查理五世（一譯卡爾五世）是哈布斯堡王朝廣泛的皇室聯(lián)姻的最終產(chǎn)物。他是出身于哈布斯堡家族的神圣羅馬帝國皇儲腓力一世與卡斯蒂利亞女王胡安娜（瘋女）之子，阿拉貢的斐迪南二世與卡斯蒂利亞的伊莎貝拉一世的外孫，神圣羅馬帝國皇帝馬克西米連一世和勃艮第女公爵瑪麗的孫子，生于根特，在低地國家被撫養(yǎng)長大。他童年時的教師是烏得勒支的艾德里安（即日后的教皇哈德良六世）。

因為當(dāng)時形勢復(fù)雜，所以查理五世的具體國籍很難說明。從父方來看，他是奧地利哈布斯堡王朝的一員，但他不是純粹的奧地利血統(tǒng)。他的母親是西班牙人, 西班牙也是他的帝國的核心, 但他在西班牙卻經(jīng)常感到自己是個外來者。他的母語是法語，那是他長大的地方“低地國家”（包括今天的比利時，盧森堡，荷蘭）的貴族們通用的語言，然而法國正是他終生的敵人。

1501年，腓力和胡安娜把查理交給他的姑姑，薩伏伊公爵夫人奧地利瑪格麗特看管，然后就去了西班牙。他們很少回來探望他們的兒子，因此查理和他的姐姐埃利諾、妹妹瑪麗和伊莎貝拉在公爵夫人的宮廷里，在梅切倫長大，沒有父母。他接受了克羅的威廉二世和烏得勒支的阿德里安的教育。1504年，伊莎貝拉一世去世，胡安娜成為卡斯蒂利亞女王。腓力在1506年被承認(rèn)為國王，但不久之后他就去世了，這一事件使精神不穩(wěn)定的胡安娜徹底精神錯亂。她與世隔絕地隱居在托德西拉的一座修道院里。隨著父親的去世和母親的被監(jiān)禁，查理成為勃艮第公爵，并被公認(rèn)為阿斯圖里亞斯親王（西班牙的推定繼承人）。

查理于1506年（他的父親死于那一年）繼承了低地國家和弗朗什孔泰。當(dāng)他強悍的外祖父斐迪南二世在1516年去世后，他成為一片巨大領(lǐng)地的擁有者，這片領(lǐng)地包括他母親的卡斯蒂利亞和斐迪南二世統(tǒng)治的阿拉貢、納瓦拉、格拉納達(dá)、那不勒斯、西西里、撒丁, 以及整個西屬美洲（在他統(tǒng)治時期，西班牙在美洲的殖民地由于征服墨西哥和秘魯又?jǐn)U大了好幾倍）。他剛抵達(dá)西班牙就不得不與爭取自治的城市作戰(zhàn)，一些西班牙貴族則對他在卡斯蒂利亞為一些佛蘭德人安插官職感到不滿。最終所有的反抗都被他壓服，一個順從而強大的西班牙構(gòu)成他日后在歐洲馳騁的基礎(chǔ)。

在祖父馬克西米連一世去世后，查理又得以繼承哈布斯堡家族在奧地利的產(chǎn)業(yè)。通過向選帝侯行賄等手段（得到德意志銀行世家富格爾家族的資金支持），他在1519年戰(zhàn)勝法國國王弗朗索瓦一世當(dāng)選為神圣羅馬帝國皇帝。

1518年3月22日查理五世同被葡萄牙冷落的著名航海家斐迪南·麥哲倫簽訂協(xié)議，并同意資助麥哲倫環(huán)球旅行。次年9月20日，麥哲倫率領(lǐng)5艘船、265名船員，從西班牙塞維利亞港出發(fā)，開始了人類歷史上第一次環(huán)球航行。

1520年11月，由于天氣惡劣和缺乏糧食，船隊中的一艘船臨陣脫逃，逃回西班牙，這些船員為了逃避責(zé)任，說麥哲倫已經(jīng)背叛了。于是查理五世就憤然放棄對麥哲倫家庭的供給，麥哲倫的妻子兒女后來都餓死了（不過這時候麥哲倫可能已經(jīng)不知道了），也認(rèn)為麥哲倫已經(jīng)不會回來完全環(huán)球任務(wù)了。雖然，麥哲倫于1521年4月戰(zhàn)死菲律賓，但是其船隊最后剩下一艘船上的18人排除艱險萬阻，最終于1522年9月6日返回西班牙塞維利亞港，完成了人類歷史上第一次環(huán)球航行的壯舉，還收獲了許多香料。由于麥哲倫已經(jīng)在途中已經(jīng)死了，所以查理五世賜予了剩下那條船維多利亞號船長埃里.卡諾一枚帶有地球標(biāo)志的勛章，上面寫著“你首次環(huán)繞我航行一周”，埃里·卡諾，他被公認(rèn)為是麥哲倫死后完成環(huán)球旅行的領(lǐng)導(dǎo)者。麥哲倫等人環(huán)球航行的成功，無可辯駁地證明了地球是一個圓球體，對于人類地理知識的擴大和科學(xué)的發(fā)展有重大意義，是永遠(yuǎn)不可磨滅的偉大功勛。

查理繼承的阿拉貢王冠包括那不勒斯王國、西西里王國和撒丁王國。作為神圣羅馬帝國的皇帝，查理在意大利北部的幾個州享有主權(quán)，并擁有倫巴第鐵王冠（1530年獲得）。然而，米蘭公國被法國控制。1515年，法國在馬里尼亞諾戰(zhàn)役中戰(zhàn)勝瑞士，從斯福扎家族手中奪走了米蘭。1521年，在查理五世和教皇利奧十世結(jié)盟的背景下，羅馬教皇的軍隊成功地在米蘭重新安置了斯福扎。一年后，一支法國-瑞士軍隊終于在比科卡被驅(qū)逐出倫巴第。然而在1524年，法蘭西的弗朗西斯一世重新奪回了主動權(quán)，穿越到倫巴第，米蘭和其他幾個城市再次遭到他的攻擊。只有帕維亞一人堅持了下來，1525年2月24日（查理的二十五歲生日），查理·德蘭諾伊率領(lǐng)的查理軍隊在帕維亞戰(zhàn)役中俘虜了弗朗西斯并鎮(zhèn)壓了他的軍隊。1535年，弗朗西斯科二世斯福爾扎去世，沒有繼承人，查理五世在已故公爵最有影響力的朝臣之一——馬西米利亞諾·斯坦帕的幫助下吞并了這塊土地，使它成為一個空置的帝國國家。盡管在意大利戰(zhàn)爭中，這些領(lǐng)土多次遭到入侵，但查理成功地占領(lǐng)了它的所有意大利領(lǐng)土。

此外，哈布斯堡在地中海的貿(mào)易一直受到奧斯曼帝國的干擾。1538年，一個由所有意大利國家和西班牙王國組成的神圣聯(lián)盟成立，旨在將奧斯曼帝國趕回來，但在普雷韋扎戰(zhàn)役中被擊敗。查理沒有取得決定性的海軍勝利；直到1571年查理死后，在萊潘托戰(zhàn)役中才取得這一勝利。

查理統(tǒng)治的大部分時間都被與法國的沖突所占據(jù)，法國發(fā)現(xiàn)自己被查理的帝國包圍，而它仍然在意大利保持野心。1520年，查理訪問英國，他的姨媽阿拉貢的凱瑟琳敦促她的丈夫亨利八世與皇帝結(jié)盟。1508年，查理被亨利七世提名為嘉德勛位。他的嘉德勛位勛章仍保存在圣喬治教堂。

與查理的死敵，法國國王弗朗索瓦一世的第一次戰(zhàn)爭始于1521年。查理與英國和教皇利奧十世結(jié)盟，對抗法國人和威尼斯人，取得了巨大成功，在1525年的帕維亞戰(zhàn)役中，他將法國人趕出了米蘭，打敗并俘虜了方濟各。為了獲得自由，方濟各在馬德里條約中將勃艮第割讓給了查理，以及放棄支持亨利二世對納瓦拉的主張。

然而，當(dāng)弗朗索瓦被釋放時，他讓巴黎議會譴責(zé)這項條約，因為它是在脅迫下簽署的。法國隨后加入了教皇克萊門特七世與英國亨利八世、威尼斯人、佛羅倫薩人和米蘭人組成的白蘭地聯(lián)盟，以抵抗意大利的帝國統(tǒng)治。在隨后的戰(zhàn)爭中，查理對羅馬的殺戮（1527年）和教皇克萊門特七世在1527年的實際監(jiān)禁阻止了教皇廢除英國亨利八世和查理的姨媽阿拉貢凱瑟琳的婚姻，因此亨利最終與羅馬決裂，從而導(dǎo)致了英國的宗教改革。在其他方面，戰(zhàn)爭是沒有結(jié)果的。在《坎布雷條約》（1529年）中，由于是查理的姑姑奧地利的瑪格麗特和弗朗索瓦的母親薩伏伊的露易絲談判達(dá)成的，因此被稱為“夫人合約”，弗朗索瓦放棄了在意大利的主權(quán)要求，但保留了對勃艮第的控制權(quán)。

1536年爆發(fā)了第三次戰(zhàn)爭。在米蘭最后一位斯福扎公爵去世后，查理不顧弗朗索瓦的主張，將他的兒子腓力安插在公爵領(lǐng)地。這場戰(zhàn)爭也沒有結(jié)果。弗朗索瓦未能征服米蘭，但他成功地征服了查理的盟友薩伏伊公爵的大部分土地，包括他的首都都靈。1538年在尼斯的休戰(zhàn)結(jié)束了戰(zhàn)爭，但只持續(xù)了很短的時間。戰(zhàn)爭在1542年恢復(fù)，弗朗索瓦現(xiàn)在與奧斯曼蘇丹蘇萊曼一世結(jié)盟，查理再次與亨利八世結(jié)盟。盡管法國-奧斯曼艦隊征服了尼斯，但法國無法向米蘭挺進(jìn)，而由查理本人領(lǐng)導(dǎo)的英國-帝國對法國北部的聯(lián)合入侵雖然取得了一些成功，但最終被放棄，導(dǎo)致1544年又一次和平，恢復(fù)了戰(zhàn)前的現(xiàn)狀。

1551年，查理與弗朗索瓦的兒子和繼承人亨利二世爆發(fā)了最后一場戰(zhàn)爭。亨利在洛林取得了勝利，在那里他俘獲了梅茨，但是法國在意大利的進(jìn)攻失敗了。查理在這場沖突中中途退位，把戰(zhàn)爭的進(jìn)一步指揮權(quán)留給了他的兒子腓力二世和他的兄弟，神圣羅馬皇帝斐迪南一世。

查理不斷與奧斯曼帝國及其蘇丹蘇萊曼大帝作戰(zhàn)。1526年匈牙利在莫哈克戰(zhàn)役中的失敗“在歐洲掀起了一股恐怖浪潮。”1529年，穆斯林在包圍維也納時停止了在中歐的進(jìn)攻，隨后查理五世在多瑙河對岸發(fā)起反擊。然而，到1541年，匈牙利中部和南部被土耳其控制。

盡管基督教取得了勝利，如1535年征服突尼斯，蘇萊曼還是贏得了地中海的統(tǒng)治權(quán)。在1538年普雷韋扎和1560年杰爾巴（查理死后不久）的勝利之后，奧斯曼帝國的正規(guī)艦隊開始統(tǒng)治東地中海，這兩次勝利使西班牙海軍陸戰(zhàn)隊遭受了嚴(yán)重的損失。與此同時，穆斯林的巴巴里海盜在蘇丹的授權(quán)和監(jiān)督下行動，經(jīng)常摧毀西班牙和意大利海岸，削弱西班牙的貿(mào)易，破壞哈布斯堡政權(quán)的基礎(chǔ)。

1536年，弗朗索瓦一世與蘇萊曼結(jié)盟對抗查理。當(dāng)弗朗索瓦在1538年被說服簽署一項和平條約時，他在1542年再次與奧斯曼結(jié)盟，結(jié)成法奧同盟。1543年，查理與亨利八世結(jié)盟，迫使弗朗西斯簽署了休戰(zhàn)協(xié)議。后來，在1547年，查理與奧斯曼簽署了一項屈辱性的條約，以從奧斯曼戰(zhàn)爭的巨額開支中獲得一些喘息的機會

查理五世向薩非帝國提議開辟第二條戰(zhàn)線對抗奧斯曼帝國，試圖建立哈布斯堡-波斯聯(lián)盟。接觸是積極的，但由于距離太遠(yuǎn)而變得困難。實際上，薩非王朝確實在奧斯曼-薩非戰(zhàn)爭中與奧斯曼帝國發(fā)生了沖突，迫使奧斯曼帝國分割其軍事資源。

查理五世為天主教奉獻(xiàn)了全部忠誠乃至狂熱。他是宗教改革運動的激烈反對者，并企圖建立一個“世界天主教帝國”。1521年，查理五世以皇帝身份傳喚馬丁·路德參加沃爾姆斯宗教會議（許諾保證路德的人身安全）。他在這次會議上宣布路德及其追隨者為非法（1521年沃爾姆斯敕令）：

我是偉大的德國人民、西班牙天主教國王、奧地利大公爵和勃艮第公爵的大多數(shù)基督教皇帝的后代。所有這些人，他們的一生，都是羅馬教會忠實的兒子……他們死后，根據(jù)自然法和遺產(chǎn)，他們離開了這些神圣的天主教儀式，讓我們以他們?yōu)榘駱�，生死攸關(guān)。所以直到現(xiàn)在，我都是這些我們祖先的真正追隨者。因此，我決心維持我的祖先們建立至今的一切。

盡管如此，查理五世信守諾言，讓馬丁·路德自由離開這座城市。智者弗雷德里克，薩克森州的選舉人和路德的保護(hù)者，對飲食的結(jié)果感到惋惜。在從沃姆斯回來的路上，路德被弗雷德里克的手下綁架，藏在瓦特堡一座遙遠(yuǎn)的城堡里。在那里，他開始研究圣經(jīng)的德語翻譯。路德教的傳播導(dǎo)致了兩次主要的起義：1522-1523年的騎士起義和1524-1525年托馬斯·蒙策領(lǐng)導(dǎo)的農(nóng)民起義。親帝國的斯瓦比亞聯(lián)盟與害怕社會叛亂的新教王子一起恢復(fù)了秩序，而查理五世則使用赦免的手段來維持和平。

此后，查理五世采取了寬容的態(tài)度，奉行與路德會和解的政策。1530年，奧格斯堡帝國議會應(yīng)查理五世皇帝的請求，決定了三個問題：第一，保衛(wèi)帝國免受奧斯曼帝國的威脅；第二，與政策、貨幣和公共福利有關(guān)的問題；第三，關(guān)于基督教的分歧，為了達(dá)成某種妥協(xié)，并有機會應(yīng)對德國的形勢。6月20日，皇帝宣布了國會的開幕。它產(chǎn)生了許多結(jié)果，最明顯的是1530年宣布的路德財產(chǎn)被稱為奧格斯堡懺悔（Confessio Augustana），路德教的中心文件，提交給皇帝。路德的助手菲利普·梅拉希頓更進(jìn)一步，向查理五世提交了路德·奧格斯堡的供詞�；实蹚娏曳磳�，1531年，新教王子組成了施馬爾卡爾同盟。1532年，查理五世承認(rèn)了聯(lián)盟，并有效地中止了紐倫堡的法令。停擺要求新教徒繼續(xù)參加針對土耳其人和法國人的帝國戰(zhàn)爭，并推遲宗教事務(wù)，直到教皇召集天主教會的一個普世會議來解決這個問題。

由于教皇推遲組織總理事會，查理五世決定組織一次德國峰會，并于1541年主持了天主教徒和路德會之間的雷根斯堡會談，但沒有達(dá)成妥協(xié)。1545年，特倫特議會終于成立，反改革運動開始了。天主教的倡議得到了神圣羅馬帝國一些王子的支持。然而，施馬爾卡爾迪奇聯(lián)盟拒絕承認(rèn)該委員會的合法性和天主教王子的被占領(lǐng)土。因此，查理五世宣布施馬爾卡爾迪奇聯(lián)盟為非法，并在1546年對其展開敵對行動。第二年，他的部隊將聯(lián)盟的部隊趕出德國南部，并擊敗了選舉人，薩克森的約翰·弗里德里希和黑森的菲利普，在繆爾堡戰(zhàn)役中，兩人都被俘虜了。在1548年奧格斯堡過渡時期，他創(chuàng)造了一個解決方案，給予新教徒一定的津貼，直到特倫特委員會恢復(fù)團結(jié)。然而，雙方成員都對過渡時期表示不滿，一些人積極反對。

1550年，在路德會教徒的參與下，議會重新開放，查理五世在奧地利因斯布魯克建立了帝國法院，距離特倫特足夠近，以便他跟蹤辯論的演變。1552年，新教王子與法國亨利二世結(jié)盟，再次反叛，第二次施馬爾卡爾戰(zhàn)爭開始。薩克森的莫里斯在第一次沖突中為帝國的勝利起到了重要作用，他轉(zhuǎn)而支持新教，繞過帝國軍隊，直接進(jìn)軍因斯布魯克，目標(biāo)是奪取皇位。查理五世在一次襲擊中被迫逃離該市，在一窩垃圾中抬著半清醒的狀態(tài)下勉強活到維拉奇。查理五世未能從法國人手中奪回梅茨，于是在他統(tǒng)治的最后幾年回到了低地國家。1555年，他指示他的兄弟斐迪南以他的名義簽署了《奧格斯堡和約》。這些協(xié)議導(dǎo)致了德國天主教和新教君主國之間的宗教分裂。

在查理統(tǒng)治期間，美洲的卡斯蒂利亞領(lǐng)土被赫爾南·科爾特斯和弗朗西斯科·皮薩羅等征服者大大擴展。他們征服了阿茲特克和印加帝國，并在1519年至1542年間將其并入帝國，成為新西班牙和秘魯?shù)目偠�。再加�?522年麥哲倫遠(yuǎn)征隊環(huán)球航行的成功，這些成功使查理相信了他成為基督教世界領(lǐng)袖的神圣使命，基督教世界仍然感受到來自伊斯蘭教的巨大威脅。這些征服也幫助鞏固了查理的統(tǒng)治，為國庫提供了大量的黃金。正如征服者Bernal Díaz del Castillo所說：“我們來這里是為了侍奉上帝和陛下，為黑暗中的人們提供光明，也為了獲得大多數(shù)人夢寐以求的財富。”。當(dāng)?shù)匚靼嘌廊藦娏曳磳Γ�因為它假定印第安人和西班牙人平等。�?dāng)?shù)厝讼胍�完全控制勞動力，于是�?5世紀(jì)70年代腓力二世統(tǒng)治下獲得了勞動力。

1518年8月28日，查理頒布了一項憲章，授權(quán)將奴隸從非洲直接運送到美洲。在此之前（至少從1510年開始），非洲奴隸通常被運到卡斯蒂利亞或葡萄牙，然后被轉(zhuǎn)運到加勒比海。查理決定建立一個從非洲到美國的直接的、經(jīng)濟上更可行的奴隸貿(mào)易，這從根本上改變了跨大西洋奴隸貿(mào)易的性質(zhì)和規(guī)模。

1528年，查理將委內(nèi)瑞拉省的一個特許權(quán)轉(zhuǎn)讓給巴塞洛繆訴韋爾瑟，以補償他無力償還所欠的債務(wù)。租界，被稱為克萊因威尼斯（小威尼斯），在1546年撤銷。1550年，查理在瓦拉多利德召開了一次會議，以審議對新大陸土著居民使用武力的道德問題，其中包括巴托洛梅·德·拉斯卡薩斯等人物。

早在1520年，查理五世就提出了在巴拿馬修建美洲地峽運河的第一個想法。

1554年至1556年間，查理五世逐漸將哈布斯堡帝國分為西班牙帝國和德奧帝國。他的退位發(fā)生在庫登堡宮，因此被稱為“布魯塞爾退位”（德語為Abdankung von Brüssel，西班牙語為Abdicación de Bruselas）。首先，他在1554年7月25日放棄了西西里島和那不勒斯的王位，這兩個地方都是教皇的封地，取而代之的是他的兒子腓力。腓力已經(jīng)在1540年和1546年秘密前往米蘭，但直到1554年，皇帝才將其公之于眾。在那不勒斯和西西里退位后，教皇朱利葉斯三世于10月2日將那不勒斯王國交給腓力，并于11月18日將西西里王國交給了他。

一年后，也就是1555年10月25日，查理向荷蘭眾議員宣布，他在四十年前獲得解放的皇宮大會堂重聚，他為即將擁有這些領(lǐng)土的兒子退位，并打算從所有領(lǐng)土上下臺，這是最著名也是唯一的一次公開退位這是查理五世發(fā)表辭呈的時候：

當(dāng)我十九歲時，在皇帝（即馬克西米利安一世）死后，我承諾成為皇冠的候選人，不是為了增加我的財產(chǎn)，而是更積極地為德國和我的其他王國的福利而工作，希望借此在基督教人民之間帶來和平，團結(jié)他們的戰(zhàn)斗力量，保衛(wèi)天主教信仰，對抗奧斯曼帝國。這就是為什么我要做很多艱苦的旅行，發(fā)動很多艱苦的戰(zhàn)爭……但我從來沒有故意發(fā)動戰(zhàn)爭，作為一個被攻擊的人，這總是違背我的意愿……我曾抱著很大的希望——只有少數(shù)人得到了滿足，只有少數(shù)人選擇忠于我：付出了多大的努力，最終讓我又累又惡心……不要以為我想逃避任何麻煩和危險：我的力量根本不夠……至于我：我知道我犯了很多錯誤，很大的錯誤，首先是因為我年輕，然后是因為人的錯誤和我的激情，最后是因為疲勞。但我沒有故意傷害任何人，不管是誰。如果不公正的事情發(fā)生了，而我不知道，只是出于無能：我公開表示遺憾，并請求原諒所有可能被我冒犯的人。

他在演講結(jié)束時提到了自己的航行：10次到低地國家，9次到德國，7次到西班牙，7次到意大利，4次到法國，2次到英國，2次到北非。他最后一句公開的話是：我的人生是一段漫長的旅程。1556年，他沒有大張旗鼓地宣布退位。1556年1月16日，他把西班牙和美洲的西班牙帝國交給了腓力。1556年8月3日，他從神圣羅馬帝國皇帝的位置上退位給他的弟弟費斐迪南。直到1558年，在法蘭克福聚集的王子選舉人和1559年的教皇才承認(rèn)了這一繼承權(quán)。帝國的退位也標(biāo)志著斐迪南在奧地利屬地的法律和法律上的統(tǒng)治的開始，自1521年至1522年，他以查理的名義統(tǒng)治。

根據(jù)學(xué)者的說法，查理決定退位的原因有很多：1555年德國的宗教分裂得到批準(zhǔn)；西班牙的財政狀況在他統(tǒng)治結(jié)束時因通貨膨脹而破產(chǎn)；意大利戰(zhàn)爭在法國亨利二世的襲擊下復(fù)蘇；奧斯曼人在地中海和西班牙的不斷推進(jìn)歐洲中部；以及他日漸衰弱的健康狀況，特別是痛風(fēng)的發(fā)作，比如迫使他推遲奪回梅茨市的努力，他后來在那里被打敗。

1556年9月，查理離開低地國家，在匈牙利的瑪麗和奧地利的埃萊奧諾雷的陪同下航行到西班牙。1557年，他來到埃斯特里馬杜拉的尤斯特修道院。他繼續(xù)廣泛通信，對帝國的情況保持著興趣，同時患有嚴(yán)重的痛風(fēng)。他獨自住在一個與世隔絕的修道院里，四周都是提香的畫，墻上掛滿了鐘，一些歷史學(xué)家認(rèn)為這是他統(tǒng)治時期和他缺乏時間的象征。在他死前大約六個月，查理提前舉行了自己的葬禮，葬禮上有裹尸布和棺材，之后，他“從棺材里站起來，回到了自己的公寓，充滿了那種可怕的情緒，這種奇異的莊嚴(yán)是有意激發(fā)這種情緒的�！�1558年8月，查理患上了嚴(yán)重的疾病，后來發(fā)現(xiàn)是瘧疾。他于1558年9月21日凌晨去世，享年58歲，他手里拿著妻子伊莎貝拉去世時一直拿著的十字架。

查理最初被埋葬在Yuste修道院的教堂里，但他在遺囑中留下了一份附錄，要求建立一個新的宗教基金會，他將與伊莎貝拉重新葬在一起。在他于1559回到西班牙之后，他們的兒子腓力在建立圣洛倫佐·德埃斯科里亞爾修道院時，承擔(dān)了實現(xiàn)父親愿望的任務(wù)。1574年，修道院的皇家墓穴完工后，查理和伊莎貝拉的遺體被重新安置，并重新安葬在皇家禮拜堂祭壇正下方的一個小墓穴中，這是按照查理希望與伊莎貝拉并排安葬在“祭壇下半身，祭司腳下半身”的愿望。他們留在皇家小教堂，而著名的大教堂和皇家陵墓仍在建設(shè)中。1654年，在他們的曾孫腓力四世統(tǒng)治時期，長方形會堂和皇家陵墓終于完工后，查理和伊莎貝拉的遺體被移入國王的皇家萬神殿，萬神殿就在長方形會堂的正下方。長方形會堂的一側(cè)是查理和伊莎貝拉的青銅肖像以及他們的女兒奧地利的瑪麗亞的肖像，查理的姐妹奧地利的埃萊奧諾雷和匈牙利的瑪麗亞的肖像在他們身后。在教堂的對面，是他們的兒子腓力和他的三個妻子，他們不幸的孫子阿斯圖里亞斯親王卡洛斯的肖像正好與他們相鄰。

在他有生之年，查理五世有幾個情婦，他的繼外祖母，熱爾梅娜·德·富瓦就是其中之一。這些關(guān)系發(fā)生在他單身期間，只有一次發(fā)生在他喪偶期間；沒有記錄表明他在婚姻期間有任何婚外情。

1507年12月21日，查理與11歲的瑪麗·都鐸訂婚，瑪麗是英國國王亨利七世的女兒，也是未來英國國王亨利八世的妹妹，后者將在兩年后登上王位。然而，在托馬斯·沃爾西的建議下，婚約于1513年取消，瑪麗于1514年嫁給了法國國王路易十二。

在他登上西班牙王位后，查理抵達(dá)卡斯蒂利亞后不久就開始了婚姻談判，卡斯蒂利亞的貴族們表達(dá)了他們的愿望，希望他與葡萄牙的表親伊莎貝拉結(jié)婚，伊莎貝拉是葡萄牙國王曼努埃爾一世的女兒，她的母親是阿拉貢的瑪麗亞，查理的母親瘋女胡安娜的妹妹。貴族們希望查理與擁有卡斯蒂利亞血統(tǒng)的公主結(jié)婚，而與伊莎貝拉的婚姻將確�？ㄋ沟倮麃喓推咸蜒乐�間的聯(lián)盟。然而，這位18歲的國王并不急于結(jié)婚，他無視貴族們的建議，探索其他的婚姻選擇。1518年，他沒有娶伊莎貝拉，而是讓姐姐埃萊奧諾雷嫁給了伊莎貝拉鰥居的父親曼努埃爾國王。

1521年，在弗蘭德斯顧問，特別是威廉·德克羅的建議下，查理與他的另一位表親瑪麗（未來的瑪麗一世）訂婚，瑪麗是他的小姨阿拉貢的凱瑟琳和亨利八世國王的女兒，以確保與英國結(jié)盟。然而，這一訂婚是非常有問題的，因為瑪麗當(dāng)時只有6歲，比查理小16歲，這意味著他要等她長大才能結(jié)婚。

到了1525年，查理不再對與英國結(jié)盟感興趣，也迫不及待地要有合法的子女和繼承人。在帕維亞戰(zhàn)役中獲勝后，查理放棄了與英國結(jié)盟的想法，取消了與瑪麗的訂婚，決定與伊莎貝拉結(jié)婚，與葡萄牙結(jié)盟。他寫信給伊莎貝拉的哥哥葡萄牙國王若昂三世，簽訂了一份雙重婚姻合同——查理將娶伊莎貝拉，若昂將娶查理最小的妹妹奧地利的卡塔琳娜。與伊莎貝拉結(jié)婚對查理來說更為有利，因為她在年齡上更接近他，西班牙語說得流利，并為他提供了90萬葡萄牙克魯扎多的非常豐厚的嫁妝，這將有助于解決意大利戰(zhàn)爭帶來的財政問題。

1526年3月10日，查理和伊莎貝拉在塞維利亞的阿爾卡扎爾宮會面。這段婚姻原本是一種政治安排，但在第一次見面時，這對夫婦就深深地陷入了愛河：伊莎貝拉以她的美貌和魅力迷住了皇帝。就在同一天晚上，午夜過后，他們在大使館舉行了一個安靜的婚禮�；槎Y之后，查理和伊莎貝拉在格拉納達(dá)的阿罕布拉度過了一個漫長而快樂的蜜月。查理于1527年開始修建屬于查理五世的宮殿，希望在阿罕布拉宮建立一個適合皇帝和皇后的永久住所。然而，這座宮殿在他們有生之年并沒有完工，直到20世紀(jì)末才有屋頂。

盡管皇帝因海外政治事務(wù)長期缺席，但這段婚姻還是美滿的，因為雙方都忠于對方�；屎笤谡煞蛉毕�期間擔(dān)任西班牙攝政王，她證明了自己是一位優(yōu)秀的政治家和統(tǒng)治者，她的許多政治成就和決策給皇帝留下了深刻的印象。

這段婚姻持續(xù)了13年，直到1539年伊莎貝拉去世�；屎笤诘谄叽螒言械牡谌齻�月發(fā)燒并催生了產(chǎn)前并發(fā)癥，導(dǎo)致她流產(chǎn)了一個死胎。由于感染，她的健康狀況進(jìn)一步惡化，兩周后，她于1539年5月1日去世，享年35歲。妻子的死讓查理非常悲痛，他把自己關(guān)在一個修道院里兩個月，在那里他孤獨地為她祈禱和哀悼。查理從未從伊莎貝拉的死中恢復(fù)過來，余生都穿著黑色的衣服以表示他永恒的哀悼，而且，與當(dāng)時的大多數(shù)國王不同，他從未再婚。為了紀(jì)念他的妻子，皇帝委托畫家提香為伊莎貝拉（Isabella）繪制了幾幅遺作；完成的肖像包括提香為葡萄牙的伊莎貝拉皇后和拉格洛里亞（La Gloria）所繪制的肖像。查理旅行時隨身攜帶這些畫，這些畫是他退休后隨身攜帶的1557年被送到尤斯特修道院。

1540年，查理為了紀(jì)念伊莎貝拉，委托佛蘭芒作曲家托馬斯·克雷奎隆創(chuàng)作了新的音樂�？死锟�隆為紀(jì)念皇后而寫了一首《私人彌撒》。它表達(dá)了皇帝的悲痛和偉大的愿望，那就是與他心愛的妻子團聚。

查理患有下顎突出綜合征，這是一種先天性畸形，在后來的哈布斯堡世代中變得更為嚴(yán)重，因此被稱為哈布斯堡下頜。這種畸形可能是由于家族長期的近親繁殖所造成的，這種近親繁殖是家族成員之間反復(fù)通婚的結(jié)果，當(dāng)時的皇室為了維持王朝對領(lǐng)土的控制而普遍實行這種做法。查理還患有癲癇癥和嚴(yán)重的痛風(fēng)，大概是由于飲食主要是紅肉引起的。隨著年齡的增長，他的痛風(fēng)從疼痛發(fā)展到致殘。退休后，他坐在轎子里被抬到圣尤斯特修道院。為了方便他進(jìn)入房間，修道院專門建造了一個坡道。

查理和伊莎貝拉有七個孩子，但只有三個孩子活到了成年：

由于腓力二世是葡萄牙曼努埃爾一世的孫子，所以他通過他的母親繼承了葡萄牙的王位，并在他舅舅死后（1580年，樞機國王恩里克）繼承了王位，從而在西班牙和葡萄牙之間建立了個人聯(lián)盟。

查理還有四個私生子女：