別所長治(1558年9月30日—1580年2月2日)，日本戰(zhàn)國時期播磨的大名。

別所長治為別所安治之子，也是波多野秀治的女婿�？椞镄砰L在攻打毛利輝元時以別所長治為前鋒，但是由于與豐臣秀吉的不合，以及荒木村重的煽動之下，別所長治便與波多野秀治一起反抗織田信長。

別所長治以死守三木城的方式與豐臣秀吉應戰(zhàn)，在毛利輝元與荒木村重的支持與支援下，一度擊退織田信長的軍隊；但是在豐臣秀吉徹底切斷三木城的糧食與水源供應，以及神吉城與志方城的失守之下，毛利輝元的援軍也跟著撤退；而別所長治也在三木城被包圍兩年后自殺逝世。

戰(zhàn)國后期，播磨三木城被豐臣秀吉徹底包圍兩年后自殺逝世。別所氏也與之灰飛煙滅。