后反熊，自任川軍總司令，兼任川滇黔聯(lián)軍副總司令，兵敗后退至廣州。1923年任廣州孫中山大元帥府參軍長(zhǎng)。呂超曾經(jīng)發(fā)起恢復(fù)“四校同學(xué)會(huì)” (即北洋時(shí)代在北京成立的將弁、陸軍小學(xué)、陸軍中學(xué)、保定等四校)，以與蔣介石的“黃埔同學(xué)會(huì)”相抗衡。不久，被蔣介石解散。1945年辭國(guó)民政府參軍長(zhǎng)，任軍事參議院上將參議，國(guó)民政府監(jiān)察院檢查委員。1949年留居大陸，策動(dòng)西南將領(lǐng)起義，促成成都和平解放。建國(guó)后，任西南軍政委員會(huì)委員。1951年7月20日在重慶病故。

1890年3月9日（清光緒十六年二月十九日）生于四川省宜賓縣金城鄉(xiāng)（今屬宜賓市翠屏區(qū)思坡鄉(xiāng)），出生于書(shū)香門(mén)第，幼時(shí)隨父就讀。在家中排行老四。父親呂和定，字方中，是清朝的貢生；母親蔡氏，是清朝處士俊卿先生的二女兒。蔡氏去世以后，時(shí)任國(guó)民政府主席的譚延闿為其撰書(shū)《呂母蔡太夫人墓志銘》，以紀(jì)念她的母儀不凡。

1908年考入四川陸軍小學(xué)堂學(xué)習(xí)。1909年畢業(yè)后入南京陸軍第四學(xué)堂深造，結(jié)識(shí)革命志士，同年加入同盟會(huì)。1910年春入保定軍校入伍生隊(duì)。平易近人，能詩(shī)詞、工書(shū)法，尤好篆書(shū)，留存宜賓縣內(nèi)墨跡不少。

光緒三十四年（1905年），呂超考入四川陸軍小學(xué)第一期。宣統(tǒng)元年（1909年）以?xún)?yōu)等生從陸軍小學(xué)堂畢業(yè)，繼續(xù)考入南京陸軍第四中學(xué)，此間結(jié)識(shí)革命志士，加入同盟會(huì)，經(jīng)常聚會(huì)討論革命大事，聯(lián)絡(luò)校內(nèi)外革命同志。1911年春考入保定陸軍軍官速成學(xué)校入伍生隊(duì)，吳祿貞曾派人與呂超暗中聯(lián)絡(luò)起義事宜。10月10日武昌起義爆發(fā)，吳祿貞派人到保定聯(lián)絡(luò)起義，事泄，吳被刺身死，清廷下令搜捕余黨，呂超被迫離保定軍校去上海，經(jīng)同盟會(huì)中部總部介紹與陳其美聯(lián)系。11月后，呂超受陳其美派遣去北方從事革命，他攜幾千元先赴天津，與彭家珍、黃復(fù)生、夏斗寅、趙鐵橋等人策劃，后赴北京晤李石曾、汪精衛(wèi)等。12月與汪精衛(wèi)、彭家珍、黃復(fù)生、李石曾等組織“中國(guó)同盟會(huì)同盟會(huì)天津分會(huì)”，呂超分工負(fù)責(zé)運(yùn)動(dòng)曹錕第三鎮(zhèn)官兵，在排、連長(zhǎng)中發(fā)展四十余人、士兵中發(fā)展千余人加入同盟會(huì)。

1912年1月26日彭家珍炸良弼殉難后，呂超繼任同盟會(huì)天津分會(huì)軍事部長(zhǎng)，曾策動(dòng)清兵革命，晚間常在僻靜處分班召集官兵，曉以革命大義，聽(tīng)者深受教育，表示愿為革命效力，請(qǐng)?jiān)绨l(fā)動(dòng)。2月29日，袁世凱借口（北）京、（天）津、保（定）“兵變”，捉拿革命黨人，呂超立即通知軍中的革命同志趕快隱蔽，并以軍事部長(zhǎng)名義簽發(fā)證書(shū)，介紹他們?nèi)敫锩��?duì)伍，自己也將京津同盟分會(huì)結(jié)束，離京南下。

5月呂超回四川，在宜昌與同盟會(huì)戰(zhàn)友馮中興相遇。馮亦四川人，奉黎元洪命護(hù)送步槍數(shù)千支入川，以?xún)敻尔}款。四川都督胡景伊和川軍第五師師長(zhǎng)熊克武都想獲得這批武器。熊克武先派人與呂超商議，派人迎呂超于夔府，囑呂勸馮以所運(yùn)武器建立川軍第五師第二團(tuán)，事成，馮中興為團(tuán)長(zhǎng)，呂超為團(tuán)附兼第一營(yíng)營(yíng)長(zhǎng)。1913年2月，呂超任四川陸軍第五師第二團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)，移駐重慶。

1913年7月12日江西“二次革命”爆發(fā)，8月4日熊克武、楊庶堪通電討伐袁世凱，呂超被派赴成都，說(shuō)服了川邊經(jīng)略使尹昌衡、第二師師長(zhǎng)劉存厚反袁，后經(jīng)樂(lè)山、宜賓、瀘州返重慶，沿路說(shuō)服聯(lián)系駐軍反袁。8月中下旬被派到永川龍光旅任第一支隊(duì)右路司令，主攻隆昌、瀘州，皆獲勝，討袁頗有戰(zhàn)績(jī)，繼又率部援渝，至壁山縣馬坊橋，得悉重慶失陷，熊、楊出走，乃將部隊(duì)分散匿于山野，只身潛回重慶面晤黔軍司令黃毓成和參謀長(zhǎng)楊杰，責(zé)其背信棄義助敵攻友，并曉以袁氏竊國(guó)罪在必討，黃也是同盟會(huì)員，答應(yīng)暗中相助，又至萬(wàn)縣向盧錫卿告以黔軍義舉。9月陜軍張鈁圖川，兵至夔府，呂超冒險(xiǎn)過(guò)火線(xiàn)，以反袁大義說(shuō)服張，達(dá)成互不侵犯協(xié)議，呂超正準(zhǔn)備赴重慶聯(lián)絡(luò)黔軍時(shí)，討袁聯(lián)軍已破裂，“二次革命”失敗，胡景伊下令拘捕“肇亂人犯”，呂超乃只身東下，至上海，得悉熊克武、楊庶堪等已去日本，亦隨即東渡。

1914年2月黃興在日本成立“浩然廬”，呂超入內(nèi)講學(xué)，7月加入中國(guó)革命黨。同年秋，孫中山?jīng)Q定再次發(fā)動(dòng)武裝反袁，任命呂超為中華革命軍川南區(qū)司令。12月呂超回國(guó)，在上海與其三哥呂輔周會(huì)合，二人由湘西至宜賓沿途聯(lián)絡(luò)革命同志，秘密布置反袁任務(wù)，發(fā)展革命黨員。1915年春，呂超再去上海準(zhǔn)備槍彈。本年秋，帶槍彈、炸藥乘船入川，船至涪陵，得知袁在渝爪牙已探悉其行蹤，便派其五弟呂一峰密將槍彈運(yùn)至宜賓，自己繞道回宜，在宜賓秘密發(fā)展中華革命黨黨員。12月12日袁世凱宣布接受帝制，25日云南首先掀起護(hù)國(guó)起義。1916年1月16日，蔡鍔領(lǐng)導(dǎo)的云南護(hù)國(guó)軍入川前鋒抵縣鳳儀新場(chǎng)，呂超以“中華革命軍川南區(qū)司令”名義在牛喜場(chǎng)舉兵響應(yīng)，收編民團(tuán)和接納慕義而歸者達(dá)數(shù)百人，又奪得江防軍槍支近百，遂于蕨溪整編成軍，向北洋軍伍祥禎部側(cè)后出擊，有力支援了護(hù)國(guó)軍劉云峰部攻入宜賓城。1月底熊克武、但懋辛等由滇抵宜，眾勸呂擁熊，呂超應(yīng)允，所部被熊克武改編為兩個(gè)支隊(duì)，呂超任第二支隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)。2月，呂超率部與川軍朱敦五、周占鴻部激戰(zhàn)于牛喜場(chǎng)西北高地，大勝。3月又克筠連，殲巡防軍，懲附袁的縣知事，敘南六縣望風(fēng)而順，之后又乘勝前進(jìn)，兵不血刃攻下自流井、貢井。6月袁世凱死，新任川督周駿繼續(xù)與護(hù)國(guó)軍對(duì)抗，熊克武采納呂超的建議，下令分三路圍攻隆昌，又獲大勝，護(hù)國(guó)戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束，呂超任川軍第五師第十八團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)，駐忠州。

1917年8月唐繼堯組織川、滇、黔軍組成三省靖國(guó)聯(lián)軍，1918年1月9日，熊克武就任四川靖國(guó)軍總司令，呂超任第一縱隊(duì)司令，討伐依附北洋軍閥的四川督軍劉存厚。2月20日率部首先占領(lǐng)成都，27日呂超被孫中山任命為成都衛(wèi)戍司令，兼代理四川督軍，但這個(gè)命令沒(méi)有得到唐繼堯的認(rèn)可，他復(fù)電力辭未就任，推熊克武擔(dān)任，自己則率部逐劉存厚至陜西寧羌（今寧強(qiáng)）。5月19日，四川靖國(guó)軍熊克武、呂超占領(lǐng)川北昭化，敗劉存厚、鐘體道。5月被廣東政府任命為川軍第五師師長(zhǎng)。6月10日呂超再敗劉存厚、鐘體道，占領(lǐng)廣元，劉存厚等退陜邊寧羌，呂超率第五師駐綿陽(yáng)，部隊(duì)編為三個(gè)旅加一個(gè)獨(dú)立團(tuán)，于此創(chuàng)辦軍官教育團(tuán)，以三民主義思想訓(xùn)導(dǎo)官兵，培植干部。7月劉存厚在漢中設(shè)四川督軍署，11月呂超進(jìn)兵漢中，12月5日將漢中包圍，7日攻占陜西褒城，但圍攻漢中十余日不下，21日城將破，劉部援軍賴(lài)心輝趕至，呂超部彈盡糧缺，乃退回綿陽(yáng)。1919年5月2日，廣州的護(hù)法軍政府授呂超為陸軍中將，此時(shí)陳炯明、趙恒惕、熊克武主張聯(lián)省自治，國(guó)民黨內(nèi)有人借聯(lián)省自治詆毀孫中山，嘲弄呂超等人為“孫大炮之信徒”。

1920年2月，由于熊克武在整編川軍時(shí)對(duì)孫中山支持的石青陽(yáng)、黃復(fù)生民軍限制、排斥，促使四川國(guó)民黨內(nèi)部矛盾激化。當(dāng)時(shí)唐繼堯企圖控制全川，對(duì)不聽(tīng)話(huà)的熊克武也很不滿(mǎn)。3月唐繼堯、呂超聯(lián)絡(luò)在四川的滇軍、黔軍、川軍各部聯(lián)合倒熊，唐繼堯自任總司令，4月16日熊克武被迫辭職，各方仍不罷休。4月30日，四川第五師師長(zhǎng)呂超、二師劉湘、三師向傳義、四師劉成勛、六師石青陽(yáng)、七師顏德基、八師陳洪范、司令黃復(fù)生、盧師諦合組同盟軍，宣布川督熊克武勾結(jié)政學(xué)系等罪狀，出兵討伐，推呂超、劉湘為川軍總副司令，劉湘不滿(mǎn)退出。5月4日熊克武以得劉湘、劉成勛、陳洪范、向傳義之支持，宣布復(fù)職，呂超被唐繼堯正式委任為四川靖國(guó)軍副總司令，指揮部隊(duì)進(jìn)攻熊克武。7月9日熊克武自?xún)?nèi)江等地退回成都，10日熊克武退潼川、保寧，18日呂超率部進(jìn)駐成都，就任川軍總司令，呂超雖然占領(lǐng)成都，滇黔軍卻凌駕于呂超之上，并設(shè)立了三省聯(lián)軍總部，以唐繼堯?yàn)榻y(tǒng)帥，要把川省軍、民、財(cái)各政統(tǒng)歸聯(lián)軍總部管理，川省中央稅收及地方財(cái)政收與四川兵工廠(chǎng)、造幣廠(chǎng)全歸聯(lián)軍總部支配，呂超形同傀儡，事事都不由自主。

8月1日呂超電邀孫中山、唐紹儀、伍廷芳等入川組織政府，8日呂超正式就任川滇聯(lián)軍副總司令兼川軍總司令，但熊敗退后又聯(lián)合劉湘、鄧錫侯、劉存厚反攻呂超、石青陽(yáng)、顏德基、盧師諦、黃復(fù)生。8月24日孫中山、唐紹儀、伍廷芳電復(fù)唐繼堯、劉顯世、呂超等，即赴重慶設(shè)立政府。9月5日呂超被熊克武和劉存厚驅(qū)出成都，10月15日重慶也被攻占，孫中山入川組織政府已不可能，呂超乃出走上海。

1921年秋，呂超奉孫中山命赴廣州，負(fù)責(zé)對(duì)外聯(lián)絡(luò)事宜，12月至桂林協(xié)孫組織大本營(yíng)，準(zhǔn)備北伐。12月23日，呂超被孫中山特任為大元帥府參議。1922年5月任大元帥府參軍長(zhǎng)。本年冬，呂超又奉孫中山命赴湖南在趙恒惕部發(fā)展國(guó)民黨員，至河南、山東聯(lián)絡(luò)胡景翼、岳維竣、孫岳、徐永昌等人，密商北方革命計(jì)劃，接著又赴北京聯(lián)絡(luò)馮玉祥，再取道上海聯(lián)絡(luò)浙江督軍盧永祥，以上策動(dòng)均獲圓滿(mǎn)成功。1923年2月3日，孫中山派呂超為國(guó)民黨本部軍事委員會(huì)委員。5月呂超返廣州，時(shí)四川一、二兩軍戰(zhàn)起，6月呂奉孫中山命回川參加四川討賊軍（總司令熊克武），任第一路司令。9月14日四川討賊軍總司令熊克武、賴(lài)心輝軍自?xún)?nèi)江大舉南進(jìn)，17日討賊軍第一路呂超、第三路石青陽(yáng)猛攻瀘州。11月25日被任命為四川討賊軍（總司令熊克武）第一軍總司令，率舊部由溫江經(jīng)成都、簡(jiǎn)陽(yáng)、資中、內(nèi)江，進(jìn)占瀘縣，收編了楊森所部楊春芳師。1924年2月楊春芳叛變，扣呂超于瀘州，軟禁了一個(gè)時(shí)期，后得袁祖銘相助獲釋?zhuān)�熊克武�?zhàn)敗退出四川。1925年2月，四川督理?xiàng)钌�企圖統(tǒng)一全川，劉湘、袁祖銘組織“川、黔聯(lián)軍”拒之，7月呂超應(yīng)劉湘、袁祖銘所邀任川、滇、黔聯(lián)軍總指揮，聲討依靠吳佩孚的楊森，9月楊森敗走，呂超部擁眾萬(wàn)人，得敘府“南六縣”（包括宜賓、高縣、珙縣、長(zhǎng)寧、興文、筠連等縣）為防地，乃從事整編，并編《三民主義淺說(shuō)》以為官兵學(xué)習(xí)讀物。

后來(lái)劉湘和袁祖銘因分賬不均而發(fā)生戰(zhàn)斗，楊森重回四川，另一軍閥劉文輝防區(qū)以敘府為中心，對(duì)川黔邊防軍總司令呂超盤(pán)踞敘南六屬早覬覦多時(shí)。他探知?jiǎng)⑾媾c楊森合力驅(qū)袁已成定局，遂搶先發(fā)難，派遣費(fèi)東明師及覃筱樓混成旅分兵三路向呂超發(fā)動(dòng)突襲。變生意外，一向以劉文輝為友軍的呂超倉(cāng)猝應(yīng)戰(zhàn)，一觸即潰，劉軍以破竹之勢(shì)席卷敘南六縣。呂超收容殘部，退守合江。1926年7月9日廣州革命政府出師北伐，呂超召集旅長(zhǎng)、團(tuán)長(zhǎng)們開(kāi)會(huì)，欲率部出川參戰(zhàn)，而將領(lǐng)不從，呂超遂只身南下廣州參加北伐。

11月，呂超被任命為四川宣慰使，鼓動(dòng)川中各將參加北伐。 8月6日彭漢章在辰州軍次就任國(guó)民革命軍第九軍軍長(zhǎng)職，呂超為該軍黨代表，轄第一師（師長(zhǎng)賀龍）、第二師（師長(zhǎng)楊其昌）、第三師（師長(zhǎng)毛鴻翔）。8月14日兼任北伐軍左翼軍黨代表，26日蔣介石電催左翼軍總指揮袁祖銘、黨代表呂超、第九軍軍長(zhǎng)彭漢章、第十軍軍長(zhǎng)王天培，令其急占荊沙，后來(lái)袁祖銘被扣上勾結(jié)北軍的罪名被在宴會(huì)上被火并后，呂超隨之去職。

1927年4月12日蔣介石在上海制造事變，反革命真象畢露，18日更在南京成立國(guó)民政府，8月下野后，呂超登希望李宗仁幫助自己圖謀四川，未果，武漢國(guó)民政府令拿辦王陵基、呂超、石青陽(yáng)、向傳義，乃回川潛居中江，閉門(mén)臨篆，怡情書(shū)畫(huà)。1928年11月7日任四川省政府委員。1930年4月馮閻桂軍閥聯(lián)合反蔣，李、白撥兵一團(tuán)及軍械交給呂超，呂超在漢口組織舊部成立“后援司令部”，自任總司令，軍事失敗后所部被收編。1931年11月蔣介石下野，經(jīng)陳銘樞推薦，呂超被任命為國(guó)民政府參軍長(zhǎng)。1932年1月11日，呂超正式就任國(guó)民政府參軍處參軍長(zhǎng)，長(zhǎng)時(shí)間參贊中樞。1936年11月12日給予二等云麾勛章。

1937年1月8日，國(guó)民政府令呂超任為陸軍中將，并特加陸軍上將銜。7月抗日戰(zhàn)爭(zhēng)全面爆發(fā)，呂超堅(jiān)持抗戰(zhàn)立場(chǎng)，反對(duì)蔣介石獨(dú)裁，為蔣所嫉。1939年春夏間，呂超與毛澤東、朱德通書(shū)信，商議團(tuán)結(jié)抗日、反對(duì)投降事宜，受到毛澤東贊許。10月，呂超在成都成立“中國(guó)抗建墾殖社”，以開(kāi)發(fā)邊區(qū)、安置難民、實(shí)行耕者有其田為宏旨，開(kāi)發(fā)雷波、馬邊、屏山、峨邊、沐川等縣荒地，后該社具體負(fù)責(zé)人倒行逆施，廣種鴉片，與呂超原意背道而馳。1942年春，宜賓縣私立菁莪高級(jí)商業(yè)職業(yè)學(xué)校”，校于信義街云南館，呂超被聘為董事長(zhǎng)。

1943年8月1日國(guó)民政府主席林森逝世，呂超也辭去參軍長(zhǎng)職，大力募款捐資興辦教育，親任學(xué)校董事長(zhǎng)，或兼任校長(zhǎng)，為重慶清華中學(xué)、建川中學(xué)、樹(shù)人中學(xué)、精益中學(xué)、西南美專(zhuān)等學(xué)校的發(fā)展作出了貢獻(xiàn)。1945年9月17日呂超被免參軍長(zhǎng)，調(diào)任為國(guó)民黨軍事參議院上將參議。10月10日授予抗戰(zhàn)勝利勛章，李濟(jì)深自香港函約呂為西南國(guó)民黨革命委員會(huì)籌備負(fù)責(zé)人，呂允以暗中從事聯(lián)絡(luò)工作，而不負(fù)其名義。

1946年12月7日，國(guó)民政府令“陸軍中將特加上將銜呂超晉任為陸軍上將，并退為備役”，其后公開(kāi)與共產(chǎn)黨人接觸，在重慶家中與延安代表宴會(huì)酬答。1947年9月當(dāng)選為國(guó)民黨第六屆中央監(jiān)察委員。1948年5月任監(jiān)察院監(jiān)察委員、云貴區(qū)監(jiān)察委員行署委員，回宜賓縣，在上層人士中宣傳成立地方武裝，保境安民。1949年4月4日任川康區(qū)監(jiān)察委員行署委員，在成都設(shè)立監(jiān)察使署，負(fù)責(zé)監(jiān)察川、康兩省。全國(guó)解放前夕，呂超曾與劉文輝等策動(dòng)四川國(guó)民黨起義成功。1950年2月西南軍政委員會(huì)成立，6月28日呂超被任命為西南軍政委員會(huì)委員。

1951年7月20日，呂超在四川因腸癌病逝，終年六十二歲，葬于重慶南溫泉白鶴林村。呂超是辛亥革命元老，長(zhǎng)期追隨孫中山，為西南革命作出了重要貢獻(xiàn)。