邱晉昕系邱建猷長子。邱晉昕九歲隨父進(jìn)京，遍歷各省，邱建猷廣請(qǐng)名師教授之。10歲“喜觀通鑒、各史、名人文集，略曉大義�！�13歲即遍誦十三經(jīng)，18歲，其所作詩歌、游記為同人所激賞。然而“為時(shí)文之學(xué)，格格不能入細(xì)。試有司，輒見黜�！�21歲始考取秀才，不久補(bǔ)廩。后來又連困鄉(xiāng)試。至同治六年(1867）與弟邱晉亨同舉于鄉(xiāng)，年38歲。光緒六年51歲始中進(jìn)士，登金榜二甲第126名。以知縣即用分發(fā)福建，先入閩浙總督何璟幕府，后歷任福建晉江、霞浦、南平諸縣知縣。

晉江素以難治聞名，其俗健訟，喜械斗。邱晉昕上任，恩威并施，革除豪不蠹奸民索民之弊，清獄囚、防火患；以養(yǎng)民約民，止械斗。晉江人喜事而畏官，好勇而性直，尤敬科舉出身之人，遇互斗不擄掠?jì)D女，不基督徒紳衿。晉昕清廉勤勉，得公正者相助，辦事講究方法，地方遂得治。晉昕在南平任內(nèi)，因母逝回鄉(xiāng)服喪。服闋后援例捐升知府，署邵武府知府。光緒廿四年(1898）以老告歸，卒于家。

邱晉昕生平博文恒記，著有《九十九峰詩文鈔》，另有《昕雨軒主人自訂年譜》。部分詩文見存于《潮州計(jì)萃》、《茶陽三家文鈔》。

9歲隨父抵京師，先后游學(xué)于豫章、皖、金陵、揚(yáng)州等地，所到一地，則訪購書籍，駐京六載，典冊(cè)星羅。自稱10余歲即喜讀《通鑒》、各史、說部、名人文集等。光緒六年（1880）進(jìn)士，歷官邵武知府，十四年（1888）以老告歸。外出為官時(shí)，隨訪隨購，書箱堆積其中，有書40余箱，2萬余卷，以“九十九峰草堂”為藏書之所，自作有《藏書記》稱：咸豐九年（1859），太平軍駐其鄉(xiāng)4天，“書頁器物，狼藉滿地”，“翻其圖畫，以相裝飾”，“完善本十無四五，……書之存者，十無一二。”此次兵火之劫，使其藏書損失大半。著《九十九峰草堂文抄》，與何如璋、林達(dá)泉、合著有《茶陽三家文鈔》六卷等。