明正德三年（1508年），第五代土司旺秀進京晉見皇帝時，皇帝賜其姓楊名洪，從此卓尼土司以楊為姓。此后通過武力擴張，轄區(qū)不斷擴大。到清代，卓尼土司多次受封，勢力極盛，成為甘青各土司中勢力最強者。明、清王朝對甘青川藏區(qū)各部實行“分而治之”的政策，使藏族各部落長期相互對立，卓尼土司政教合一政治制度便是在這種時代背景下產生并發(fā)展起來的。卓尼土司最盛時轄區(qū)包括今甘肅卓尼縣、迭部縣全境和舟曲縣及臨潭縣部分地區(qū)，面積達35000平方公里。轄領16掌尕，48旗，520族，15000余戶，近10萬人。

卓尼的最后一代土司是楊積慶的次子楊復興，1949年楊復興率部起義，終結了土司制度，投身于社會主義的偉大事業(yè)，為黨和人民作出了重大貢獻。

卓尼土司政權是政教合一的地方政權。卓尼政教合一制與西藏和拉卜楞寺的政教合一制有所不同。在西藏和拉卜楞寺政權低于教權；而在卓尼，政權高于教權。歷代土司的繼承，遵循著世代延續(xù)下來的一種習慣法，即“政屬于土司，教屬于僧綱；兄任民長，管理政務；弟任寺主，主持宗教；土司長子例襲土司，次子例襲僧綱。遇獨子時，土司得兼僧綱，政教合而為一”。由于單傳或其它原因，在卓尼大寺的僧綱譜系中，僅有六任僧綱是專職的，其余十四任由土司兼任。卓尼政教合一的歷史上也有這樣的情況：當土司早亡或一時難以選定繼承人選時，僧綱也破例承襲土司位。如第十五代土司楊宗業(yè)（丹增仁欽嘉）早亡后，已任卓尼大寺僧綱的楊宗基（欽甲久美多吉）承襲土司位并兼世襲僧綱。另外還有一種情況：土司和僧綱的承襲者均年幼不能理政時，由祖母和母親代理政教事務。如第十四代土司楊聲幼時，卓尼政教事務均由其祖母仁欽華宗代理。1937年8月，第十九代土司楊積慶和長子楊琨被部屬殺害后，年僅八歲的次子楊復興繼位，三子楊丹珠年僅三歲。在這種特殊情況下，楊積慶遺孀楊守貞毅然代理卓尼政教事務。當土司能親政時，婦輩代理政務的局面就結束了。

卓尼政教合一制之所以延續(xù)幾個世紀，還與中央王朝政府的大力支持這一外部因素分不開，如：明政府在卓尼大寺設立僧綱置；1713年，清康熙皇帝封卓尼大寺第二任僧綱兼法臺阿旺赤勒加措為大國師，并賜卓尼大寺“禪定寺”扁額。正是由于中央王朝的大力支持，卓尼政教合一制度才得以長期發(fā)展而不衰。

禪定寺（卓尼寺）

卓尼土司統(tǒng)治區(qū)內最大的寺院是禪定寺，主持為僧綱。僧綱如土司政權一樣，一直掌握在楊氏家族手中，“兄為土司，弟為寺主”的制度世代相傳“，統(tǒng)領108個寺院，17個教區(qū)，包括今卓尼、迭部、臨潭、舟曲等地。禪定寺的僧綱雖被封為“呼圖克圖”，但只能由卓尼土司家族世襲，而不是轉世活佛。清因明制， 在洮岷河湟地區(qū)實行土司制度，加強了對這一地區(qū)的統(tǒng)治。清廷除大力提倡和扶持格魯派外，還在鄰近內地的藏族地區(qū)分封了一大批地方喇嘛上層人物，使他們掌握當?shù)匾欢ǖ臋嗔�。卓尼土司是朝廷的地方官員和該地的封建領主，既是統(tǒng)治階級的代理人，直接受中央王朝調遣，又是該地區(qū)藏族的總代言人，得到轄區(qū)藏族的信任和擁護。土司與土民、土兵、旗長和總管之間，形成一種較強的人身依附關系。土司屬民只知洪布（土司），而不論朝廷， 中央王朝的一切政令必須經(jīng)土司衙門才能最后執(zhí)行。