他曾在維羅納競技劇場執(zhí)導(dǎo)了古諾的《羅密歐與朱麗葉》，歌劇取得巨大成功并每年上演。他還曾在威尼斯鳳凰劇院導(dǎo)演了《藝術(shù)家生涯》，并于2012年復(fù)排。他還執(zhí)導(dǎo)威爾第的《奧賽羅》，作為鳳凰劇院新一個演出季的開幕演出。此外他還與斯卡拉劇院愛樂樂團合作執(zhí)導(dǎo)了門德爾松的《仲夏夜之夢》。

弗朗切斯科·米凱利曾在突斯卡尼和倫巴第地區(qū)歌劇巡演以及韋克斯福德音樂節(jié)擔(dān)任助理導(dǎo)演。1997年他為斯卡拉劇院博物館導(dǎo)演了普契尼的《灰姑娘》，自此開啟了導(dǎo)演生涯。同年他與As.Li.Co.合作多瑪尼歌劇項目，在佛羅倫薩市政劇院和威尼斯鳳凰劇院執(zhí)導(dǎo)了包括格魯克、莫扎特和馬斯奈的劇目。

他開創(chuàng)了許多富于革新的劇目，試圖打造一種介于音樂會和表演之間的新型歌劇形式。在這個項目框架下他與多家劇院建立了合作關(guān)系。

2018年10月23日-28日，執(zhí)導(dǎo)的國家大劇院制作威爾第歌劇《阿依達》在國家大劇院上演。

弗朗切斯科·米凱利還在許多其他劇目中任導(dǎo)演：如《費加羅的婚禮》、《納布科》、《莫扎特和薩利埃雷》、《塞維利亞理發(fā)師》。他還曾為許多歌劇創(chuàng)作腳本，如在帕勒莫馬西莫上演的《愛麗絲夢游仙境》，由他的妻子親自導(dǎo)演。