清朝中期，清王朝從強(qiáng)盛走向衰落，西北地方貧瘠，靠天吃飯，且時(shí)有災(zāi)欠發(fā)生。加之地方貪官污吏擾累百姓，地方官吏歉薄而不加賑恤，最終激變事端。西北回民利用宗教紛紛舉事反清。1784年（乾隆四十九 年），回族、撒拉族教民在甘肅伏羌縣等處聚眾造反，形成以石峰堡為中心的反清大軍�；剀姍M行千余里，攻城略地，搶掠村莊1200余處，處殺害官兵百姓，傷斃人口2000多人。一時(shí)西北動動搖，朝廷震驚。陜甘總督李侍堯彈壓無力被撤職查辦，新任陜甘總督福康安率兵鎮(zhèn)壓。

1784年7月2日 ，阿拉善蒙古所部向習(xí)騎射，較寧夏兵倍為得力，傳諭旺沁班巴爾即赴游牧處所，在 所屬額魯特兵丁內(nèi)挑選1000名，親自帶領(lǐng)前往進(jìn)剿。7月22日，阿拉善和碩親王旺沁班巴爾率蒙古兵丁到達(dá)甘肅前線。8月2日，清廷賞給軍費(fèi)白銀1000兩。8月11日，清軍兵分四路從隆德進(jìn)軍，旺沁班巴爾率阿拉善兵和寧夏滿兵2000人，立挫敵鋒，舉事回軍退守石峰堡。川、藏各路清兵陸續(xù)到達(dá)，修筑柵欄，斷其水源，圍困聚殲。初戰(zhàn)告捷，旺沁班巴爾及阿拉善官兵受到封賞：乾隆欽賜阿王御用大荷包一對、小荷包兩對；阿拉善公爺烏爾圖納遜、佐領(lǐng)鐘呢，在進(jìn)剿底店戰(zhàn)役中作戰(zhàn)勇猛，賞給頂戴花翎；阿拉善三等臺吉班第海作戰(zhàn)途中病故，晉級二等臺吉，爵位由其子承襲，并賞 白銀200兩。阿拉善親王旺沁班巴爾承襲父爵后，率兵奮戰(zhàn)，指揮有方，8月正式就任寧夏副都統(tǒng)。

不久，清軍攻陷石峰堡，殘酷鎮(zhèn)壓了這次反清事變。此次戰(zhàn)事中，清軍總共正法和作戰(zhàn)殺死回軍8000余人，維護(hù)了地方治安，暫時(shí)結(jié)束了甘省的動亂局面。阿拉善親王旺沁班巴爾督帥寧夏滿兵和阿拉善官兵作戰(zhàn)有功，忠勇可嘉；論功行賞，清王之爵已無可加封，御賜一公爵職位，1788年1月18日，寧夏將軍積福年老衰邁，阿拉善親王晉升為寧夏將軍，并監(jiān)管額濟(jì)納旗務(wù)，成為阿拉善歷代札薩克中軍職最高的王爺。

總是以阿拉善旗的政治經(jīng)濟(jì)利益為重，不計(jì)較個(gè)人得失，結(jié)果在個(gè)人政治前途方面遭受挫折。1791年1月，清廷以旺沁班巴兒凡事不遵清制，任意違例的罪名，撤銷其寧夏將軍職務(wù)，退出御前，在乾清門效力行走。乾隆皇帝在上諭中給阿拉善親王羅列了三大罪名：一是利用寧夏將軍職務(wù)之便，在甘肅民人和阿拉善蒙古邊界糾紛中庇護(hù)下屬，欺壓平民，爭占地界；二是在護(hù)送前妻格格靈柩時(shí)，與地方護(hù)送官員意見不和，進(jìn)而騷擾驛站；三是不遵守滿蒙和親制度，將其胞妹聘給魯姓土司為妻，實(shí)際上阿拉善王室宗親與青海藏族楊土司世代聯(lián)姻。

在清代，按《理藩院則例》規(guī)定，阿拉善為外薩克旗。旗佐只制度具有軍事性質(zhì)，其兵源以阿拉善和碩特兵丁為基礎(chǔ)。清政府賦予札薩克統(tǒng)帥全旗兵丁的權(quán)限，為最高軍事長官。阿拉善親王平時(shí)定期三年召集全旗兵丁接受上級檢閱，戰(zhàn)時(shí)動員帶領(lǐng)兵丁參戰(zhàn)。實(shí)行遣二留一，每蘇木100人、50人留守。旗下設(shè)8個(gè)蘇木（佐），按諾顏和哈屯分為東西兩翼，分設(shè)參領(lǐng)管理。蘇木管理軍事行政事宜，每佐定額兵員150人，50人服現(xiàn)役，100人為預(yù)備役，定期輪換，常年有400人服役。佐領(lǐng)下設(shè)驍騎校、領(lǐng)催和什長，管理戶籍、征兵、征稅、差役、烏拉等事務(wù)。全旗 在冊箭丁1200人，戰(zhàn)時(shí)參戰(zhàn)，閑時(shí)從事畜牧生產(chǎn)，維持社會治安。是一種松散的軍事組織。

1791年，阿拉善親王旺沁班巴爾為鞏固統(tǒng)治地位，隨時(shí)效忠清廷皇室，在鹽稅收入大增的情況下，增加軍費(fèi)開支，大力整頓全旗軍事組織，擴(kuò)建阿拉善親王兵馬隊(duì)，統(tǒng)一服裝，加強(qiáng)操練，使地方武裝進(jìn)一步正規(guī)化。阿拉善親王兵馬隊(duì)總兵力在2000人以上，在定遠(yuǎn)營設(shè)總兵營，負(fù)責(zé)城防，維持鎮(zhèn)區(qū)治安，大部分兵員駐守在全旗各防卡上，負(fù)保衛(wèi)全旗之責(zé)。

在清代，阿拉善鹽湖為王府的產(chǎn)業(yè)，乾隆后期至嘉慶年間，鹽的運(yùn)銷實(shí)行商引專賣制度。1786年，全國各地銷鹽已無成法，阿拉善親王旺沁班巴爾以吉鹽陸運(yùn)不便為由，為增加王府收入，向清廷奏請水運(yùn)，部批水運(yùn)磧口為止，限定了銷區(qū)。同年，清朝推行鹽課（稅）歸地丁制度，民眾自運(yùn)蒙鹽概不禁阻，食鹽專賣制一度廢止，蒙鹽行銷遂無限制。1791年，清廷準(zhǔn)許阿拉善旗每年修造鹽船500艘，每船載鹽40石，每年運(yùn)量在2萬石以上，阿拉善親王每年收入銀兩8000兩。

嘉慶初年，甘肅回民馬君選承包吉鹽采挖運(yùn)銷事宜，吉鹽年銷量增至2.8---3.1萬石，旺沁班巴爾親王年收入池租1—2萬兩。吉鹽乘黃河水利之便，運(yùn)銷成本降低，銷量大增，南下侵占河?xùn)|引岸和淮河沿岸，引起清廷的不滿。1800年（嘉慶五年），清廷采取限銷措施，派員駐緝，嚴(yán)加巡查，防止傾銷。在旺沁班巴爾去世后的第二年，吉蘭泰鹽池收歸國有，水運(yùn)遂止。

旺沁班巴爾青年時(shí)代承襲王爵，素有大志，多建軍功，曾變革圖新，改革軍隊(duì)，是一個(gè)有所作為的王爺。其為人耿直，愛憎分明，因而政敵過多，在仕途方面不盡如意。但是，他是一位極具經(jīng)濟(jì)頭腦的人物，在他執(zhí)掌旗政期間，阿拉善旗進(jìn)入鹽業(yè)發(fā)展的黃金時(shí)期，全旗每年平均收入池租15000兩白銀，20年累計(jì)收入白銀30萬兩以上。這一時(shí)期，阿拉善旗王府庫銀充實(shí)，百姓安居樂業(yè)。