身世
元賢是宋代閩中理學(xué)家蔡元定（西山先生）第十四世孫。父云津，世守詩書；母張氏，生母范氏。
由于家學(xué)淵源，幼習(xí)儒學(xué)，“嗜周、程、張、朱之學(xué)”。少年時(shí)頗負(fù)大志，曾有詩曰：“道德師顏、閔，文章宗游、夏；其馀二三子，不愿在其下�！�
18歲時(shí)，偶讀《六祖壇經(jīng)》，對(duì)它很感興趣，這是他接觸宗門典籍的開始。
20歲為縣諸生。
落發(fā)為僧
萬歷三十年（1602年），懋德25歲，讀書山寺，聞頌《法華偈》“我爾時(shí)為現(xiàn)清凈光明身”，即知“周、孔外乃別有此一大事�！彼炫c同邑趙豫齋受《楞嚴(yán)》、《法華》、《圓覺》三經(jīng)。
明·萬歷三十一年（1603年），曹洞宗中興之祖無明慧經(jīng)禪師開法江西董巖，懋德前往參謁，反復(fù)征詰。無明慧經(jīng)（1548-1618年）是明代曹洞大師，勉勵(lì)懋德參“干屎橛”。“干屎橛”是禪林一則公案。臨濟(jì)宗為打破凡夫之執(zhí)情并使其開悟，對(duì)訊問“佛者是何物”者每答以“干屎橛”。蓋屎橛原系擦拭不凈之物，非不凈則不用之，臨濟(jì)宗特提此最接近吾人之物，以教斥其專遠(yuǎn)求佛而反不知清凈一己心田穢污之情形，用以打破學(xué)人之執(zhí)著。自此，懋德留意教乘，“博通經(jīng)典，深通佛理。”
萬歷四十五年（1617年），懋德40歲，父母相繼去世（生母仍在），遂棄妻兒，往江西壽昌寺，禮無明慧經(jīng)和尚，落發(fā)為僧，取法名元賢。
萬歷四十六年（1618年），無明禪師圓寂，元賢隨無異元來往信州（今上饒）博山能仁寺，受具足戒，繼又圓菩薩戒，留居香爐峰。元賢經(jīng)常與無異元來商榷玄奧，當(dāng)仁不讓，元來嘆曰：“這漢生平自許，他時(shí)天下人，不奈渠何。”元賢和博山的關(guān)系，在法門的輩分為兄弟，在戒學(xué)的授受則是師資。
天啟二年（1622年），元賢返回閩中，住沙縣雙髻峰。
天啟三年（1623）秋九月，元賢因?yàn)樵嵊H回建陽。舟過劍津，聽見同行中有僧唱經(jīng)云：“一時(shí)謦欬，俱共彈指，是二音聲，遍至十方諸佛世界�！蹦死淮笪�。后居甌寧（今建甌市）金仙庵，閱大藏經(jīng)三年。又遷建安荷山。期間，元賢博采群籍，作《建州弘釋錄》2卷，收入唐至明建州（包括甌寧、建安、建陽、崇安、松溪、政和6縣）名僧和在建州弘法的名僧77人的事跡，是一部地方性的名僧史略。博山元來為他作序。為“會(huì)通儒釋”，撰《寱言》1卷。
崇禎五年（1632年），云棲祩宏高足、杭州真寂寺聞谷廣印（1566-1636年）入閩弘法，他訪之于劍州（今南平）寶善庵，一見投合，以為相遇之晚。這時(shí)宜興曹安祖請聞谷作《諸祖道影贊》，因?qū)僭t命筆，成百馀贊，大為聞谷所稱賞，即以所傳云棲戒本授元賢。
