穆其琛，字海航，出生于蒲江。早年，就華陽求學。1843年（道光23年），曾國藩主考四川鄉(xiāng)試，遴選俊杰，其琛，其一也。1849年（道光二十九年），海航考為舉人。初，仕途躓踣，禮部以大挑二等選為巴縣教諭。1860年（咸豐十年），湖北巡撫胡林翼聞其才名，“為書致新津童棫子牧促勸駕往，且言已咨川中督府矣”，擬咨調入營用事。未久，胡林翼薨。1861年（咸十一年）8月，兩江總督曾國藩與太平天國作戰(zhàn)，“汲汲求牧令，飭吏治，以養(yǎng)民為務”，經(jīng)嚴樹森薦舉札調海航入幕，為其“襄理文案,參佐軍事”。據(jù)統(tǒng)計，曾國藩幕府有幾百個幕僚，而能夠“治軍事、涉危難、遇事贊劃者”有：李鴻章、郭嵩燾、劉蓉、李元度、李鴻裔、何應祺、錢應溥、陳鼐、許振袆、向師埭、黎庶昌、吳汝綸、穆其琛、李幼荃等核心幕僚。穆海航與曾國藩有師生之誼，入府隨成師友常伴曾國藩左右，《曾國藩日記》與《曾國藩文集》多有記載。