生于清光緒十九年(1893年)，稍長，就讀于逢源小學、漳州尋源中學，繼而升入北平 燕京大學，學行兼優(yōu)。民國8年(1919年)畢業(yè)，參加全國會考，名列第三，大學畢業(yè)后，先在福州鼓山教會和漳州尋源中學任中文教師，服務3年。民國16年（1927），任漳浦縣教育局長，即派員到全縣5個區(qū)視察，擬訂全縣教育事業(yè)發(fā)展規(guī)劃。1966年12月逝世，終年73歲。

提出：經(jīng)費獨立，不得移作別用；開設簡易師范，培訓師資；設中心小學，配合輔導；充實社教館，發(fā)展社會教育等四點。后因經(jīng)費問題造成規(guī)劃未能實施，任職一年后即辭職。此后，林慶余專事教書，初教國文，因深感中國科學技術(shù)的落后，必須在中學時代加強數(shù)、理、化學習，乃改教數(shù)學科。他先后在集美、 雙十中學、進德女中、 龍溪中學、龍溪師范、南靖師范、云霄高中、 海澄中學、道周高中、漳浦一中等學校執(zhí)教數(shù)十年，學生遍及閩南和海外各地。他又熱心于辦學，民國17年（1928），在家鄉(xiāng)烏石促成創(chuàng)辦西河小學(后為浯江中心小學)；民國22年（1933），在路下五社興辦露江小學(后為東庵小學)。1954年起，林慶余歷任漳浦縣第一、二、三、四屆政協(xié)委員，政協(xié)文史組組長，直至逝世。他為漳浦縣文史資料收集、整理工作做出貢獻。

著作有《古印集考》、《幾何軌跡》、《〈增廣詩韻全璧〉目錄分類》、《同音異字八十五則》、《漳浦民間故事集》、《民間謎語》等。

時人譽為“番仔探花”。