萬歷四十四年(1616)進士,授大理寺評事。后調江西九江,主管稅收。官署為暴利而加稅,他到任即令裁減,因而商民欣然,市場繁榮。不久,改任吉安府(今江西吉安縣)、大名府(今河北大名縣)太守,有政績,百姓擁戴。任欽差大臣,分巡冀寧路(今山西陽曲等縣之地)時,旱災嚴重,瘟疫流行,且礦稅迭增,蒙古喀爾喀屢犯邊塞。馬之升罷礦稅,開倉濟民,并加強邊防,嚴陣以待,蒙古喀爾喀諸部再未侵犯。之后,永寧(今四川瀘縣)宣撫司奢崇明反,馬之升召募勁旅,一舉平息。嗣后,又出任攝廉憲使,廉潔公正,盜賊奸宄,聞風喪膽,一時社會安定,朝野稱頌。
馬之升晚年百病纏身,告老還鄉(xiāng),安居綏德,曾捐資數(shù)百余金,建考棚。