唐納德·肯尼迪曾于1980年當(dāng)任斯坦福大學(xué)校長，在其12年任期內(nèi)，為該校轉(zhuǎn)型為美國頂尖研究型大學(xué)奠定了基礎(chǔ)。在他擔(dān)任校長期間，斯坦福大學(xué)重新致力于教學(xué)工作，開設(shè)了斯坦福人文學(xué)科中心，擴大了跨學(xué)科研究，并增加了海外分校。

除了擔(dān)任斯坦福校長一職，唐納德·肯尼迪還在1977～1979年擔(dān)任時任美國總統(tǒng)吉米·卡特領(lǐng)導(dǎo)下的美國食品藥品管理局（FDA）局長。

肯尼迪于1992年卸任校長，重返教學(xué)領(lǐng)域，專注于環(huán)境和公共政策。1997年，哈佛大學(xué)出版社出版了肯尼迪的著作《學(xué)術(shù)責(zé)任》，討論了美國高等教育面臨的挑戰(zhàn)。

2000年，肯尼迪成為美國科學(xué)促進會知名學(xué)術(shù)期刊《科學(xué)》的主編，直至2008年。2008年，肯尼迪回到斯坦福大學(xué)繼續(xù)教授本科生，另外還在商學(xué)院教授碩士生。

肯尼迪還活躍于各種各樣的董事會、非營利組織、基金會和科學(xué)咨詢委員會，包括斯坦福社會科學(xué)研究所國家咨詢委員會和QuestBridge董事會等。從2005年1月至2013年6月，他擔(dān)任大衛(wèi)和Lucile帕卡德基金會的受托人，該基金會與世界各地的伙伴合作，促進社會、文化和環(huán)境變化，以改善兒童、家庭和社區(qū)的生活。

去世時，肯尼迪是斯坦福大學(xué)名譽校長，也是該校伍茲環(huán)境研究所的名譽退休教授，同時還是賓大環(huán)境科學(xué)教授。

唐納德·肯尼迪一生獲得了許多獎項和榮譽。1972年當(dāng)選為美國國家科學(xué)院院士，是美國藝術(shù)與科學(xué)院、國家公共服務(wù)委員會和美國哲學(xué)學(xué)會的成員。2010年，他獲得了Wonderfest的卡爾薩根科普獎。

2020年4月21日，唐納德·肯尼迪因感染新冠肺炎去世，享年88歲。