16世紀(jì)80年代和田總督忽來(lái)失速檀叛亂,他又領(lǐng)兵平叛,經(jīng)過(guò)3個(gè)多月的征戰(zhàn),把忽來(lái)失速檀捉回葉爾羌,戰(zhàn)亂平息。阿不都·哈林汗去世時(shí)(1591～1592年),馬黑麻正在塔拉斯河一帶征戰(zhàn),聞?dòng)嵎祷厝~爾羌登上汗位。在位期間,馬黑麻汗調(diào)整各城總督及中央主要官員,加強(qiáng)中央集權(quán),又于萬(wàn)歷二十二至二十三年(1594～1595年)擊敗月即別的入侵,葉爾羌汗國(guó)進(jìn)入全盛時(shí)期。馬黑麻汗比較牢固地控制了整個(gè)汗國(guó),葉爾羌、喀什噶爾、阿克蘇、烏什、庫(kù)車(chē)、察力失和吐魯番直至哈密城,以及和闐與色勒庫(kù)爾直至在巴達(dá)克山一帶,這些領(lǐng)地都用馬黑麻的稱(chēng)號(hào)虎圖拜和制幣。他還厚待普通人民,壓制高利貸者。政治的清明與社會(huì)的穩(wěn)定,促使葉爾羌汗國(guó)經(jīng)濟(jì)、文化日趨繁榮,葡萄牙人鄂本篤于1603年從印度來(lái)葉爾羌,記述葉爾羌城“商賈如鯽,百貨交匯”的繁榮景象。

馬黑麻汗是一位虔誠(chéng)的穆斯林,拜黑山派創(chuàng)始人和卓伊斯哈克為導(dǎo)師,成為其哈里發(fā)(代理人),深受黑山派信徒的崇敬和贊頌。在位期間,大力扶持黑山派勢(shì)力,黑山派和卓勢(shì)力排擠其他教派,積極干預(yù)政治,其影響逐步滲入社會(huì)各個(gè)方面。從此,葉爾羌汗國(guó),上至軍政要?jiǎng)?wù),下至百姓生活,無(wú)不受和卓家族勢(shì)力影響。明萬(wàn)歷三十七至三十八年(1609～1610年)馬黑麻汗去世,在位18年。