甲申年(公元1644年)李自成攻入北京，崇禎自縊，明朝宗室在各地自立為王，起兵反抗。當(dāng)時福王立于南京，仍讓彭遇颽做浙江巡按。后來，南京被清兵攻陷，唐王又立于福建，授彭遇颽為中丞都御史，兼理漳州道。唐王起事失敗以后，他仍然留在漳州，堅持了三年。

至清順治四年(1647年)，明朝宗室魯王又起兵于長垣，當(dāng)時反清浪潮風(fēng)起云涌，郡縣紛紛響應(yīng)，彭遇颽乘反清之風(fēng)，接連攻取了27個縣以此響應(yīng)魯王，當(dāng)時清豫王在南都聞訊后，感嘆道：“遇颽真是人杰！”桂王又在肇慶自立后，從遙遠的廣東授他為粵布政使。魯王留他仍署漳州事。這時清兵向南進軍，諸城大部分淪陷，只有彭遇颽鎮(zhèn)守的漳浦等三城沒有被攻下。

順治六年（1649年），桂王任命他為福建布政使，降清的吳三桂派遣使者去招撫他，彭遇颽大怒斬殺來使，以示決絕。這年十二月，清又派出招撫使臣到福建，明所設(shè)巡撫呈遞投城書時，彭遇颽誓死不降，結(jié)果被清軍拘捕，自殺而死。清政府追贈謚號文莊，葬于福建。

康熙十一年，才由其孫彭梓將靈柩遷葬于沂州道里。