畢業(yè)后在煙臺十一中、三中從事中學(xué)物理教學(xué)工作，先后擔(dān)任教師、教研組長、教導(dǎo)副主任，主任及副校長。1994年月調(diào)任山東省煙臺華僑中學(xué)副校長1995年8月起任校長兼黨支部書記。1994年被破格晉升為中學(xué)高級教師職稱，1998年又被評為山東省特級教師。于躍軍同志一直堅持在教學(xué)第一線工作，教學(xué)成績顯著，曾獲全省青年教師優(yōu)秀課一等獎。他曾十年送高中畢業(yè)班，高考成績均居市區(qū)榜首。

他善于總結(jié)經(jīng)驗，參加編寫《高中物理標(biāo)準(zhǔn)化練習(xí)》、《高中物理學(xué)習(xí)與輔導(dǎo)》、《怎樣學(xué)好物理》等二十冊書籍，并有多篇論文獲省市一等獎。擔(dān)任煙臺市物理學(xué)會理事，全國中學(xué)中物理教學(xué)研究會山東分會常務(wù)理事，煙臺分會副理事長，中國教育學(xué)會寫作委員會理事等。由于工作成績顯著，于躍軍先后獲得煙臺市優(yōu)秀教師，煙臺市優(yōu)秀知識分子，煙臺十大杰出青年，煙臺十大青年科技標(biāo)兵，芝罘區(qū)優(yōu)秀拔尖人才等榮譽(yù)稱號。