貞佑三年(1215年)，金宣宗令衍圣公孔元措隨朝任職，孔元用奉命以孔元措族弟身份代管曲阜祭祀之事。

興定四年(1220年)，蒙古兵攻占山東，孔元用承制封拜曲阜縣尹、權(quán)襲封衍圣公。

宋寧宗嘉定十七年(1224年)，宋兵收復(fù)山東一帶，遙授孔元用為通直郎，知仙源縣事。不久，又改為濟(jì)州通判，兼京東西路安撫司，主管機(jī)宜文字。

宋理宗寶慶元年(1225年)，曲阜重又被蒙古軍攻陷。次年(1226年)，孔元用隨蒙古軍西征，同時(shí)蒙古政權(quán)去其“衍圣公”爵位，改為留守曲阜的其子孔之全擔(dān)任“衍圣公”奉林廟祀事。寶慶三年(1227年)，孔元用歿于城下。