出身書香世家。早年納資鹽運使，歷任湖南會陵知縣、江西鹽法道。負責修繕湖北唐心口潰堤有功，光緒二十四年（1898年）調(diào)任福建興泉永道。次年，力爭主權(quán)，與日人為廈門虎頭山劃界一事鬧翻，清政府迫于日本帝國主義壓力，將他調(diào)任建邵道。他一怒之下辭職，回常州隱居。光緒二十六年，義和團運動爆發(fā)，被清政府征召，負責九省轉(zhuǎn)運事務(wù)。光緒二十七年，母卒回常奔喪。從此，除一度任江防營總領(lǐng)外，一直在地方主持工商各業(yè)的建設(shè)。

《辛丑和約》后，全國掀起興辦新政的高潮，惲于光緒三十一年（1905年）五月，在磨盤橋錢業(yè)公所設(shè)立武陽商會籌備處，任領(lǐng)袖紳董，制訂章程，籌款開展工作。同年，在雙桂坊建造會所。光緒三十二年四月，武陽商會正式成立，被推任總理。期間，他積極舉辦善政，籌設(shè)常州府物產(chǎn)會、商品陳列所，勸導(dǎo)各業(yè)派人出洋學習國外先進工藝，陸續(xù)創(chuàng)辦罐潔、石印、造紙等工廠；清理城鄉(xiāng)積谷，救濟武、丹、沙洲水災(zāi)區(qū)災(zāi)民；籌辦平糶，散放芙蓉圩等地賑款、物資。光緒三十二年至宣統(tǒng)元年（1909年）江皖水旱頻繁，成群災(zāi)民涌向蘇南乞食，他聯(lián)合滬寧沿線城市，統(tǒng)一收容，贈以糧食，送回原籍。接著招收100余名青年組織商團，配置80余支槍維護地方安全。

光緒三十二年（1906年），在“教育救國”的影響下，與常州知府許星璧發(fā)起創(chuàng)辦常州府中學堂（今省常中），并創(chuàng)設(shè)學務(wù)公所、勸學所、師范傳習所和法政講習所，與汪洵等將常州致用精舍改為武陽公立小學堂（今局前街小學），并贊助冠英、育志、道南、溪南、道鄉(xiāng)等小學堂的改良和創(chuàng)建。光緒三十四年籌資在雙桂坊辟建后花園（今人民公園），在園中延陵書院舊基建造常州圖書館。

宣統(tǒng)元年（1909年），他鑒于武進、陽湖兩縣分區(qū)治理，統(tǒng)一改造難以協(xié)調(diào)，向撫署、府署建議設(shè)立武陽城廂自治公所，把東至政成橋，西至西圈門，南至木梳街盡頭，北至仁壽柵作為自治公所的獨立自治范圍。同年七月十七日，自治公所正式成立，他任所長。自治公所在清理寺廟、善堂等公共財產(chǎn)、調(diào)查戶口、劃分城廂區(qū)域、籌設(shè)警察教練所、修筑小北門至火車站路基及疏浚城河等方面做了大量工作。辛亥革命前夕，他與激進的鄉(xiāng)派代表人物屠寬、朱稚竹等為爭奪地方權(quán)發(fā)生矛盾。宣統(tǒng)三年十一月，當屠寬等商量響應(yīng)辛亥革命事宜之際，他率江防營舊部偷襲，夜攻府中學堂，但未成功。后恐江蘇都督追究責任，當夜逃往上海隱居直到民國8年（1919年）去世。

惲祖祁， 字心耘，清代江蘇陽湖（今屬武進）人。辦理湖北唐心口筑堤工程得法，被提升為廈門道道員。1894年甲午戰(zhàn)爭之后，日本圖謀在廈門設(shè)立租界，進而霸占廈門鼓浪嶼和虎頭山一帶土地，扼守嵩鼓航道和廈鼓通津。1898年農(nóng)歷十二月初十，新任興泉永道道臺惲祖祁到任。3天后，日領(lǐng)上野發(fā)出照會，并附送日方測繪的專管租界地圖，要求惲“查照施行”。惲祖祁答復(fù)：按照總署指示，劃界事須“妥商議辦，必須與地方民情無礙，方謂相宜”，以“飭聽查勘明確詳復(fù)核辦”虛與委蛇。1899年3月13日后根據(jù)繼任閩浙總督轉(zhuǎn)達的總署密電，向日領(lǐng)重申：可將浮嶼和沙坡尾兩處劃出設(shè)立日本租界，日方再次拒絕，采用公文旅行的辦法與日方巧妙周旋。幾個月下來，事情毫無進展。惲祖祁以日方索要之地中有英國人財產(chǎn)為借口，施用借虎驅(qū)狼之計，向美英等國駐廈領(lǐng)事通報此事，并邀請廈門海關(guān)稅務(wù)司辛盛前往實地考察，名義上是證實虎頭山一帶確有民居墳?zāi)�，劃為租界確實有礙民情，實際上也是讓英國人知道：虎頭山扼廈鼓航道之要害，若日人在廈門鼓浪嶼一帶設(shè)立專管租界，將對他們的利益構(gòu)成威脅。由于英美等國反應(yīng)強烈，日本不得不放棄在鼓浪嶼設(shè)立專管租界的想法，但仍堅持要在虎頭山一帶劃出10萬坪。針對日方的企圖，惲祖祁一口咬定“虎頭山民墓民居，實有關(guān)礙�！辈⑻岢隹稍诠睦藥Z、沙坡尾、浮嶼或虎頭山山腳海灘這4處由其任選。日本明知列強不會在鼓浪嶼問題上讓步，而其他3處海灘均非要地，地面又十分狹小，即便設(shè)立專管租界也無太大的意義，一再堅持要虎頭山。惲祖祁假借英國領(lǐng)事的干預(yù)，與日方拖延婉拒，由此被清廷調(diào)往延平府撤職議處。當?shù)貪O戶對于日本霸占中國領(lǐng)土的圖謀，進行了英勇的抗爭，多次向地方政府請愿，并圍攻日本領(lǐng)事館官員，用石塊擲擊，擊傷日本人。隨后，全市市民罷市以示抗議。兩個月后的1899年9月21日，福建按察使周蓮與新任興泉永道道臺同日本領(lǐng)事簽訂《廈門日本專管租界續(xù)約章程6款》，12月21日又簽訂《廈門日本專管租界續(xù)約章程12款》。但上述兩部章程均為紙上條款，未能實際操作，所謂廈門日本專管租界始終未能實際經(jīng)營，挫敗日本在虎頭山強索劃專管租界的企圖。

1901年，駐鼓各國領(lǐng)事共同商議后，向清政府提出要求：將鼓浪嶼劃為公共租界。清政府與駐鼓各國領(lǐng)事于1902年1月10日簽署《廈門鼓浪嶼公共地界章程》和《廈門鼓浪嶼公共地界規(guī)例》兩份文件。1902年11月21日，光緒皇帝朱批“依議”，兩份條約正式生效，鼓浪嶼從此淪為公共租界。

雖然鼓浪嶼最終仍然被列強聯(lián)合霸占，但是在晚清的外交史上，在弱國無外交的年代，像惲祖祁這樣通過軟纏硬磨挫敗外強野心的“慘勝”事例，可以說是絕無僅有。