1909年，受同盟會的派遣，奉命打入新軍，任廣東新軍第二標第二營管帶，在第一標標統(tǒng) 趙聲領(lǐng)導下從事革命活動。先后參加宣統(tǒng)二年(1910年)和三年的兩次廣州起義。曾被捕入獄，經(jīng)革命黨人運動清水師提督 李準保釋而獲救。

武昌起義爆發(fā)后，他和陳炯明、姚雨平等策動廣東獨立， 1911年12月8日，廣東北伐軍成立，姚雨平擔任北伐軍總司令，馬錦春擔任北伐軍副總司令兼第一支隊統(tǒng)領(lǐng)，率領(lǐng)粵軍先頭部隊北上，最早到達上海、南京。由于南北議和，北伐中止。

1912年12月，授陸軍少將。

1913年，他在南京參加江蘇獨立討袁，任寧鎮(zhèn)澄淞四路要塞總司令。

1925年，他擔任鎮(zhèn)江警察廳廳長。美國人包華德違背警章，馬錦春將他拘留，并不顧駐南京美國領(lǐng)事的威脅，令包華德等遵照中國法律寫下悔過書了案。

北伐后，他掛一些視察、參事之類虛銜，拿干俸為生。晚年信佛，任江蘇佛教會常委。鎮(zhèn)江淪陷后，他拒絕敵偽籠絡(luò)，與趙玉森等組織夢溪詩社，以詩酒遣憤懣，不久去世。他能詩善畫，又好圍棋，著有《黃花夢影》、《思詠樓憶語》、《六十年之草字帳》等書。