洪武二十七年（1394年），石允常中式甲戌科二甲第六名 進士。歷官河南按察使司僉事，有清廉名望。因懲治宦官，被誣告，貶為常州同知。建文末年，率兵在長江設(shè)防。 靖難兵渡過長江，石允常辭官歸里。

成祖即位，追論建文年間廢毀官員，石允常堅決不服最，被判戍邊三十馀年。年七十方還，卒於旅次舟中。