金漢蕙出身于官宦人家，其伯父金世俊乃明末一代名臣，被崇禎皇帝譽(yù)為三清官之首。其父金世儼，字季思，自號(hào)雪原。少則善文，長(zhǎng)入國(guó)子監(jiān)。經(jīng)考試授涇州判官。上任后勤政為民，深受百姓擁戴。明萬(wàn)歷三十五年（1607），在凌塘家中出生了。金漢蕙從小就聰明穎悟，過(guò)目成誦，每次考試總是摘冠。43歲才進(jìn)入仕途，那時(shí)已經(jīng)改朝換代，大明變成了大清。

清順治六年（1649），金漢蕙通過(guò)層層考試，終于榮登金榜，授予三甲進(jìn)士。時(shí)族兄金漢鼎亦中同科進(jìn)士，金門(mén)一科出了二個(gè)進(jìn)士，名震朝野，人們贊譽(yù)他倆為“金氏二雄”。中進(jìn)士之際，在廣西、云南、貴州一帶的西南邊陲地區(qū)尚有一些反清復(fù)明的勢(shì)力存在，與朝廷分庭抗禮。廣西右江（今柳州）就是一個(gè)十分典型的例子。右江多崇山峻嶺，又是少數(shù)民族聚居地區(qū)，民風(fēng)粗野，歷來(lái)都是一個(gè)治理困難的州治。清廷在未攻克右江前就曾召開(kāi)了專門(mén)治理右江的會(huì)議，擬選擇坐鎮(zhèn)右江的官員。在廷議中，已是進(jìn)士身份的金漢蕙向順治帝上奏道：“廣西右江，崇山峻嶺，形勢(shì)險(xiǎn)惡。至今尚無(wú)歸順之意。非王師大軍壓境則不能取。即使收復(fù)，亦非銳意進(jìn)取、吐故納新、奮發(fā)有為、不懼艱險(xiǎn)者不能治。”金漢蕙的一番睿智言語(yǔ)，博得群臣的贊譽(yù)。順治帝遂授他廣西布政使司右參議之職，分守右江。于是金漢蕙就隨南征大軍南下。是年歲未到達(dá)衡陽(yáng)，次年歲末才進(jìn)軍至廣西右江。直至順治八年（1651）廣西西部方被清朝征服，金漢蕙才真正當(dāng)上了廣西布政使司右參議兼柳州知府的實(shí)職官員。因連年災(zāi)禍。金漢蕙抵柳州上任時(shí)，柳州已是滿目瘡痍，百姓流離失所，城內(nèi)荒草漫地，一片凄涼景象，慘不忍睹。金漢蕙上任伊始即著手安民，他下令軍隊(duì)一律不得騷擾民居，妨礙民業(yè)，若有違令者一律軍法從事，決不輕饒。接著招撫流民回鄉(xiāng)墾殖，大興勸農(nóng)之舉。另一方面又著手辦學(xué)興文，政事之暇，親自去學(xué)堂講課，授以理學(xué)之精要。經(jīng)過(guò)金漢蕙殫心竭慮的一番整治，不到一年，柳州地區(qū)就舊貌換新顏，呈現(xiàn)出一派蒸蒸日上的新氣象。

順治九年（1652），明將李定國(guó)率大軍進(jìn)入廣西。因守軍部署不當(dāng)，明軍于當(dāng)年七月四日攻破桂林，桂林定南王孔有德也死于亂軍之中，于是全省震動(dòng)。柳州地處明軍進(jìn)攻的首當(dāng)其沖，因而當(dāng)即被明軍團(tuán)團(tuán)圍住，又因援軍一時(shí)不至，柳州成了一座孤城。兵臨城下，金漢惠帶領(lǐng)軍民死守，執(zhí)迷不降。但終因孤軍無(wú)援而于八日失守，金漢蕙也被明軍押解到桂林關(guān)了起來(lái)。

金漢蕙眼看生還無(wú)望，暗中命仆人送出家書(shū)報(bào)告其父金世儼，在信中道：“兒奉命隨軍征剿廣西，并在這邊遠(yuǎn)山區(qū)為官。此處滿目凄涼，整治艱難，振興不易。兒嘔心瀝血為民操勞，剛有起色，不意七月四日賊陷桂林，八日柳州便被攻破。兒誓不屈節(jié)投降，被萬(wàn)般折磨，求生不得，求死不能。今聞王師大軍已經(jīng)南下，我或有重獲自由之日未可。我前雖不曾戰(zhàn)死沙場(chǎng)，但在王師壓境之日仍應(yīng)不惜生命去參加戰(zhàn)斗以保江山社稷。想兒不能烈烈以明節(jié)，豈敢冥冥以偷生?兒今生死難卜，自當(dāng)與柳州共存亡，望父母不必寄希望于兒�！毙藕蟾皆�(shī)曰：朝衣灑淚整征鞍，釋褐方為命守南。道入衡陽(yáng)經(jīng)屈墓，重耒湘水賦邯鄲。柳城半載千旬劫，桂嶺三朝萬(wàn)骨丹。稽首羅池贍子厚，游魂愿托九嶷看。

順治九年（1652）十一月二十六日被殺于衡州城外，終年46歲。

清軍卷土重來(lái)，清廣西巡撫將金漢蕙事跡上奏朝廷，順治帝深為痛惜，于十一年（1654）特賜御葬之禮祭祀，贈(zèng)太中大夫�？滴踉�年（1663），贈(zèng)光祿寺卿。康熙二十六年（1687），入祀馬平縣“名宦”。次年（1688）入祀義烏縣鄉(xiāng)賢祠。