弘治（1488-1505年）初年，他再次升遷為四川按察使，又歷經(jīng)江西和福建的左右布政使，擢升為右副都御史，巡撫順天，整飭薊州（今天津市薊縣一帶）的邊境防御，增建邊塞墻垣設施，減少秋冬駐防兵力，每年節(jié)約防御軍費達數(shù)萬兩。另外，還在其管轄地區(qū)沿河開鑿水渠，屯種養(yǎng)兵。正德（1506-1521年）初年，洪充督治運河的漕運，升任右都御史，又改掌管南京都察院，升遷為刑部尚書、掌管刑部事務。正德五年（1510年）春天，湖廣地區(qū)（指今湖北省、湖南省和廣東省、廣西省部分地區(qū)）盜寇蜂起，洪充以刑部尚書身份總制軍務大事，破滅了沔陽地區(qū)（今湖北省沔陽縣）的盜賊。保寧（今四川省閬中縣一帶）賊藍廷瑞等聚集十萬余人，為害陜西、湖廣等地區(qū)。洪充制定了破賊方略，將盜寇全部捉拿歸案，因為平定盜賊有功，洪充被封為“太子太�！薄２痪�，洪充要求辭官回鄉(xiāng)。嘉靖三年（1524年）仙逝，謚號為“襄恩”。