1912年8月25日，同盟會聯(lián)合其他四個(gè)政團(tuán)組成國民黨，孫中山在湖廣會館主持國民黨成立大會，莫永貞出席并與閻錫山、張繼、李烈鈞、胡瑛、沈秉堃、王傳炯、陳錦濤、陳陶遺、蔣翊武、褚輔成、松毓、楊增新、于右任、馬君武、田桐、譚延闿、張培爵、徐謙、王善荃、姚錫光、趙炳麟、柏文蔚、孫毓筠、景耀月、虞汝鈞、張琴、曾昭文、溫宗堯、陳明遠(yuǎn)一起被推舉為參議。1913年，任國民黨浙江支部委員兼干部參議。1914年，袁世凱下令解散各省議會，曾聯(lián)同18名議員致函浙江都督朱瑞反袁。朱奉袁令查辦，永貞逃離浙江，再次東渡日本。1915年，居朱幕府，后任財(cái)政廳長。1917年起，歷任蘇浙太湖水利會辦、漁業(yè)局總辦、國憲起草會委員、浙江省自治法會議副主席等職。后棄官居上海，以考辨金石、吟詩作字自娛。遺著由其子莫庸輯成《愛余室遺集》存世。