少年有志，讀書勤奮，資質(zhì)聰明，詩文獨(dú)到，得清代廣東著名學(xué)者、學(xué)海堂學(xué)長（校長）陳澧贊賞。同治五年（1866），補(bǔ)縣學(xué)生員。時(shí)適胞兄肇煌仍留任云南提督學(xué)政，即隨之到云南從政兩年。期間適逢云南回民動亂蔓延，肇晉除做文職事之外，還兼習(xí)軍務(wù)，以軍力保舉縣丞，不就歸應(yīng)。同治九年（1870）鄉(xiāng)試中舉人，同治十三年（1874）考取進(jìn)士，授禮部主事。光緒八年（1882）病卒。