明萬(wàn)歷二十三年（1595），王圻辭官回里，朝廷賜建十進(jìn)九院府第，隱居松江之濱梅花源。在村里植梅萬(wàn)株，謂之“梅花源”，自號(hào)“梅源居士”，以著書為事。耄耋之年，仍點(diǎn)燈帳中，徹夜寫作。以聚書、著述為事�！蔼q篝燈帳中，丙夜不輟”。學(xué)識(shí)廣博，編《續(xù)文獻(xiàn)通考》254卷，成于萬(wàn)歷十四年（1586）。兼采《通志》之長(zhǎng)，仿《文獻(xiàn)通考》體例，又多分出節(jié)義、謚法、六書、道統(tǒng)、氏族6門，計(jì)30門，年代與《文獻(xiàn)通考》相接，上起南宋嘉定間，至明萬(wàn)歷初年止。記載較雜亂，但收集資料較多，明代部分尤為豐富。個(gè)人收藏圖書甚富，萬(wàn)歷間他與宋懋澄、施大經(jīng)、俞汝楫并稱上海四大藏書家。與其子王思義合編《三才圖會(huì)》106卷，14門，其中考證歷代宮室、器用、服飾、珍寶，繪制成圖，為后世研究古物、古建筑者提供了重要資料。主纂《青浦縣志》，為青浦縣第一部縣志。字永侯，康熙間諸生，承其祖父遺書，復(fù)又手輯藏書萬(wàn)卷，蠅頭細(xì)書，考校至老不衰。

王圻學(xué)問淵博，著述宏豐，傳世的有《洪洲類稿》4卷、《三才圖會(huì)》105卷、《兩浙鹽志》、《續(xù)文獻(xiàn)通考》、《謚法通考》、《稗史類編》、《云間海防志》等，并主纂萬(wàn)歷《青浦縣志》。85歲病故，卜葬于家鄉(xiāng)十都騰圩，神宗派員御祭。所注有《周禮》，《武經(jīng)》。還著有《水利考》，《明農(nóng)稿》，《吳淞江議》，《洗冤錄》，《古今考》。