幼年聰穎好學(xué)，7歲入學(xué)，9歲學(xué)《孟子》。15歲父殤后，“尊母教讀書兼理農(nóng)商”，后就學(xué)于汾陽(yáng)西河書院和省城晉陽(yáng)書院，寒窗十載，博學(xué)成才。光緒二十年（1894）甲午科中舉。

馮秋航一生以興學(xué)為己任，認(rèn)為“欲振興庶務(wù)，非人才眾多不可；欲培養(yǎng)人才，非教育得法不可�！惫饩w三十年（1904）東渡日本，就讀于日本明治大學(xué)之分校經(jīng)緯學(xué)堂，研究東西各國(guó)學(xué)說(shuō)，認(rèn)為“學(xué)無(wú)分中外，有識(shí)者專用力于本原，無(wú)知者日張皇于末藝�！彼�深感我國(guó)人才之缺乏，弊在科舉，主張罷科舉而興學(xué)堂。歸國(guó)后即于光緒三十二年（1906）春，在太原創(chuàng)辦全晉公立中學(xué)堂，被推為教務(wù)長(zhǎng)。在孝義兌九峪（今兌鎮(zhèn)）創(chuàng)辦高等小學(xué)堂，在太原創(chuàng)辦公立女子學(xué)堂。被譽(yù)為“山西興新學(xué)之先聲”。宣統(tǒng)三年（1911），任中央教育會(huì)議員。
光緒三十三年（1907），早就覬覦晉省豐富煤鐵資源的英國(guó)福公司，在清政府的支持下，與山西商務(wù)局簽訂了《山西開礦制鐵以及轉(zhuǎn)運(yùn)各色礦產(chǎn)章程》，投資折銀二百萬(wàn)兩，取得平、盂、潞、澤等地煤鐵開采權(quán)，晉人大嘩。馮秋航與縉紳渠本翹、劉篤敬、王霖等四處活動(dòng)，在全省籌銀二百七十五萬(wàn)兩，贖回礦權(quán)，并興建保晉公司取而代之，從此山西出現(xiàn)了第一個(gè)初具規(guī)模的煤礦開采企業(yè)。
清末，馮秋航任長(zhǎng)安縣知事，次年任陜西高等學(xué)堂國(guó)文教習(xí)。1912年辭職歸里。翌年任省議會(huì)議員，時(shí)富豪往往以金錢賄賂議員，馮秋航廉潔自守，目睹此等腐敗現(xiàn)象悲痛萬(wàn)分，借為友人作挽聯(lián)抒發(fā)憤恨：“淚眼看中華，國(guó)無(wú)所寄，民無(wú)所歸，與其為馬為牛不如速死；傷心談后事，父能自顧，子能自謀，獨(dú)此癡兒癡女何以圖生。”時(shí)雜稅繁多，民不聊生，馮秋航奮筆疾書，向政府進(jìn)言獻(xiàn)策，均石沉大海。1916年他見邊野鄉(xiāng)民缺醫(yī)少藥，遂在兌九峪集資興辦體仁藥堂。原想僅取微利，重在濟(jì)民，但僅開業(yè)三載，便因管理人貪得無(wú)厭，憤然退出。
馮秋航藏書萬(wàn)卷，善本頗多，惜多已散失。晚年回歸故里，邊教書邊著書。遺著有《李菊圃先生遺文》2卷、《朱子年譜節(jié)錄》2卷、《四書講義》27卷、《國(guó)文一貫》10卷、《今文尚書》6卷、《毛詩(shī)故訓(xùn)傳》30卷、《禮記菁華錄》12卷、《教育叢書》15種26卷、《山西風(fēng)土志》1卷、《西河雜志》、《馮氏別錄》2卷、《文鈔》32卷及《詩(shī)草》等。為境內(nèi)現(xiàn)代著述最豐者。