在陜北工作期間，孔祥禎領導和組織了中國工農(nóng)紅軍陜北游擊縱隊，指派謝子長為總指揮，劉志丹為副總指揮，開展了陜北的工農(nóng)武裝斗爭，訓練了一批軍事干部，積蓄了革命力量。1931年初，調(diào)往河北省唐山地區(qū)任軍委書記。不久被捕。出獄后，于1935年先分配到太原，接著調(diào)往北平。根據(jù)北平地下黨組織的指示，孔祥禎參與營救北平反省院61名同志出獄的工作。

1936年下半年，孔祥禎被派往西安市張學良部做兵運工作。“西安事變”后，孔又被派往場虎城的38軍中做高級參議，主持軍隊干部訓練班，宣傳共產(chǎn)黨的抗日主張。蔣介石編遣東北軍和西北軍，同時清除這兩個部隊中的共產(chǎn)黨員，孔祥禎為避免通緝，便回陜北解放區(qū)。

1942年，孔任129 師情報處長，1944年調(diào)任皮（定均）徐（子榮）支隊統(tǒng)戰(zhàn)部長，在豫西地區(qū)領導游擊戰(zhàn)爭，專做地方工作。1947年8月，孔祥禎跟著劉鄧大軍挺進大別山， 先后擔任中共縣委書記、行署專員、地委書記、中共中央中南局組織部副部長、城市工作部部長等職。

建國后，孔祥禎歷任國家建委黨組副書記、副主任，交通部副部長、黨組書記、輕工業(yè)部黨組書記、第一副部長等職�！拔母铩逼陂g，受林彪，江青反革命集團迫害，孔祥禎被誣為“叛徒、內(nèi)奸、特務”，輪番批斗，在監(jiān)獄關押8年之久，身體受到嚴重摧殘，以致下肢癱瘓。

1978年底，孔祥禎被平反昭雪，先后任全國政協(xié)常委、中共中央紀律檢查委員會常委、中共中央顧問委員會委員等職。

1986年5月逝世。

1931年，中共唐山軍委書記孔祥禎不幸被捕，關進了草嵐子監(jiān)獄。一年多后，孔祥禎因病保釋出獄。1936年的一天，孔祥禎在黨的北方局工作的徐冰同志家中接受了一項任務：黨迫切地需要一大批干部出來工作，黨中央已做出了決定，給草嵐子監(jiān)獄里的同志指示，讓他們用假自首和登報啟事的辦法出獄。

怎么能和草嵐子監(jiān)獄聯(lián)系上呢？一次上街，孔祥禎偶然遇到了幾年未見的獄友魏文伯。魏文伯提出自己的侄兒魏茂林跟監(jiān)獄有些聯(lián)系，可以往監(jiān)獄傳送東西。很快，第一封由孔祥禎給獄中黨支部書記殷鑒的密信到了殷鑒的手中。殷鑒又傳給當時的支書薄一波同志等人看。大家覺得來信可疑，擔心是敵人設下的圈套，更不相信是黨中央的指示。第一封密信就這樣擱下來了。緊接著孔祥禎又寫了第二封信，說明了局勢，明確地代表組織做出了出獄指示，并向大家做了政治上和組織上的保證。獄中同志見到這封信后共同商議，由楊獻珍用外文執(zhí)筆向北方局和黨中央?yún)R報了他們“不同意登報出獄”的意見。

外面的同志焦急萬分，不久第三封信又傳了進來，這次是北方局組織部部長柯慶施等人寫的，隨信附來了北方局向黨中央建議中主要內(nèi)容的抄件。信中充分證實了這些信件是黨中央的指示，讓同志們打消了顧慮。這么多人同時要求出獄，敵人也沒見過這種陣勢，難辨真假，更不敢貿(mào)然批準，一個月過去了還沒有消息。就此，獄中支部認真分析研究后決定，分批出獄。大家出獄后分散活動，在街上行走彼此裝作不認識，后來逐漸和黨組織接上了關系，并接受了黨的工作分配。

61人的出獄，是中共中央在特殊條件下采取的特殊措施。1943年，薄一波還向毛澤東匯報他們被營救出獄的經(jīng)過，毛澤東說：“這件事我知道，中央完全負責。”同時，還對他們在獄中的斗爭給予了肯定和贊揚。

但是，這事到了“文革”，被康生等人利用，大做文章，并借此整倒一大批當年曾在草嵐子監(jiān)獄里的同志，最后一舉拿下劉少奇。直到1978年12月16日，中共中央發(fā)出《中央同意中央組織部〈關于“六十一人案”的調(diào)查報告〉的通知》，正式為“六十一人案”平反。