幼而聰慧，思維敏捷，悟性高，勤學(xué)苦讀。直指（官名）常讓他跟隨巡察各縣，每遇疑難案件，即讓黃云泰判決。以政績卓異，被擢升為戶垣。神宗中葉，儲嗣（即太子、東宮、青宮）未定，人心浮動，情勢危危。黃云泰慨然說：“青宮為天下根本，豈可任其搖動！今日之事，孰大于此！”聯(lián)合垣臺諸人，共同上書進(jìn)諫。神宗震怒，立馬降罪，幾乎不免，得諸大臣力救，死罪免，削官籍為庶民。
黃云泰居家，創(chuàng)立黃門書院，招集文士讀書課業(yè)其中，凡貧窮子弟則供給飯食，資助費用，25年如一日。教訓(xùn)子弟，皆有文名。長子養(yǎng)正，萬歷四十七年進(jìn)士，官至兵部觀政。父子官位顯而不以富貴瞧不起人。次子養(yǎng)沖，博學(xué)能文，有經(jīng)濟(jì)才，聲譽(yù)滿梁宋間，清順治年任陜州訓(xùn)導(dǎo)，立文社，崇實學(xué)，使該縣60年來第一次鄉(xiāng)薦有人。光宗朱常洛即位，起用過去曾經(jīng)進(jìn)諫請立太子的一班人，黃運泰被起用為光祿寺少卿，后又相繼任太仆寺正卿、戶部侍郎、巡撫督餉天津。熹宗朱由校即位，黃運泰晉升為戶部尚書、太子太傅。年88歲壽終，葬黃水寨祖塋。