2001年，馬莉在北京擔任電視臺紀錄片導演，主要工作是為北京衛(wèi)視、吉林衛(wèi)視、鳳凰衛(wèi)視等做人物欄目編導。

2007年，馬莉離開體制并深入到高原藏區(qū)，拍攝世界上海拔最高的一座藏傳佛教色須寺，于2010年完成紀錄片《無鏡》，該片由高群書擔任制片人，獲第二屆北京新青年影像年度展最佳技術獎、評委會特別獎，并入圍2013年巴黎歐洲中國銀幕電影節(jié)。

2011年，馬莉在拍攝北京城中的上訪村六年后，完成紀錄片《京生》，該片獲得2012年度FIRST青年電影展評委會特別獎。2017年，馬莉完成紀錄片《囚》，該片入圍第67屆柏林電影節(jié)論壇單元，并獲得第54屆臺灣電影金馬獎最佳紀錄片獎、第11屆FIRST青年電影展最佳紀錄片。2018年，《囚》獲得香港文藝復興獎紀錄片獎。

導演馬莉代表了一批獨立女作者，她們忍耐力極強，敢于挑戰(zhàn)高難度題材，通常單槍匹馬，也更容易走進拍攝對象的內心，面對同一種題材，她們比男性導演多了更加細致的觀察和更深入的勇氣，馬莉更加與眾不同，那只掌控鏡頭的手，有點雌雄同體。（澎湃新聞網評）

每一個人都是社會病理學的樣本。面對這樣的議題，從拍攝者的維度來說，馬莉強調的是體驗式的觀察手段。不被書本和網絡提供的間接信息套牢，采取親自觀察的直接手段，這是一個社會學研究者的工作態(tài)度。（騰訊谷雨評）