先后就讀于西安臨時大學、長沙臨時大學，最后到昆明西南聯(lián)大就讀畢業(yè)。1941年就職于四川中國地理研究所。1948年，擔任臺灣省海洋研究所助理工程師。1951年，隨夫郭令智回到新中國。1952年，就職于中國科學院地理研究所，先后任副研究員、研究員、經(jīng)濟地理室主任、地理室主任、地圖室主任、地理研究所學術委員會委員，碩士生導師、中國地理學會專業(yè)委員會委員、地理學會教育委員會委員。江蘇省第三、五、六屆人民代表。八十年代，加入“九三”學社。九十年代，多次獲得中國科學院和國家部委頒發(fā)的科技進步獎。1993年，享受國務院特殊津貼。

侯學燾一生發(fā)表40余篇學術論文，編制一系列國家級地圖集和地圖。1991年，獲國家科技進步獎二等獎。1998年秋，獲中國科學院科學技術一等獎。