民國2年（1913）、3年（1914），劉昆玉奉命談判，并收繳新疆東北一帶回蒙等少數(shù)民族政權(quán)的印詔。民國政府嘉獎劉1枚紅色勛章，晉升為陸軍中校軍務(wù)科長。后因家中老人病危，回西安在陜西省府供職3年，年邁后辭職回到故里。

劉見故鄉(xiāng)文化落后，多方奔走，籌集資金，在馬召鎮(zhèn)西興辦鹿鵝學(xué)堂。民國13年(1924)，學(xué)校準(zhǔn)備開學(xué)時，被洪水沖毀。晚年，劉回顧新疆經(jīng)歷，寫成約13萬字的《游新記》，書分3部分。一是寫測量中俄邊界時所見所聞，記述中俄邊界西段5000余公里的界碑位置變遷、周圍地形、軍事要塞、兵力分布以及沙俄侵略中國西北邊疆等情況；二是邊疆一帶幾個縣的縣志，重點寫軍事要塞；三是回民領(lǐng)袖肖格爾起義的始末。又將從新疆回西安的路途見聞寫成約6萬字的《省親記》，記述劉在新疆的歷次重大活動，以及途中見到的民不聊生的情景。這2部書是近代重要的軍事地理著作。

劉回鄉(xiāng)后多方搜求地方資料，懷揣筆紙，手提硯臺，走訪故老，采錄碑石，重新訂正補充明代王三聘所寫的縣志，寫成《廣兩曲志》一書，仿照史書體例，每章末尾寫有評論，比同期縣府的重修周至縣志》科學(xué)且觀點進步。還著有《周至六朝石墨集》、《續(xù)終南仙境志》、《天山山脈志》、《中俄國界志》、《新疆地理志》、《平弧實用》、《金石草》、《歷史金石大綱》等書。