洪澄源（1549年－1608年），字子定。福建晉江人。明朝政治人物。

洪澄源為洪富之孫。萬歷元年（1573年）中癸酉科舉人，萬歷十四年（1586年）中丙戌科進(jìn)士，授戶部主事，歷官郎中。官至貴州按察副使，平定楊應(yīng)龍之叛。歷官貴州按察使、云南右布政。