1956年畢業(yè)于唐山鐵道學(xué)院（西南交通大學(xué)）鐵道建筑專業(yè)，后在北京俄語學(xué)院（北京語言大學(xué)）留蘇預(yù)備部進(jìn)修俄語一年，在鐵道部第三勘測設(shè)計(jì)院工作了一年半，于1958年12月前往蘇聯(lián)莫斯科鐵道運(yùn)輸工程學(xué)院攻讀研究生，師從著名學(xué)者沙湖年慈教授。1962年6月獲技術(shù)科學(xué)副博士學(xué)位后，回國任教于蘭州鐵道學(xué)院（蘭州交通大學(xué)）。1981年任副教授，1987年任教授；1982年4月至1983年10月任原蘭州鐵道學(xué)院副院長，1983年10月至1988年3月任蘭州鐵道學(xué)院院長、黨委副書記。2000年2月退休。

孫遇祺教授長期從事鐵道工程領(lǐng)域的教學(xué)與科研工作，教學(xué)成績顯著，曾多次獲獎(jiǎng)，并被評為“教學(xué)名師”；發(fā)表多篇論文，并在國際國內(nèi)學(xué)術(shù)會(huì)議上交流；編輯出版教材與著作2本，其中作為主編編著并于1998年由中國鐵道出版社和俄羅斯運(yùn)輸出版社聯(lián)合出版的《鐵路公路災(zāi)害防治》一書，是學(xué)術(shù)界和出版界進(jìn)行國際合作的一件新鮮事物。他還曾參與過國內(nèi)外多個(gè)學(xué)會(huì)的工作，是國際巖土力學(xué)計(jì)算方法與發(fā)展協(xié)會(huì)會(huì)員、國際土力學(xué)與基礎(chǔ)工程協(xié)會(huì)會(huì)員、中國鐵道學(xué)會(huì)高級(jí)會(huì)員、甘肅省鐵道學(xué)會(huì)名譽(yù)理事長、中國土工合成材料工程協(xié)會(huì)理事、中國水利機(jī)電工程學(xué)會(huì)土工合成材料專業(yè)委員會(huì)委員。由于孫遇祺同志所取得的成績，1989年9月，中共甘肅省委、甘肅省人民政府授予他“甘肅省園丁獎(jiǎng)優(yōu)秀工作者”榮譽(yù)稱號(hào)；1992年1月被鐵道部評為“全國鐵路優(yōu)秀知識(shí)分子”；自1992年起，享受國務(wù)院政府特殊津貼。