十六年，出為廣東海北道僉事。海寇鄧耀居島中，時出剽掠。國棟以三千人分五道進剿，檄鄰道出兵扼要隘，擒耀，解散馀黨。事平，雷、廉兩部諸富人為賊所誣，械系者眾，國棟察其冤，為辨雪。諸富人裒千金為報，國棟曰：“吾憫若無辜，柰何污我？”卻之。遷山西寧武道參議。

康熙六年裁缺，改江南蘇松常道參議。太湖堤岸傾圮，率吏民修葺，修沿海墩臺及吳淞、劉河兩徬，工費不擾民。師下閩、粵，徵調(diào)旁午，國棟一意與民休息，每遇急徵，從容部署。芻茭糧糗，預(yù)儲以待，軍興無乏，閭左晏然。戒屬吏無朘民，郡縣稍稍知斂戢，不敢事剝削。連歲用兵，度支不給，詔各省籌裕餉之策。國棟言：“古今生財之說，開與節(jié)二者而已。議開於今日，已無可加，當(dāng)議節(jié)，自朝廷始。舊制，江南歲市布五萬匹供宮府賚予，宜可罷，歲省帑金三萬�！弊h上，報可，滿洲兵駐防蘇州，議筑營舍於王府基，當(dāng)城中。國棟以兵民雜居難久安，持不可，乃改營南城隙地，民便之。宜興善權(quán)山中寺僧與豪族爭地，聚眾焚寺殺僧，知縣告亂，大吏將發(fā)兵。國棟單騎馳往，得首禍寘法，馀無所問。吳俗健訟，喜投缿告密，國棟輒不問，即有所案，亦從寬。馭吏嚴，而拊循士民具有恩意。十六年，卒。吳民思之，建祠虎丘山麓以祀。