1917年，王漱芳考入貴州模范中學(xué)（即清朝末年創(chuàng)辦的貴州第一中學(xué)堂）。1919年畢業(yè)時，被貴州省官費(fèi)保送入武昌商科大學(xué)，后轉(zhuǎn)蘇州國立東南大學(xué)。當(dāng)時，華東地區(qū)受孫傳芳控制，中國國民黨則在地下活動。王漱芳在國立東南大學(xué)加入中國國民黨，宣傳孫中山的政見，組織學(xué)生開展反軍閥的活動。

1925年，為籌備北伐，遵照中國國民黨中央的指示，王漱芳和東南大學(xué)及華東地區(qū)其他高校的地下中國國民黨黨員從上海乘船赴廣東。王漱芳被安排到國民革命軍第一軍司令部任機(jī)要秘書，當(dāng)時第一軍軍長何應(yīng)欽也是貴州人，王漱芳的哥哥王慶芳是何應(yīng)欽的老同學(xué)，再加上王漱芳到任后辦事才能突出，故王漱芳受到何應(yīng)欽及第一軍其他領(lǐng)導(dǎo)的賞識。

第一軍被編為北伐東路軍后，王漱芳升任東路軍的第一軍總指揮部秘書長。1927年，東路軍勝利開入浙江，王漱芳兼任中國國民黨浙江省黨部黨務(wù)指導(dǎo)委員、常務(wù)委員。南京國民政府成立后，王漱芳任國民政府訓(xùn)練總監(jiān)部秘書主任，隨后又出任國民政府交通部秘書廳主任和國民革命軍總司令行營參議。1928年起，王漱芳?xì)v任中國國民黨南京特別市黨部監(jiān)察委員、國民會議總選舉事務(wù)所參事、國民會議代表，中國國民黨第三次、第四次全國代表大會代表。1931年至1935年，王漱芳連任兩屆南京市政府秘書長。與此同時，他還兼任立法院立法委員、監(jiān)察院參事。1931年，在中國國民黨第四次全國代表大會南京會議上，王漱芳被提名為中央執(zhí)行委員候選人，但因不滿30歲，未達(dá)到中央執(zhí)行委員的年齡要求而未能入選。1935年，在中國國民黨第五次全國代表大會上，王漱芳當(dāng)選為中央執(zhí)行委員，一直任至逝世。

1937年至1938年，王漱芳被派赴貴州任中國國民黨貴州省黨部主任委員。1938年調(diào)至重慶，任中國國民黨中央軍事委員會戰(zhàn)地黨務(wù)服務(wù)組中將組長。此時，在陪都重慶成立中華全國中蘇文化協(xié)會，作為協(xié)調(diào)中華民國與蘇聯(lián)之間的友好活動的群眾團(tuán)體，王漱芳被任命為首屆會長。

1940年，王漱芳奉派隨谷正倫赴甘肅省，谷正倫任甘肅省主席，王漱芳任甘肅省政府秘書長兼甘肅省民政廳廳長，還兼中央銀行甘肅省分行董事長。谷正倫出身軍人，一直任軍職，且常赴重慶開會，故王漱芳負(fù)責(zé)甘肅省的日常行政事務(wù)。

1942年，王漱芳根據(jù)中國國民黨的方針政策及甘肅省的情況，撰寫了《甘肅省施政綱領(lǐng)與中心工作》，經(jīng)谷正倫及甘肅省政府有關(guān)會議審定之后，召集甘肅省屬各部門召開大會，由王漱芳據(jù)此報告。后來印刷成書，在甘肅省發(fā)行。

1943年，王漱芳出巡縣政，在隴南岷縣的一個懸崖邊，因馬后腳騰起，從馬背上跌落懸崖，當(dāng)場身亡。