同治元年，從多隆阿攻廬州，屯城西北，破太平軍營(yíng)壘，擒斬?cái)?shù)千。進(jìn)毀賊柵，樹云梯攻城，太平軍守軍方死拒，而陳玉成兵敗遽去，遂由西門攻入，克廬州。清吉累以戰(zhàn)功賜號(hào)干勇巴圖魯，擢總兵，加提督銜。多隆阿督師赴陜西，以清吉統(tǒng)五千人留守廬州。二年，苗沛霖復(fù)叛，廬、壽、開土蜂匪起，清吉悉剿平之。太平軍、捻軍合擾豫、楚之交，清吉赴援湖北，屯孝感、黃岡，拔難民近萬。

三年九月，太平天國(guó)扶王陳得才、天將馬融和合攻蘄水，圍副都統(tǒng)富森保於關(guān)口，石清吉率軍馳援，適逢大霧，太平軍馬步數(shù)萬麕集。清吉進(jìn)至藥山，太平軍渡河抄后路，圍數(shù)重，截其四營(yíng)為二。自辰至午，血戰(zhàn)，被九創(chuàng)，殞於陣。從戰(zhàn)歿者，副將江星南、谷明發(fā)，游擊曾占彪、段會(huì)元。事聞，詔視提督陣亡例賜恤，入祀京師昭忠祠，予騎都尉世職，謚威毅，建專祠。