光緒十二年（1886）進士，官工部主事，不久充會典館繪圖處《地理鈞稽圖志》總纂，后晉秩郎中、外務部傳補御史。和、光緒二十九年（1903）再中經濟科進士，后任云南曲靖知府、云南按察使、云南提法使，又調任廣東提學使。辛亥革命起，秦樹生避居上海。民國元年（1912），國民政府擬任其為河南提學使，秦樹生不應，移居北京，清史館聘為《地理志》總纂，直到成書。家鄉(xiāng)有關其逸聞頗多，唯有他在全國最先引進兩部印刷機，最值得一提，一部交商務印書館，另一部則贈送家鄉(xiāng)固始。秦樹生著有《南北史》、《唐書》、《刑法會要》、《乘庵文錄》、《清地理志》、《西洋史》、《續(xù)修河南新志》等。

秦樹生故居位于固始縣段集鄉(xiāng)東道沖村，為清末建筑，占地6000多平方米，原為四進四合大院，現存堂樓上下兩層28間，西邊房7間，建筑為青磚灰瓦，木框架結構，廊沿為石基立柱，內廊上方木構件雕有花紋，在后院東邊有一口古井。同時，固始縣城南20公里處的趙崗鄉(xiāng)九龍村還有秦家北圍，秦樹生在此也居住過。