),豐富并完善了由序列到結(jié)構(gòu)的結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)方法。

    系統(tǒng)開(kāi)展了重要膜蛋白(Alpha7, PLN, M2 of Influenza A and B),DNA-蛋白體系(Sox2-Oct1-Hoxb1),以及重要工業(yè)用酶(脂肪酶T1 lipase) 的分子動(dòng)力學(xué)模擬研究,提出了DNA轉(zhuǎn)錄的Tethered-Hopping 模型,和藥物小分子調(diào)控離子通道開(kāi)關(guān)以及脂肪酶高溫活性的分子機(jī)制。以蛋白(靶標(biāo))結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)開(kāi)展了藥效團(tuán)/數(shù)據(jù)庫(kù)搜索、對(duì)接,分子與蛋白相互作用和分子動(dòng)力學(xué)模擬等系列工作。

    將現(xiàn)代計(jì)算機(jī)藥物設(shè)計(jì)方法和中藥有效成分等數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)用到藥物設(shè)計(jì)和分子優(yōu)化的實(shí)踐中,病毒(SARS,HIV,H5N1, H1N1)和老年癡呆等疾病的藥物設(shè)計(jì)。

    在抗SARS藥物研究中取得了較為突出成績(jī), 完成了一種抗SARS八肽的設(shè)計(jì),合成和生物活性評(píng)估。實(shí)驗(yàn)證明八肽制劑對(duì)病毒有一定的抑制作用,作用強(qiáng)弱與劑量有一定的相關(guān)性,其半數(shù)有效濃度(EC50)值為:2.7×10-5 mg/ml,比其他藥物小2個(gè)數(shù)量級(jí),可以作為藥物先導(dǎo)化合物(魏冬青等“一種抑制冠狀病毒的多肽及其衍生物”, 專利號(hào):ZL2004 1 0018679.3)。

    發(fā)現(xiàn)了花椒有效成分gx-50對(duì)人類老年癡呆受體α7有抑制作用,有可能成為先導(dǎo)化合物。對(duì)CYP450酶進(jìn)行了系列研究,從不同人的基因多態(tài)性出發(fā),研究酶對(duì)藥物代謝動(dòng)力學(xué)的規(guī)律,對(duì)個(gè)性化用藥和藥物設(shè)計(jì)進(jìn)行了初步探索。

    被Current Medicinal Chemistry, Current Topics on Medicinal Chemistry , Pharmacogomics 邀請(qǐng)撰寫評(píng)述文章。參與哈佛,MIT聯(lián)用研究生教材的一個(gè)章節(jié)(“Automation in Genomics and Proteomics: An Engineering Case-Based Approach”)。

    計(jì)算物理學(xué)

    最近取得突破進(jìn)展,采用量子分子動(dòng)力學(xué)的方法模擬了固體硝基甲烷爆炸的全過(guò)程,從而理論上全面了解其爆炸反方應(yīng)的機(jī)理。人類使用炸藥已有千年的歷史,但至今爆炸機(jī)理仍不清楚。所以這是該領(lǐng)域的里程碑式的成果,論文發(fā)表在物理學(xué)最頂級(jí)的雜志Phys. Rev. Letter之上。

    最主要的學(xué)術(shù)成績(jī)是首次從理論上證明了鐵電液晶的存在,論文發(fā)表在《物理學(xué)評(píng)論快訊》以及《物理學(xué)評(píng)論》上,并被廣泛引用(400多次)。它解決了統(tǒng)計(jì)物理上長(zhǎng)期困擾的問(wèn)題,這個(gè)問(wèn)題是1916年由玻恩(Max Born)提出來(lái)的,即偶極相互作用可能形成方向有序的液體狀態(tài)。他使人們認(rèn)識(shí)到這個(gè)簡(jiǎn)單的體系包涵復(fù)雜的相結(jié)構(gòu)和有趣的物理現(xiàn)象。同時(shí)這一發(fā)現(xiàn)開(kāi)拓了液晶研究的新領(lǐng)域,即研究近球狀分子形成的鐵電液晶,著名的物理學(xué)家M. E. van Leeuwen and B. Smit指出( Phys. Rev. Lett. 71, 3991-3994 (1993))魏和Patey關(guān)于軟球的分子動(dòng)力學(xué)模擬代表了最重要的貢獻(xiàn), 它證明了偶極相互作用力單獨(dú)可以生成方向有序的液體狀態(tài),在高密度時(shí)變成鐵電固體,也是首次證明了向列鐵電液體的存在。

    發(fā)表論文

    長(zhǎng)期從事結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)與生物物理學(xué)研究,發(fā)表SCI文章150多篇, 主編專著5本,10篇邀請(qǐng)?jiān)u述文章,參與13篇專著的有關(guān)章節(jié)編寫。 論文插圖三次被選為雜志封面。這些工作為國(guó)際同行所廣泛引用和正面評(píng)述,經(jīng)SCI檢索,截止到2011年7月,已累積引用 超過(guò) 3000次,最高單篇他引 200次,H 因子33。 是國(guó)內(nèi)同行中引用較高的學(xué)者之一。

    1. IF: 9.02-Ruo-Xu Gu, Limin Angela Liu*, and Dong-Qing Wei*, “ Equilibrium of four binding states of anti-viral drug rimantadine in M2-lipid bilayer system”, J. Am. Chem. Soc., 133 (28), 10817u201310825(2011).

    2. IF: 7.33-Jing Chang, Peng Lian, Dong-Qing Wei*, Xiang-Rong Chen, Zizheng Gong and Qingming Zhang, “Thermal decomposition of the solid phase of nitromethane: Ab initio molecular dynamics simulations”, Phys. Rev. Lett. 105, 188302 -188305(2010).

    3. IF:3.23 H. R. Arias, Ruo-Xu Gu, Dominik Feuerbach, Bao-Bao Guo, Yong Ye, and D.Q. Wei*, “Novel Positive Allosteric Modulators of the Human α7 Nicotinic Acetylcholine Receptor”, Biochemistry, 50, 5263u20135278(2011).

    4. IF:4.351 - Peng Lian, Dong-Qing Wei*, Jing-Fang Wang*, Kuo-Chen Chou, “An Allosteric Mechanism Inferred from Molecular Dynamics Simulations on Phospholamban Pentamer in Lipid Membranes”, PLoS ONE , 6, e18587(2011).

    5. IF: 2.40 - Dong-Qing Wei*, Lin Gao, Jiao Zhang, Li-Wei Yan, Jin-He Hu, Lang Chen, Zi-Zheng Gong, Yong-Xin Guo, Yu Han, “Role of dipole elongation in orientationally ordered liquids”, Phys. Rev. E. 83, 061703-061707 (2011).

    6. IF: 3.82 - Tao Zhang, Limin Liu*, David Lewis and D.Q. Wei*, "Long-Range Effects of a Surface Mutation on the Enzymatic Activity of Cytochrome P450 1A2", J. Chem. Info. Modeling, 51 , 1336u20131346(2011).

    7. IF:3.23 - Hugo R. Arias*, Ruo-Xu Gu, Dominik Feuerbach,and Dong-Qing Wei, “Different interaction between the agonist JN403 and the competitive antagonist methyllycaconitine with the human alpha7 nicotinic acetylcholine receptor”, Biochemistry, 49, 4169-4180(2010).

    8. Cited 1 times, IF:3.82 - Jue Li, Dong-Qing Wei*, Jing-Fang Wang*, and Yi-Xue Li, “A Negative Cooperativity Mechanism of Huma n CYP2E1 Inferred from Molecular Dynamics Simulations and Free Energy Calculations”, J. Chem. Inf. Model., 51 (12), 3217u20133225(2011).

    9. Cited 2 times, IF:4.22 -Peng Lian, Limin Angela Liu, Yongxiang Shi*, Yuxiang Bu*, D.Q Wei*, “Tethered-hopping model for protein-DNA binding and unbinding based on Sox2-Oct1-Hoxb1 ternary complex simulations”, Biophys J. 98,1285-93(2010).

    10. Cited 5 times, IF: 3.82 - Ying Wang, Dong-Qing Wei*, and Jing-Fang Wang*, “Molecular Dynamics Studies on T1 Lipase: Insight into a Double-Flap Mechanism”, J. Chem. Info. Model, 50, 875 (2010).

    11. Cited 17 times, IF: 3.02 - Jing-Fang Wang, Dong-Qing Wei*, Yi-Xue Li*, and K.C. Chou, “Molecular dynamics studies on the interactions of PTP1B with inhibitors: from the first phosphate-binding site to the second one”, PEDS, 22, 349-355(2009).

    12. Cited 30 times, IF: 2.59 - Jing-Fang Wang, Dong-Qing Wei*, Kuo-Chen Chou, “Insights from investigating the interactions of adamantane-based drugs with the M2 proton channel from the H1N1 swine virus”, Biochem. Biophys. Res. Commun., 388, 413-417(2009).

    邀請(qǐng)?jiān)u述文章:

    1. Cited 15 times, IF: 4.63 - Jing-Fang Wang, Cheng-Cheng Zhang, , Jing-Yi Yan, Kuo-Chen Chou, Dong-Qing Wei* , “Structure of cytochrome P450s and personalized drug”, Current Medicinal Chem, 16, 232-244(2009).

    2. Cited 2 times, IF: 1.52 - X. Guo, J.F. Wang, Y. Zhu, D.Q. Wei*, “Recent Progress on Computer-Aided Inhibitor Design of H5N1 Influenza A”, Current Computer Aided Drug Des. 6(2), 139-146(2010).

    3. IF: 4.774 -Ruo-Xu Gu, Yu-Qing Zhong and Dong-Qing Wei*, “Structural basis of agonist selectivity for different nAChR subtypes: insights from crystal structures, mutation experiments and molecular simulations”, Current Pharmaceutical Design, 17, 1652-1662(2011).

    4. IF: 3.896, Qi Chen, Tao Zhang, Jing-Fang Wang* and Dong-Qing Wei*,“Advances in Human Cytochrome P450 and Personalized Medicine”, Current Drug Metabolism, 12, 436-444 (2011).

    5. IF: 2.573 - Tao Zhang, Qi Chen, Li Li, Limin Angela Liu* and Dong-Qing Wei*,“ In silico prediction of CYP-mediated drug metabolism”, Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening, 14, 388-395(2011).

    專著:

    1. Dong-Qing Wei, Xijun Wang(editors), “Theory and Application of Computational Chemistry”, AIP Conference Proceedings Volume 1102, American Institute of Physics Press, 2009. ISBN: 978-0-7354-0637-7.

    2. Limin Angela Liu, Dong-Qing Wei and Yixue li, “Interdisciplinary Research and Applications in Bioinformatics, Computational Biology, and Environmental Sciences”, ISBN:1609600649, IGI Global, 2010.

    3. Limin Angela Liu, Dong-Qing Wei, Yixue Li and Huimin Lei, “Handbook of Research on Computational and Systems Biology: Interdisciplinary Applications”, ISBN: 9781609604912, IGI Global, 2011.

    4. Rong-Xiu Li, Dong-Qing Wei and Yan Feng, “The Protein Structure Simulation and Design”, Chinese Chemical Industrial, 2011, ISBN:9787122101839.

    引用較高的論文(以往發(fā)表的):

    5. Cited 204 times, IF: 2.59 - K. C. Chou, D. Q. Wei, and W.Z. Zhong, “Binding Mechanism of Coronavirus Main Proteinase With Ligands and its Implication to Drug Design Against SARS”, Biochemical and Biophysical Research Communications, 308, 148(2003).

    6. Cited 197 times, IF: 7.33 - D.Q. Wei and G.N. Patey, “Orientational Order in Simple Dipolar Liquids: Computer Simulation of a Ferroelectric Nematic Phase”, Phys. Rev. Letter, 68, 2043,(1992).

    7. Cited 118 times, IF: 2.92 - D.Q. Wei and D.R. Salahub, “Hydrated Proton Clusters and Solvent Effects on the Proton Transfer Barrier: a Density Functional Study”, J. Chem. Phys., 101, 7633(1994).

    8. Cited 116 times, IF: 2.86 - D.Q. Wei and G.N. Patey, “Ferroelectric Liquid Crystal and Solid Phases Formed by Strongly Interacting Dipolar Spheres”, Phys. Rev., A, 46, 7783, (1992).

    9. Cited 96 times, IF 3.88 - Suzanne Sirois, Dong-Qing Wei, Qishi Du, Kuo-Chen Chou, “Virtual Screening for SARS-CoV Protease Based on KZ7088 Pharmacophore Points”, J. Chem. Info. Comput. Sci., 44, 1111, 2004.

    10. Cited 93 times, IF: 2.92 - D.Q. Wei, D.R. Salahub, “Hydrated Proton Clusters: Ab Initio Molecular Dynamics and Simulated Annealing”, J. Chem. Phys., 106, 6086(1997).

    11. Cited 87 times, IF:9.02 - R.C. Dunbar, T.B., McMahon, D. Tholmann, D.S. Tonner, D.R. Salahub and D.Q. Wei, “Zero-pressure Thermal Radiation Induced Dissociation of Gas-phase Cluster Ions: Comparison of Theory and Experiment for (H2O)2Cl- and (H2O)3Cl- ”, J. Am. Chem. Soc., 117, 12819, (1995).

    12. Cited 80 times, IF: 2.92 - D.Q. Wei and G.N. Patey, “Dynamics of Molecular Liquids: a Comparison of Different Theories with Application to Wave Vector Dependent Dielectric Relaxation and Ion Solvation”, J. Chem. Phys. 93, 1399 (1990).

    13. Cited 78 times, IF: 2.92 - L. Blum and D.Q. Wei, “Analytical Solution of the Mean Spherical Approximation for an arbitrary Mixture of Ions and a Dipolar solvent”, J. Chem. Phys. 87, 555 (1987).

    14. Cited 75 times, IF: 2.59 u2013 Dong-Qing Wei, Qi-Shi Du, Hao Sun, Kuo-Chen Chou, “Insights from modeling the 3D structure of H5N1 influenza virus neuraminidase and its binding interactions with ligands”, Biochemical and Biophysical Research Communications, 344, 1048 (2006) .

    15. Cited 72 times, IF: 1.84- Jing-Fang Wang, Dong-Qing Wei*, Chao Chen, Yixue Li, Kuo-Chen Chou, “Molecular Modeling of Two CYP2C19 SNPs and Its Implications for Personalized Drug Design”, Protein and Peptide Letters, 15, 27-32(2008).

    16. Cited 71 times, IF:2.28 - D.Q. Wei and D.R. Salahub, “A Combined Density Functional and Molecular Dynamics Simulation of a Water Molecule in Aqueous Solution”, Chem. Phys Letter, 224, 291(1994).

    專利:

    1. 魏冬青,周國(guó)城,甘一如,杜奇石, “一種抑制冠狀病毒的多肽及其衍生物”, 專利號(hào):ZL 2004 1 0018679.3, 2006年一月。

    2. 魏冬青,喬中東,顧若虛,王朝霞,湯茂萍,“(E)-N-[2-(3,4-二甲氧基苯基)乙基]-3-苯基丙烯酰胺化合物在制備抗阿爾茲海默癥藥物中的應(yīng)用”,專利申請(qǐng)?zhí)枺?01010619738.8,申請(qǐng)日期:2010-12-28.

    3. 魏冬青,馬玉坤,“預(yù)防和治療阿爾茲海默癥的潛在藥物—gx50,gx51,gx52,gx180的化學(xué)合成方法”,專利申請(qǐng)?zhí)枺?01110439656.x,申請(qǐng)日期:2012-1-06。

    軟件著作權(quán):

    1 基于Maccskey分子指紋搜索軟件V1.0 2009SR030823 2009.08.05

    2 天然中藥小分子數(shù)據(jù)庫(kù)軟件V1.0 2009SR042815 2009.09.27

    3 基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的藥物代謝預(yù)測(cè)軟件V1.0 2009SR056211 2009.12.02

    4 基于SVM的細(xì)胞色素P450酶SNP預(yù)測(cè)軟件V1.0 2010SR019961 2010.05.01

    5 基于藥物分子數(shù)據(jù)庫(kù)的分子指紋搜索軟件V1.0 2010SR042160 2010.08.18

    6 細(xì)胞色素酶P450氨基酸突變酶活性改變數(shù)據(jù)庫(kù)軟件V1.0 2010SR042161 2010.08.18

    7 藥物、藥物靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)及其網(wǎng)絡(luò)搜索平臺(tái)軟件V1.0 2010SR042163 2010.08.18

    8 基于蛋白質(zhì)信息的DNA結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)工具軟件 2010R11L055771 2010.08.09

    9 基于支持向量機(jī)的藥代預(yù)測(cè)軟件 2010R11L055833 2010.08.09

    10 蛋白質(zhì)活性位點(diǎn)抽取軟件 2010R11L055755 2010.08.09

    11 基于Convex Hull的蛋白質(zhì)活性位點(diǎn)搜索軟件 2010R11L055766 2010.08.09

    12 SNP預(yù)測(cè)的序列數(shù)據(jù)處理軟件 2010R11L055742 2010.08.09

    科研成果

    主持國(guó)家863項(xiàng)目:“藥物代謝酶SNPs與藥物的類藥性一體化預(yù)測(cè)軟件的研究與開(kāi)發(fā)”(已結(jié)題), 完成6個(gè)國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目以及2個(gè)省部級(jí)重點(diǎn)項(xiàng)目。 作為大會(huì)主席主持召開(kāi)2008年理論與計(jì)算化學(xué)國(guó)際會(huì)議(Theory and Application of Computational Chemistry(TACC) 2008, 千人參會(huì),60個(gè)大會(huì)報(bào)告,2/3來(lái)自國(guó)外,是我國(guó)該本領(lǐng)域的盛會(huì)),第二屆IEEE生物信息學(xué)及生物醫(yī)學(xué)工程大會(huì)( Bioinformatics and Biomedical Engineering Conferences, 2009), 以及2009-2011年計(jì)算與系統(tǒng)生物學(xué)國(guó)際會(huì)議( International Conference on Computational and System Biology)。獲得第五屆焦善慶研究獎(jiǎng),2011年上海交大橫山亮次獎(jiǎng),2010以及2011年兩次獲上海交大推薦申報(bào)教育部“十大科技進(jìn)展”(985 高校每年推薦3人)。姓名:魏冬青

    參與了deMon軟件開(kāi)發(fā),特別是QM/MM與 ab initio MD 模塊的編寫,開(kāi)發(fā)了分子模擬與計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)軟件SAMM,構(gòu)建了小分子數(shù)據(jù)庫(kù)(300萬(wàn)),1500萬(wàn)個(gè)配體與蛋白質(zhì)復(fù)合物資源庫(kù), 中藥有效成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù), 藥物靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù),以及細(xì)胞色素P450酶多態(tài)性基因型-表型相關(guān)性數(shù)據(jù)庫(kù)。把支持向量機(jī)和神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)等非線性方法開(kāi)發(fā)了統(tǒng)計(jì)預(yù)測(cè)模型以及基于web的軟件工具并應(yīng)用到藥物構(gòu)效關(guān)系,藥物代謝動(dòng)力學(xué)和基因表型相關(guān)性的研究中。利用同源建模的方法預(yù)測(cè)出了多個(gè)蛋白質(zhì)的3D結(jié)構(gòu),豐富并完善了由序列到結(jié)構(gòu)的結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)方法。系統(tǒng)開(kāi)展了重要膜蛋白(α7, PLN, M2 of Influenza A and B),DNA-蛋白體系(Sox2-Oct1-Hoxb1),以及重要工業(yè)用酶(脂肪酶T1 lipase) 的分子動(dòng)力學(xué)模擬研究,提出了DNA轉(zhuǎn)錄的Tethered-Hopping 模型,和藥物小分子調(diào)控離子通道開(kāi)關(guān)以及脂肪酶高溫活性的分子機(jī)制。

    以蛋白(靶標(biāo))結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)開(kāi)展了藥效團(tuán)/數(shù)據(jù)庫(kù)搜索,對(duì)接,分子與蛋白相互作用和分子動(dòng)力學(xué)模擬等系列工作。將現(xiàn)代計(jì)算機(jī)藥物設(shè)計(jì)方法和中藥有效成分等數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)用到藥物設(shè)計(jì)和分子優(yōu)化的實(shí)踐中,病毒(SARS,HIV,H5N1, H1N1)和老年癡呆等疾病的藥物設(shè)計(jì)。在抗SARS藥物研究中取得了較為突出成績(jī), 完成了一種抗SARS八肽的設(shè)計(jì),合成和生物活性評(píng)估。實(shí)驗(yàn)證明八肽制劑對(duì)病毒有一定的抑制作用,作用強(qiáng)弱與劑量有一定的相關(guān)性,其半數(shù)有效濃度(EC50)值為:2.7×10-5 mg/ml,比其他藥物小2個(gè)數(shù)量級(jí),可以作為藥物先導(dǎo)化合物(魏冬青等“一種抑制冠狀病毒的多肽及其衍生物”,專利號(hào):ZL2004 1 0018679.3)。

    通過(guò)虛擬篩選,我們發(fā)現(xiàn)花椒有效成分gx-50有可能作為治療阿爾茲海默癥的候選藥物。通過(guò)實(shí)驗(yàn),證實(shí)了gx50小分子能夠結(jié)合到目標(biāo)蛋白α7煙堿乙酰膽堿受體(α7 nAChR)上。Aβ淀粉樣蛋白(-amyloid)在腦部的聚集是阿爾茲海默癥重要的病理特征。Aβ淀粉樣蛋白(-amyloid)能夠毒害神經(jīng)元細(xì)胞,從而導(dǎo)致神經(jīng)細(xì)胞的調(diào)亡。通過(guò)實(shí)驗(yàn),證實(shí)了gx50分子能夠有效地抑制Aβ淀粉樣蛋白(-amyloid)誘導(dǎo)的神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞的炎性因子的分泌,阻止細(xì)胞凋亡蛋白的表達(dá),減少細(xì)胞凋亡,從而有效地保護(hù)神經(jīng)細(xì)胞。除此以外,gx50能夠直接作用于Aβ淀粉樣蛋白(-amyloid),使其解聚,從而抑制其對(duì)神經(jīng)元的毒害作用。最后我們測(cè)定了gx50對(duì)于神經(jīng)元細(xì)胞活性的影響,發(fā)現(xiàn)gx50對(duì)神經(jīng)元基本無(wú)害。

    基于實(shí)驗(yàn)篩選和理論研究對(duì)細(xì)胞色素酶P450中的不同的SNPs對(duì)藥物代謝能力的影響都進(jìn)行了系統(tǒng)的研究,包括(1)實(shí)驗(yàn)上利用常規(guī)方法克隆出細(xì)胞色素酶的野生型和多種突變多態(tài)性基因,并對(duì)多態(tài)性基因克隆進(jìn)行了免疫印跡驗(yàn)證,同時(shí)對(duì)多態(tài)基因在酵母中進(jìn)行表達(dá)和對(duì)重組酶的酶活性和酶學(xué)進(jìn)行了動(dòng)力學(xué)檢測(cè);(2)在實(shí)驗(yàn)研究的基礎(chǔ)上利用分子動(dòng)力學(xué)模擬方法和量子力學(xué)方法對(duì)不同家族的細(xì)胞色素酶P450與藥物之間的相互作用以及不同的SNP對(duì)酶活性發(fā)生的不同作用的機(jī)制進(jìn)行了研究,并收集相關(guān)數(shù)據(jù)構(gòu)建出與CYP相關(guān)的藥物小分子數(shù)據(jù)庫(kù)及對(duì)SNP及ADME 在線預(yù)測(cè)平臺(tái),開(kāi)發(fā)相關(guān)的藥物設(shè)計(jì)軟件,并獲得軟件著作權(quán)12個(gè)。

    通過(guò)分子模擬和平均力勢(shì)能曲線(potential of mean force)的計(jì)算,對(duì)兩種結(jié)構(gòu)和機(jī)理不同的抗流感病毒藥物抑制質(zhì)子通道蛋白(M2)與藥物相結(jié)合的復(fù)合物構(gòu)型進(jìn)行了結(jié)構(gòu),動(dòng)力學(xué),熱力學(xué)上的比較,并發(fā)現(xiàn)通道中央結(jié)合位點(diǎn)能量更穩(wěn)定,但須克服很大的能壘;C-端蛋白表面結(jié)合位點(diǎn)結(jié)合能不很穩(wěn)定,但沒(méi)有明顯的能壘,從而更易被藥物分子相結(jié)合。這項(xiàng)工作提出了抗病毒藥物機(jī)理實(shí)驗(yàn)研究的新方向,并為設(shè)計(jì)新型抗病毒藥物提供了有效的理論方法和指導(dǎo)。

    最近完成的科研項(xiàng)目

    1“藥物代謝酶SNPs與藥物的類藥性一體化預(yù)測(cè)軟件的研究與開(kāi)發(fā)”, 國(guó)家863計(jì)劃生物信息專項(xiàng),項(xiàng)目編號(hào):2007AA02Z333,2007-2011,264萬(wàn)元, 項(xiàng)目負(fù)責(zé)人。

    2 “阿爾茨海默氏癥天然藥物的設(shè)計(jì)、篩選以及相關(guān)的理論研究”,國(guó)家自然科學(xué)基金,項(xiàng)目編號(hào):30870476, 2009-2011,30萬(wàn)元,項(xiàng)目負(fù)責(zé)人。

    3“重大新藥創(chuàng)制”科技重大專項(xiàng)“十一五”計(jì)劃第二批課題, 綜合性新藥研究開(kāi)發(fā)技術(shù)大平臺(tái), 9600萬(wàn)元, 項(xiàng)目編號(hào)2009ZX9301-007, 項(xiàng)目參與人。

    4 “復(fù)雜環(huán)境化學(xué)反應(yīng)體系的理論計(jì)算方法與應(yīng)用研究”,國(guó)家自然科學(xué)基金,項(xiàng)目編號(hào):20773085, 2008-2010,26萬(wàn)元,項(xiàng)目負(fù)責(zé)人。

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