晚清福建海軍組建后，他歷任福星、伏波等軍艦管帶，后又任北洋海軍鎮(zhèn)北艦管帶等，他的輪船駕駛、航海技能、聯(lián)絡偵探等才干，深得左宗棠、丁日昌、李鴻章等封疆大員贊賞、奏保，由游擊管帶軍艦，晚年官至副將、記名總兵。李鴻章在奏保中稱他是海軍“不可多得之才”。

據載，呂文經小時候“孤苦”，“善操西語”，“以善英語”為廈門海關稅務司所賞識，所“愛重”。稅務司去任之日，將呂文經帶去英國學習，畢業(yè)后回國。同治三年（1864年），呂文經投身福建水師，以“善捕盜”，受知于閩浙總督左宗棠和福建船政大臣沈葆楨，由外委拔補至都司。先后管帶靖海、長勝、福星炮艦。曾督帶福星輪船，奉命赴臺灣剿平番社之亂，戰(zhàn)功卓著，以游擊盡先補用。又先后管帶安瀾、濟安、伏波各兵船。中法馬江戰(zhàn)役爆發(fā)時，呂文經是福建海軍伏波號管帶。戰(zhàn)后，以中炮“先退”罪被朝廷革職充軍處理。

馬江戰(zhàn)后，欽差大臣左宗棠督辦福建軍務，“以經罰非其罪”，奏請將呂文經“留閩差遣”。呂文經竭力效命，發(fā)揮其熟悉海道長處，“履險如夷”，七次冒險運兵渡臺，增強臺防實力，使法國侵略軍未能攻下臺灣。是時，率部援臺、幫辦軍務楊岳斌又奏請將呂文經“留于臺灣效力”，由于清朝廷不肯原諒呂文經在馬江戰(zhàn)役中的“先退”，堅持要將呂解赴軍臺，既不允留閩差遣效力的奏請，也不準留臺效力的奏保，所以呂仍赴軍臺充軍。光緒十四年（1888年），充軍期滿，時任直隸總督兼北洋通商大臣的李鴻章任用呂文經在天津水師營務處翻譯英文，繪制海圖。光緒十六年（1890年）六月，朝廷命照原官降二等，賞給呂文經職銜。第二年，李鴻章于辦理海軍案內，奏獎出力人員，呂文經也在奏獎之列，奉命開復原官原銜。不久，北洋海軍提督丁汝昌委命呂文經管帶鎮(zhèn)北炮艦。甲午中日戰(zhàn)爭，威海失防，呂文經與當事各員都遭“暫行革職、聽候查辦”處分。李鴻章仍奏留差遣，并于光緒二十二年（1896年），將呂文經推薦作為隨員，隨行出訪英、法、俄、德各國。差竣后回京，以隨行之功勞，李鴻章奏保注銷對呂文經的“暫行革職”處分，并加副將銜。

戊戌政變后，李鴻章被調任兩廣總督，奏請召呂文經到粵差遣，仍委呂管帶伏波輪船。八國聯(lián)軍戰(zhàn)爭，李鴻章奉命任議和全權大臣，呂文經留粵，奉命統(tǒng)領廣東水師內、外海各兵輪。光緒二十九年（1903年），升赤溪協(xié)副將。以剿欽、廉匪盜之功，兩廣總督岑春煊奏保，給呂文經“以總兵記名簡放”。此時，局勢動蕩，呂文經“灰心仕路”，遂告老回籍休養(yǎng)。不久，于原籍同安逝世。

考察呂文經生平，兩次遭貶。尤其是馬江戰(zhàn)役之后遭貶，一直不被朝廷所寬容，可謂“坎坷顛連” 。然而，從左宗棠、沈葆楨、丁日昌，到李鴻章、岑春煊等封疆大員，都無不贊賞他的才干，無不奏保他，將他留置身旁差遣，特別是李鴻章，從直隸總督到兩廣總督任內，一直奏保任用呂文經。于此足以說明，呂文經是可用之才，是晚清海軍“不可多得之才” ，是被封疆大臣“愛重”的人才。由于遭貶，“罰非其罪” ，使用人者不敢大膽重用他，也使他未能盡其才，影響他才能的充分發(fā)揮。