他是非博士出身的國立臺灣大學(xué)醫(yī)學(xué)院院長，一路從醫(yī)師做到醫(yī)學(xué)院院長，同時也是中央研究院生命科學(xué)組院士，并于2005年獲選為美國國家科學(xué)院外籍院士。

2005年6月20日，臺大醫(yī)院東址一樓大廳樹立“倫理墻”，揭示陳定信執(zhí)筆、院長林芳郁簽名之文章〈我們的信念〉，教導(dǎo)后進為醫(yī)之道德。

國立臺灣大學(xué)醫(yī)學(xué)院內(nèi)科教授?(1983年-2020年)

國立臺灣大學(xué)醫(yī)學(xué)院臨床醫(yī)學(xué)研究所所長?(1987年-2002年)

國立臺灣大學(xué)醫(yī)學(xué)院附設(shè)醫(yī)院肝炎研究中心主任?(1987年-2001年)

國立臺灣大學(xué)醫(yī)學(xué)院附設(shè)醫(yī)院胃腸肝膽科主任?(1996年-2020年)

國立臺灣大學(xué)醫(yī)學(xué)院院長?(2001年-2007)

世界肝臟醫(yī)學(xué)會理事長（International Association for the Study of the Liver, IASL)?(2004年-2020年)

中央研究院院士（生命科學(xué)組，1992年第19屆）

行政院杰出科學(xué)技術(shù)人才獎(1984)

Abbott Laboratories Research Award(1986)

行政院國家科學(xué)委員會杰出研究獎(1987、1989、1991、1993)、特約研究計劃主持人(1995)

教育部學(xué)術(shù)獎（醫(yī)科）(1989)

中央研究院院士(1992)

Grand Award, Society of Chinese Bioscientists in America(1993)

侯金堆先生文教基金會侯金堆杰出榮譽獎（基礎(chǔ)科學(xué)生物類）(1994)[6]

杰出人才發(fā)展基金會杰出人才講座(1995)

教育部國家講座(1997)

美國國家科學(xué)院外籍院士(2005)

世界醫(yī)學(xué)會世界關(guān)懷醫(yī)師(2005)

發(fā)展中世界科學(xué)院(TWAS)第里雅斯特科學(xué)獎(2006)

日本經(jīng)濟新聞社日經(jīng)亞洲獎(2010)

2020年6月24日因胰臟癌于臺大醫(yī)院病逝，享壽76歲。