祠堂布局取形于龜，建筑為三進院落，兩天井，四合院式布局，祠深48米，寬24米，前有包臺，兩側(cè)有廂房，東西共有房15間，占地面積2360平方米，祠堂面積1337平方米，是東莞現(xiàn)存最大的宗祠之一。

祠堂主體建筑為廣東著名的硬山頂式，抬梁與穿斗混合式梁架結(jié)構(gòu)。門廳前臺左右有墊臺，兩條圓形紅砂石柱，前檐額壓檐披風(fēng)，柱端兩邊梁架布滿了雕刻，有鳥獸蟲魚、云雷如意等，雕刻精細，工藝精湛，頭門上端乘掛著“黎氏大宗祠”牌匾。大宗祠的基地是龜形，有頭、有手、有足、有尾，祠前三級水，六脈入村懷，祠堂正對著黃旗山的尖峰，因此祠的門聯(lián)寫著“門對旗峰百代孝慈高仰止，祠環(huán)潢水千年支派永流長”，聯(lián)是翰林學(xué)士黎溢海撰的。

越過古祠的大天井便是中進堂(即正廳)，其結(jié)構(gòu)為抬梁和穿斗式相結(jié)合，顯得威武壯觀，這里的每根屋梁，兩端皆橢圓形梁托，梁托上雕刻著彩云、飄帶，檁上鑲嵌片片花雕，連梁鉤均刻有蟠龍等圖案，仰首凝望，玲瓏別致，蘊涵著深厚的漢族文化底蘊, 具有極高的美學(xué)價值、學(xué)術(shù)價值和使用價值。

內(nèi)進神臺兩側(cè)保存安放有兩塊以精石為碑身、紅石為底座的刻碑，上面記載著宋、元、明李春叟等六名賢所撰碑記。六人字體不同，鐵畫銀釣，雕刻精致。此碑文在明朝復(fù)建，已有六百多年歷史，是東莞屬年最遠久的碑石，也是重點保護的文物古跡之一。

祠后有一座蓮塘花木園，占地二畝多，祠的三進向家各有不同，內(nèi)進正座，中進偏左，前進偏右，是祠宇中少有的特出向形，是江西大地師賴布衣點向的。當時建祠，有一段傳說，在平整祠地的時候，有一布衣芒鞋的文士，在祠地上左觀右望，前中后擺座了三張交椅，然后動身向石龍方向的路走去，當時潢涌建祠的子孫覺得此人奇怪，懷疑他是最 近到來東莞點穴皇姑墳的賴布衣，于是立刻派人向石龍方向的路上趕去，追至東江獨樹地帶，才尋到此先生，請問之下果是賴布衣，于是懇請他轉(zhuǎn)回指點建祠，但他堅決不肯再返，便說，看你祖宗有無福氣，我曾擺下三張交椅，向家三進不同，是風(fēng)水地理的三元不敗格局，若果不曾移動，祠的三棟按照交椅方向而建，那就在任何時代都大興大發(fā)，否則移動了，就沒有大福。于是鄉(xiāng)人急急轉(zhuǎn)回，幸得三張交椅未動，于是就照地師吩咐建祠，所以潢涌大興大發(fā)源遠流長。

宗祠歷朝曾遭兵焚，毀祠三次，復(fù)建亦多次。在南宋德佑年間毀于兵火，元朝重建，元末再次毀于兵火，明朝又重建，抗日戰(zhàn)爭時又被日軍燒毀，后又重建。明永樂三年(1415年)擴建，清嘉慶十年(1805年)再擴建，而成為現(xiàn)今的宗宇。在1993年，黎氏大宗祠為東莞市市級文物保護單位，2002年被評為省級文物保護單位。