文政元年10月1日（1818年10月30日）生于肥后國熊本城（今熊本縣熊本市中央?yún)^(qū)櫻町3-22），是熊本藩藩士元田三左衛(wèi)門（700石（本知550石））與津川平左衛(wèi)門的女兒阿喜和所生之子。元田家在熊本藩內(nèi)位列上士（上級藩士，藩士中的最高家格）階層，父母雙親都是元田家從別家收養(yǎng)過來的養(yǎng)子，元田永孚自幼由祖父元田自泉照顧。

元田永孚幼年時，因父親左三衛(wèi)門在藩主細(xì)川齊樹身邊擔(dān)任小姓（幕府·諸藩身邊的侍臣，處理日常庶務(wù)和秘書工作），天保8年（1837年）在齊樹之侄兼養(yǎng)嗣子細(xì)川齊護(hù)（第10代藩主）身邊擔(dān)任御側(cè)取次而事務(wù)繁忙，在祖父身邊長大。永孚幼承祖父元田自泉的嚴(yán)格教育，學(xué)習(xí)《唐詩選》和《論語》。文政11年（1828年）進(jìn)入熊本藩藩校時習(xí)館學(xué)習(xí)。天保3年（1832年）元服，天保8年（1837年）3月父親陪同細(xì)川齊護(hù)參勤交代，元田永孚也隨之赴江戶，在游歷京都、大阪、江戶后歸藩。同年8月與時習(xí)館居寮長橫井小楠相識，在學(xué)問上受到橫井小楠、下津久馬（休也）的指導(dǎo)。以后元田永孚深受橫井小楠的思想影響，自以祖述者為己任。天保14年（1843年），元田永孚與長岡是容、橫井小楠、下津久馬、荻昌國結(jié)成“實學(xué)黨”（以橫井小楠為核心的藩政改革派），實學(xué)黨始于他們研究會讀朱子學(xué)的《近思錄》的團(tuán)體活動，仰慕大冢退野倡導(dǎo)的學(xué)風(fēng)，以李退溪（退溪李滉，李朝儒學(xué)宗師）主張的治國安民、利用厚生、躬行實踐的學(xué)術(shù)思想為宗旨，追求實學(xué)，要求改革藩政，與反對改革的主流派“學(xué)校黨”（保守派）對立。

弘化4年（1847年），支持橫井小楠的熊本藩次席家老長岡是容在同保守派的筆頭家老松井佐渡的派閥斗爭中失勢，元田在父親的強烈要求下退寮，雖然在野，但仍一邊學(xué)習(xí)一邊繼續(xù)與實學(xué)黨的交流。嘉永6年（1853年）黑船來航，長岡是容重新得勢，但此時橫井小楠與長岡是容在思想和政治方針上發(fā)生分歧和對立。橫井小楠積極倡導(dǎo)“開國論”，長岡是容傾向于“攘夷論”。安政2年（1855年），實學(xué)黨分裂為得到家老、藩士擁戴的長岡的“坪井派”（明德派）和鄉(xiāng)士、豪農(nóng)支持的橫井的“沼山津派”（新民派），元田一度與實學(xué)派拉開了距離。

安政4年（1857年）12月2日，父親去世后，元田永孚于安政5年（1858年）2月繼任元田家第8代家督。文久元年（1861年）陪同第11代藩主細(xì)川慶順（細(xì)川齊護(hù)次子，后改名韶邦）參勤交代，再度赴江戶。在江戶，與在幕府政事總裁職松平慶永（前越前福井藩藩主）之側(cè)近推動江戶幕府改革的橫井小楠相逢并重拾舊誼。文久2年（1862年）9月因妻子突然病故，短暫辭職歸藩。同年12月被任命為京都留守居，奉藩命上洛。在京都努力周旋于公武合體派諸藩中間，反對尊王攘夷。文久3年（1863年）7月歸藩后任中小姓頭。元治元年11月的第一次征伐長州，元田永孚隨慶順之弟長岡護(hù)美率領(lǐng)熊本藩兵駐守小倉陣地。慶應(yīng)元年（1865年）辭職。慶應(yīng)2年（1866年）幕府第二次征伐長州時反對出兵，反對武力討伐薩摩藩和長州藩，主張公議政體論。慶應(yīng)3年12月9日（1868年1月3日）王政復(fù)古宣言發(fā)布后，主張細(xì)川氏應(yīng)乘勢上洛。

慶應(yīng)3年（1867年）12月任高瀨町奉行，慶應(yīng)4年（明治元年、1868年）4月任側(cè)用人兼奉行。由于以學(xué)校黨為首的保守派與以實學(xué)黨為代表革新派之間的對立使藩政府無法確定方針，元田永孚的從速出兵和藩主上洛的主張沒有被采納。明治維新后，因厭倦藩內(nèi)的無休止的意見對立，明治2年（1869年）2月隱退東大江村，開設(shè)私塾“五樂園”。明治3年（1870年）5月，知藩事（藩主）細(xì)川護(hù)久起用實學(xué)黨推進(jìn)藩政改革，實學(xué)黨因此重新掌握了藩政的主導(dǎo)權(quán)，元田永孚被推舉為藩主的侍讀，回到權(quán)力中樞。

明治4年（1871年）1月，元田永孚奉藩命上京，兼任宣教使、少參事。明治4年5月30日（1871年7月17日）在大久保利通的舉薦下，出仕宮內(nèi)省，此后20余年一直作為經(jīng)筵講官為明治天皇進(jìn)講（經(jīng)筵日講），為明治天皇的政治·文化人格的形成產(chǎn)生了重要影響。明治4年9月5日（1871年10月18日）任宮內(nèi)省七等出仕。明治5年2月13日（1872年3月21日）任宮內(nèi)省六等出仕。明治6年（1873年）5月17日任宮內(nèi)省五等出仕。明治8年（1875年）任宮內(nèi)省四等侍讀。同年7月22日兼任三等侍講。明治10年（1877年）8月29日兼任宮內(nèi)省二等侍補，明治10年（1877年）9月15日兼任二等侍講。明治11年（1878年）6月20日——明治14年（1881年）5月14日任皇后宮大夫，執(zhí)掌皇后宮中事務(wù)。明治11年（1878年）12月24日——明治12年（1879年）10月13日兼任侍補。明治14年（1881年）5月14日任一等侍講，同年5月15日兼任皇后宮御用掛。

元田永孚十分重視對天皇的漢學(xué)教育，為天皇進(jìn)講《論語》、《日本外史》等典籍，教授帝王學(xué)，本著“敬天保民、致君堯舜”，以儒教的德治主義的理想努力培養(yǎng)君德。明治5年（1872年），元田永孚致書太政大臣三條實美，希望以儒教助力天皇的精神成長，批判了政府激進(jìn)的文明開化政策。同時不滿宮中和府中（政府）的分離，提出應(yīng)整合宮府，使兩者一體為輔導(dǎo)天皇而盡力的主張，實際上是主張建立實至名歸的以天皇為權(quán)力頂端的政治體制（絕對君主制）的開始。

元田永孚聯(lián)合吉井友實、土方久元、佐佐木高行、高崎正風(fēng)等內(nèi)臣在天皇側(cè)近形成了一股強勁的宮中政治勢力，極力推進(jìn)“天皇親政運動”。元田永孚和高崎正風(fēng)曾向天皇規(guī)諫，主張?zhí)旎视H政，改組內(nèi)閣，建立一個由天皇側(cè)近的侍從輔佐天皇左右國事的政府。

西南戰(zhàn)爭后，元田永孚提出行政財政改革主張，其中一環(huán)就是在宮內(nèi)省設(shè)置侍補職，一等侍補德大寺實則（宮內(nèi)卿兼任）、吉井友實、土方久元，二等侍補元田永孚（侍講兼任）、高崎正風(fēng)，三等侍補米田虎雄、鍋島直彬、山口正定8人，11月補建野鄉(xiāng)三為三等侍補，明治11年（1878年）3月追加佐佐木高行為一等侍補，至此，宮中侍補職共有10人組成。

一方面，元田、佐佐木、高崎等近臣為落實實現(xiàn)親政的準(zhǔn)備工作，積極推進(jìn)對天皇的政治教育，培養(yǎng)其獨立理政的能力。另一方面更試圖將侍補演化為實現(xiàn)親政后的國政輔佐機關(guān)（類似于南書房、軍機處）。他們認(rèn)為宮中與藩閥把持中樞的政府分離的現(xiàn)狀與歷代江戶幕府的體制如出一轍，只有實現(xiàn)天皇親政才能說是真正確立了明治維新。

明治11年（1878年）5月14日，大久保利通被不平士族暗殺（紀(jì)尾井坂之變），伊藤博文接任內(nèi)務(wù)卿，成為實質(zhì)上的閣臣首班。元田永孚等侍補借政府危機批判薩長參議政治，他們直接面奏天皇，敦請立即實行親政，并要求以后政府召開天皇御臨的閣僚會議時，宮中侍補同時列席。但是，對于宮中介入政治，前后兩任閣揆的態(tài)度截然相反，伊藤采取了斷然拒絕的態(tài)度，而大久保則抱有明治政府與天皇一體化的構(gòu)想。

明治12年（1879年）3月，元田永孚、佐佐木高行等向政府提出以天皇親政為中心的改革案，他們向太政大臣三條實美和右大臣巖倉具視建言，提出為了應(yīng)對士族反亂和自由民權(quán)運動，凝聚收攬人心的急務(wù)論，主張明治天皇應(yīng)基于儒家思想作為東方式的專制君主實行“天皇親政”，對于明治天皇的帝王教育也應(yīng)遵循這一路線。但這與規(guī)劃未來以天皇作為西方式的立憲君主居于近代國家之中樞地位的太政官的方針相矛盾。伊藤博文斥責(zé)元田等的主張是歷史的倒退，犯了時代性的錯誤，稱這種主張將導(dǎo)致政治上的混亂。在三條實美、巖倉具視的支持下，伊藤博文、大隈重信等內(nèi)閣首腦人物最終在閣議上否決了元田等人的提案，并乘機廢止了侍補制度，“天皇親政運動”被挫敗。

明治13年（1880年）大隈重信的外債募集政策引發(fā)政爭，元田永孚、佐佐木高行、土方久元聯(lián)合谷干城結(jié)成“中正黨”，再次掀起“天皇親政運動”。明治14年（1881年），伊藤博文聯(lián)合薩長藩閥、皇室公卿以及“中正黨”發(fā)動“明治十四年政變”，驅(qū)逐大隈重信一派。

親政運動在遭遇一系列挫折后逐漸消弭，但元田永孚的信念絲毫不減。政爭失敗后，元田永孚因為深得天皇的信任，故仍留置宮中。為了實現(xiàn)以天皇為中心的國家的思想理念，將重點轉(zhuǎn)移到教育領(lǐng)域，通過在教育上弘揚仁義忠孝，提高國民對天皇的忠誠度的方法來實現(xiàn)。明治12年（1879年）7月，元田永孚執(zhí)筆起草了批判啟蒙主義，提出公共教育應(yīng)該以仁義忠孝為中心的儒教主義為核心的《教育圣旨》（包括《教育大旨》和《小學(xué)條例二則》），引起伊藤博文的反彈。伊藤博文針對元田的有關(guān)教育改革意見，于1879年9月委托井上毅起草《教育議》一文，上奏天皇，申述品行風(fēng)俗的敗壞不在于文明開化政策，而是維新變革的不可避免的副產(chǎn)品，并非像元田想象的那樣膚淺和抽象。為了糾正風(fēng)俗紊亂，的確需要研究“教育方法”，確立文教政策，但不應(yīng)該放棄國家的根本政策——文明開化政策，“保護(hù)舊時的陋習(xí)”。元田對伊藤的《教育議》立即進(jìn)行反駁，又寫了一篇《教育議附議》。他在文章里重申“忽視仁義忠孝”是風(fēng)俗紊亂的原因，恢復(fù)儒教、“讀四書五經(jīng)、尚廉恥、重禮讓、篤倫理的教育”是矯正風(fēng)俗的手段。元田、伊藤的論爭是德育論戰(zhàn)的開始。 明治天皇在德育論戰(zhàn)中始終站在保守派一邊。1882年12月地方長官會議上發(fā)布的敕諭中寫道：“彝倫道德是教育之本，為我朝、中國所尊崇， 雖歐美各國亦有修身之學(xué)，但我國對其采用仍不得要領(lǐng)，方今學(xué)科繁多，本末誤置者屢見不鮮�！�

德育之爭公開化后，很快就發(fā)展成包括思想家、教育家參加的一場激烈論戰(zhàn)。例如，著名教育家福澤諭吉，在 1882年發(fā)表《德育如何》、《教育余文》兩篇文章，從正面向儒教主義教育論實行攻擊；元田水孚在1882年發(fā)表《國教論》，主張樹立以孔子為中心的國教，確立以儒教作為“百科基礎(chǔ)”的修身教育；思想家兼教育家西村茂樹在 1886年發(fā)表《日本道德論》，主張德育的根本是忠孝仁義，同時采納一些西洋思想，即所謂“以儒教為根本， 西洋哲學(xué)為參考”的道德論。1887年著名教育家杉浦重剛發(fā)表《日本教育原論》，否定以宗教作為教育原理，主張以自然（物理）的原理作為教育基礎(chǔ)。 東京大學(xué)總理加藤弘之，主張把神、佛、儒、耶穌四教全納入修身課，統(tǒng)一教育論戰(zhàn)。1890年，文部省官員能勢榮發(fā)表一篇名為《教育評定論》的文章， 實際上是代表文部省的意見，企圖用折衷主義平息這場論戰(zhàn)。如此眾說紛紜的論戰(zhàn)，直接影響中小學(xué)的修身課教學(xué)，使學(xué)校的德育無 所適從，從而引起地方官員的不安。于是，1899年地方長官會議向內(nèi)閣提出要求文部省確立德育方針的建議以便結(jié)束論戰(zhàn)，建立統(tǒng)一的教學(xué)方針和方法。在這一輪較量中，元田永孚占了上風(fēng)，伊藤博文最后不得不妥協(xié)。

1880年12月，日本頒布《修正教育令》，取代《教育令》�！缎拚�教育令》的基本內(nèi)容是：否定了教育改革中的“自由放任主義”， 加強中央和地方政府對學(xué)校的監(jiān)督權(quán)力：強調(diào)國民義務(wù)教育，將義務(wù)教育年 限從 16 個月改為3年，不就學(xué)者須經(jīng)郡長批準(zhǔn)；課程設(shè)置，一律按照文部省 頒發(fā)的大綱執(zhí)行，將修身課列為首位，加強德育教育，即忠君愛國教育，吸收了元田永孚等保守派的主張。《修正教育令》的頒布，表明明治政府的教育改革開始走向保守。農(nóng)民起義、自由民權(quán)運動、士族叛亂，使明治政府中的保守派越來越感到不安，政府內(nèi)部發(fā)生德育論戰(zhàn)。1878年夏天，正當(dāng)剛剛實行《教育令》 的時候，以元田永孚為代表的中正保守派，用天皇的名義撰寫了《教育大旨》和《小學(xué)條例二則》，指責(zé)維新以來的文明開化政策是“追逐文明開化之末端，破壞品行，傷害風(fēng)化者不少”，將來有可能達(dá)到“不知君臣父子之大義的地步”，“流弊很多”，等等。并預(yù)示“今后須基于祖宗之訓(xùn)典，竭力宣明仁義忠孝”，以儒教的道德倫理原則，糾正流弊。為了對兒童有效地灌輸仁義忠孝觀念，在《小學(xué)條例二則》中規(guī)定，校內(nèi)要懸掛古今忠臣、義士、孝子、節(jié)婦的畫像。元田永孚極力主張恢復(fù)儒教，反對文明開化政策。

明治14年（1881年），元田永孚受明治天皇之敕命，編纂《幼學(xué)綱要》，1882年（明治15年）12月2日宮內(nèi)省以敕撰修身書頒布·刊行，全書由三冊七卷加別卷構(gòu)成。弘揚“孝行?忠節(jié)?和順?友愛?信義?勤學(xué)?立志?誠實?仁慈?禮讓?儉素?忍耐?貞操?廉潔?敏智?剛勇?公平?度量?識斷?勉職”之20項美德，書中大意引用了《四書五經(jīng)》和《孝經(jīng)》的語句、日本和中國的299件歷史事例以及62幅圖畫（松本楓湖作畫）并附加圖解。元田通過上述舉措主導(dǎo)了明治公共教育之理念的形成。

明治時代的大日本帝國憲法發(fā)布以前，日本民間已經(jīng)開始私下討論憲法，出現(xiàn)了眾多版本的私擬憲法草案。元田永孚在明治13年（1880年）基于國教主義之國憲論（天皇中心の國民教化）的立場提出《國憲大綱》（被政府否決），以朝著實現(xiàn)自己的國教案方向推進(jìn)。

明治19年（1886年）2月5日任宮中顧問官，明治21年（1888年）5月10日——明治24年（1891年）1月22日任樞密顧問官。明治22年（1889年）5月2日任宮內(nèi)省御用掛。天皇對元田永孚的信任從未改變，軍國重事經(jīng)常向他垂詢意見。雖然他倡導(dǎo)的國教主義在憲法制定中被排除，但在明治23年（1890年）與井上毅協(xié)力起草《教育敕語》，促成受儒家影響的天皇制國家思想的形成，為帝國憲法與教育敕語的體制構(gòu)筑發(fā)揮了重要作用。在對外問題上特別關(guān)心條約改正問題，明治20年（1887年）至明治22年（1889年）間接受天皇的條約改正問題之咨問，反對內(nèi)地雜居（對外國人不限定居住地，允許其在國內(nèi)自由居�。┖腿斡猛鈬�人法官，強烈反對井上馨、大隈重信兩任外務(wù)大臣的條約改正方案。

宮中顧問官的主要任務(wù)是就“帝室之典范儀式的相關(guān)事務(wù)接受咨詢、具上奉對意見”，多數(shù)場合下為名譽職，鑒于宮中與府中之別，不可能參與國政。佐佐木高行、土方久元、元田永孚等明治天皇身邊的親政論者（中正派）被安置在這個職位上，有利于伊藤博文的立憲主義政治的展開。但即便是在就任宮中顧問官后，仍被天皇命為“天皇的私人顧問”，元田被免除需服作為顧問官正裝的洋裝制服的義務(wù)，特許著傳統(tǒng)和服參內(nèi)。元田憑借天皇一貫的信任常侍側(cè)近，他對天皇的影響力是伊藤博文等政府首腦所不能忽視的。

然而，隨著明治天皇以后越來越信賴伊藤博文，明治19年（1886年）9月7日明治天皇與伊藤博文（內(nèi)閣總理大臣兼宮內(nèi)大臣）之間達(dá)成《機務(wù)六條》，天皇接受了平時不參與政治，只有在緊急事態(tài)時出面擔(dān)當(dāng)調(diào)停人的君主機關(guān)說（天皇機關(guān)說的雛形）。在規(guī)范天皇和內(nèi)閣的關(guān)系的同時，明治天皇在事實上放棄了親政的意思，接受了天皇作為立憲君主的立場，元田永孚鼓吹的天皇親政被完全否定，宮中的政治介入也被排除。明治21年（1888年）元田永孚以樞密顧問的身份參與樞密院對《大日本帝國憲法》的審議，并以皇室的國家之軸心地位為主旨對伊藤博文的發(fā)言提出質(zhì)問。

明治24年（1891年）1月21日，元田永孚因風(fēng)邪病篤，明治天皇降下特旨，授男爵。22日，元田永孚病逝，享年72歲，敘從二位。墓所在東京都港區(qū)的青山靈園。元田永孚去世后，爵位由嫡子元田永貞（1842年 - 1901年）世襲，嫡孫元田亨吉（1870年 - 1931年）因為沒有兒子，以遠(yuǎn)親元田竹彥（1900年 - 1987年，元田永孚之女永子的孫子）為婿養(yǎng)子相續(xù)，這一系存續(xù)至今。

明治8年（1875年）2月24日：正六位；

明治8年（1875年）9月20日：從五位；

明治12年（1879年）12月15日：正五位；

明治15年（1882年）6月17日：勛三等旭日中綬章；

明治19年（1886年）10月28日：從四位；

明治21年（1888年）5月29日：勛二等旭日重光章；

明治21年（1888年）10月20日：正三位；

明治24年（1891年）1月21日：男爵；

明治24年（1891年）1月22日：從二位。

元田永孚雖然重視實學(xué)，但又認(rèn)為應(yīng)以儒教道德為“本”，知識才藝為“末”，力求以國民教化之根源以皇室為中心的傳統(tǒng)。將西洋文明開化的壓力視為國體之危機，認(rèn)為藩閥政治排忠義弄權(quán)道以輕視皇室。此外，元田將輔導(dǎo)明治天皇成為能夠垂范國民的儒教中的“有德之君”（致君堯舜）視為忠臣之道并為此竭盡心力。

元田永孚對于森有禮作為教育行政首長（文部大臣）倡導(dǎo)西洋啟蒙思想更是持強烈批判的立場。元田在致森的書簡中寫道：「孔子の教は吾（わが）國にありては君を愛し、吾父の子となりては吾父を愛して、孔子を愛せるを以て吾道と心得るを以て日本の今日にありては忠孝の大道を其時世々々に活用するを以て仆の學(xué)問とする（原文以片假名書寫）」

明治17年（1884年），元田永孚撰寫了《國教論》，主張把對皇室的崇敬轉(zhuǎn)化為國教，對全體國民進(jìn)行徹底的教育。試圖以朱子學(xué)的大義名分論在日本的現(xiàn)實社會的徹底化、修身與治國之一體化共同將尊崇皇室確立為一種“國教”，元田的“政教一致”路線，將通過《教育敕語》確立天皇制國家來實現(xiàn)。但是，倡導(dǎo)國粹主義的保守派學(xué)者井上哲次郎認(rèn)為，元田的思想偏重于君臣之道德而輕忽國家之理性，提出了批判性見解和不同意見。

元田永孚著有《元田永孚文書》、《經(jīng)筵進(jìn)講錄》、《元田先生進(jìn)講錄》、《倫理御進(jìn)講錄》、《幼學(xué)綱要》、《幼學(xué)綱要經(jīng)語抄》、《圣諭記》、《教育圣旨》、《國憲大綱》、《教育敕語渙發(fā)書簡》、《元田永孚自敘傳》等。