1567年（永祿10年），有馬晴信生于肥前島原，為有馬義貞次子。

1570年（元龜元年），大友宗麟在與龍造寺隆信爭奪肥前國今山合戰(zhàn)中大敗，龍造寺隆信開始稱霸肥前。

1571年（元龜二年），長兄義純早逝，晴信繼承家督之位。此時有馬氏受到西鄉(xiāng)純堯、深堀純賢二兄弟的壓迫，而二兄弟的后臺則是龍造寺隆信。

1576年（天正四年），有馬晴信之父有馬義貞（1521-1577）在弟弟大村純忠影響下受洗加入天主教。

1578年（天正六年），大友軍在耳川之戰(zhàn)大敗，勢力更加弱化。同年，有馬晴信代表有馬氏向龍造寺氏降服。

1579年（天正七年），隨大村純忠發(fā)起派遣天正遣歐少年使團(tuán)覲見教皇。

1580年（天正八年），有馬晴信將領(lǐng)內(nèi)的浦上獻(xiàn)給教會。

1581年（天正九年），有馬晴信受范禮安神父的洗禮加入天主教取教名為堂·普羅達(dá)西奧（ドン·ベロタジオ）。

天正十二年（1584年）晴信與島津義久聯(lián)合，在沖田畷之戰(zhàn)殺死隆信，穩(wěn)固有馬氏。

天正十五年（1587年），豐臣秀吉進(jìn)行九州征伐的時候，晴信與島津氏斷絕關(guān)系，投靠豐臣氏。豐臣秀吉下達(dá)禁教令后，晴信仍保護(hù)不少基督徒。

后來，晴信跟隨小西行長，先后參加兩次侵略朝鮮的戰(zhàn)爭。慶長五年（1600年）關(guān)原之戰(zhàn)中支持西軍，但晴信并沒有參戰(zhàn)，在得知西軍戰(zhàn)敗之后轉(zhuǎn)而支持東軍，并攻擊小西行長的居城宇土城，成功保住領(lǐng)地。

德川家康掌權(quán)之后，晴信成為島原藩第一代藩主。

在德川家康時代，他亦繼續(xù)利用日本官方許可的朱印船往來臺灣、呂宋、澳門、占城、交趾、暹羅等地從事船運(yùn)貿(mào)易（南蠻貿(mào)易），并成為巨富。

1609年，德川家康任命有馬晴信前往臺灣探勘地形，并囑意霸占臺灣港口。該次行動雖頗為順利，也俘擄了臺灣原住民數(shù)人回日本，不過也在侵掠過程中，與西班牙及葡萄牙在臺勢力產(chǎn)生沖突。

1610年，他受德川家康命令焚毀葡萄牙停泊于日本的船只（圣母號事件）。

1612年，因庇護(hù)天主教教徒等事端，被德川家康勒令切腹。但他身為天主教徒，不能自殺，命令手下將自己殺了。

父：有馬義貞

母：安富德圓之妹

妻：有馬義純之女

子：有馬直純