幼時勤學(xué)，好收藏金石。

清光緒十一年(1885)中拔貢，任內(nèi)閣中書。不久辭歸故鄉(xiāng)，在大店增筑石堡，補建碉樓，訓(xùn)辦民團(tuán)。

光緒十八年(1892)，莒縣城西孟家莊村民掘土獲得漢安宋伯望祖界碑，已經(jīng)銷給境外商賈，即將出境。莊余珍聞知此事，重價購回，加以保存。

光緒三十一年(1905)，廢科舉，設(shè)立學(xué)校。民間固守積習(xí)，大多等待觀望。莊余珍接受新思想，創(chuàng)立大店中學(xué)。此中學(xué)為當(dāng)?shù)刈钤绲乃搅⒅袑W(xué)，歷2年停辦。

1912年任莒縣參議會議長。

1914年任山東諮議局議員，兼任撫署審查會委員。他力主革除舊弊，興揚新風(fēng)。

1918年，天津遭受水災(zāi)，莊余珍擔(dān)任勸捐總董，代母捐金500元。在山東義賑中，募資5000元，受到政府褒獎。

1919年開設(shè)中孚東藥鋪。因其家大業(yè)大，輩高年長，被莊氏家族公推為族長。

1921年在莒縣成立同仁善會，莊余珍捐地7畝。他還出資建修橋梁，修整道路，為民眾做了一些有益的事。

1921年（民國十年）受到時任大總統(tǒng)徐世昌嘉獎，贈匾一枚“慈孝延庥”，對齊高潔的品格和先進(jìn)的思想進(jìn)行了贊頌。