民國(guó)十三年（1924年）考入上海郵政管理局。歷任上海郵務(wù)工會(huì)常務(wù)委員，上海市總工會(huì)執(zhí)行委員兼秘書長(zhǎng)，全國(guó)郵務(wù)總工會(huì)及中國(guó)勞動(dòng)協(xié)會(huì)理事，抗日戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后，民國(guó)27年（1938年）在武漢籌組中國(guó)工人抗戰(zhàn)總會(huì)。后任中國(guó)勞動(dòng)協(xié)會(huì)常務(wù)理事兼書記長(zhǎng)，全國(guó)郵務(wù)總工會(huì)常務(wù)委員，民國(guó)三十六年（1947年）當(dāng)選為行憲國(guó)民大會(huì)代表。次年膺選第一次國(guó)民大會(huì)主席團(tuán)成員，全國(guó)總工會(huì)秘書年任“自由中國(guó)勞工同盟”常務(wù)理事兼秘書長(zhǎng)，“行政院設(shè)計(jì)委員會(huì)”委員，“交通部設(shè)計(jì)委員會(huì)”委員。上海解放前夕，水祥云隨陸京士逃往臺(tái)灣，繼續(xù)進(jìn)行反共和分裂中國(guó)工人階級(jí)的活動(dòng)。1952年任“全國(guó)總工會(huì)”常務(wù)理事兼秘書長(zhǎng)。1973年任“郵務(wù)工會(huì)全國(guó)聯(lián)合會(huì)”理事長(zhǎng)，后任“全國(guó)總工會(huì)”常務(wù)理事，“國(guó)民大會(huì)”代表�！肮鈴�(fù)大陸設(shè)計(jì)研究委員會(huì)”委員，“全國(guó)職業(yè)訓(xùn)練金監(jiān)理委員會(huì)”副主任委員�！伴}臺(tái)地區(qū)勞工保險(xiǎn)局監(jiān)理委員會(huì)”委員，工業(yè)安全衛(wèi)生協(xié)會(huì)常務(wù)理事。

民國(guó)十三年(公元1924年)考入上海郵局為郵務(wù)生。同年加入國(guó)民黨。

民國(guó)十六年(公元1927年)“四一二”反革命政變后，國(guó)民黨在郵局實(shí)行清黨，篡奪了上海郵務(wù)工會(huì)的領(lǐng)導(dǎo)權(quán)。先后加入陸京士在郵局組織的精神團(tuán)和杜月笙的恒社，依靠國(guó)民黨和幫會(huì)勢(shì)力來控制工會(huì)。民國(guó)二十年(公元1931年)，水祥云為上海郵務(wù)工會(huì)第九屆常務(wù)委員兼組織部長(zhǎng)。

民國(guó)二十二年(公元1933年)，上海郵務(wù)工會(huì)選舉工會(huì)代表時(shí)，水祥云操縱選舉，組織打手毆打要求公開選票票數(shù)的郵工。

民國(guó)二十一年(公元1932年)，全國(guó)郵務(wù)總工會(huì)成立后，水祥云于民國(guó)二十五年(公元1936年)為候補(bǔ)執(zhí)行委員，民國(guó)三十年(公元1941年)為常務(wù)執(zhí)行委員、副秘書長(zhǎng)、組織部長(zhǎng)。民國(guó)三十六年(公元1947年)，全國(guó)郵務(wù)總工會(huì)改稱全國(guó)郵務(wù)工會(huì)聯(lián)合會(huì)，水祥云為常務(wù)理事、組織處長(zhǎng)。水祥云以上海郵務(wù)工會(huì)為基礎(chǔ)，進(jìn)入上海市總工會(huì)、全國(guó)郵務(wù)總工會(huì)、中國(guó)勞動(dòng)協(xié)會(huì)、中華民國(guó)全國(guó)總工會(huì)和國(guó)民黨中央社會(huì)部勞工運(yùn)動(dòng)委員會(huì)任要職，成為國(guó)民黨陳立夫系統(tǒng)工會(huì)的核心人物。

民國(guó)三十五年(公元1946年)，重慶發(fā)生較場(chǎng)口事件時(shí)，水祥云開始表示支持朱學(xué)范。在國(guó)民黨當(dāng)局加緊迫害朱學(xué)范時(shí)，水祥云就倒向陸京士。民國(guó)三十四年(公元1945年)9月，朱學(xué)范派水祥云以中國(guó)勞動(dòng)協(xié)會(huì)上海辦事處主任的名義進(jìn)行重建上海市總工會(huì)的工作。朱學(xué)范接受周恩來的意見，戰(zhàn)后的上海市總工會(huì)將成為與共產(chǎn)黨和進(jìn)步力量的聯(lián)合組織。水祥云違背了朱學(xué)范的意圖，卻執(zhí)行了陸京士的嚴(yán)密控制工會(huì)領(lǐng)導(dǎo)權(quán)，打擊進(jìn)步工會(huì)，壓制工人斗爭(zhēng)的方針。

民國(guó)三十四年(公元1945年)10月，水祥云為上海市總工會(huì)整理委員會(huì)委員兼秘書長(zhǎng)。民國(guó)三十五年(公元1946年)6月，為上海工人福利委員會(huì)委員。同年9月，水祥云為上海市總工會(huì)第五屆理事長(zhǎng)。

民國(guó)三十六年(公元1947年)2月9日，在破壞“愛用國(guó)貨，抵制美貨”的愛國(guó)運(yùn)動(dòng)中，水祥云秉承國(guó)民黨市黨部主任方治和上海工人福利委員會(huì)主任陸京士的指示，參與策劃，調(diào)遣護(hù)工隊(duì)，于民國(guó)三十六年(公元1947年)2月9日制造了血腥暴行，當(dāng)場(chǎng)打死永安公司職員梁仁達(dá)。在“二九慘案”發(fā)生后，激起上海各界人民的憤怒。中共上海地下工委以上海工人協(xié)會(huì)名義發(fā)表《為愛用國(guó)貨慘案宣言——揭發(fā)特務(wù)暴行真相》。水祥云為了欺騙輿論，急忙以上海市總工會(huì)名義發(fā)表聲明，把護(hù)工隊(duì)沖進(jìn)會(huì)場(chǎng)說成是“被邀參加”，把行兇打人的中統(tǒng)特務(wù)分子和護(hù)工隊(duì)員說成是“真正善良工人”，把慘案的制造者和兇手說成是“被害者”，把被他們打死的梁仁達(dá)說成是“為反對(duì)大會(huì)而犧牲”等等，竭力歪曲事實(shí)，顛倒黑白。

民國(guó)三十六年全市工人興起爭(zhēng)取和平、民主、保障人權(quán)、解凍生活費(fèi)指數(shù)的斗爭(zhēng)浪潮。水祥云以紀(jì)念五一勞動(dòng)節(jié)為名，召開工人大會(huì)，企圖掀起一個(gè)上海工人反共高潮。當(dāng)他發(fā)表演講時(shí)，立即被工人們的“立刻解凍生活費(fèi)指數(shù)”等呼喊聲所壓倒，他的陰謀遭到徹底失敗。

民國(guó)三十六年(公元1947年)，水祥云被國(guó)民黨補(bǔ)選為國(guó)大代表。民國(guó)三十七年(公元1948年)4月，國(guó)民黨成立“全國(guó)總工會(huì)”，水祥云為理事兼秘書長(zhǎng)。8月，上海市總工會(huì)改選，水祥云為常務(wù)監(jiān)事，后為常務(wù)委員。

上海解放前夕，水祥云隨陸京士逃往臺(tái)灣，繼續(xù)進(jìn)行反共和分裂中國(guó)工人階級(jí)的活動(dòng)。他著有《水氏由來與曾邱兩姓聯(lián)宗關(guān)系考》。