1905年，張謇將建設(shè)中的通州師范學(xué)校公共植物園規(guī)建為“博物苑”，創(chuàng)建了中國(guó)第一個(gè)公共博物館，隸屬通州師范學(xué)校管理。張謇自為苑總理，孫鉞為苑主任。

1912年，通州改建置為南通縣，博物苑脫離通師而獨(dú)立，稱“南通縣博物苑”。

1927年，博物苑附屬于南通學(xué)院。1935年7月博物苑回歸通師代管。

1938年3月17日，日本侵略軍侵占南通，南通博物苑遭到破壞和掠奪，苑址被日軍占用為馬廄，文物除一部分在南通淪陷前夕轉(zhuǎn)移外，大部分散失。

1949年2月2日，南通解放，南通市人民政府著手恢復(fù)南通博物苑，于1950年成立南通博物苑修建委員會(huì)，并開(kāi)始修建工作。

1951年，修建后的博物苑改稱為“南通博物館”，由錢(qián)嘯秋副市長(zhǎng)兼任南通博物館館長(zhǎng)。同時(shí)將原博物苑園林部分另劃為人民公園。

1952年8月，改稱“蘇北南通博物館”，直屬蘇北人民行政公署文教處。

1953年，蘇南蘇北合并，改稱“江蘇省南通博物館”，直屬江蘇省人民政府文化事業(yè)管理局。同年7月，江蘇省文化事業(yè)管理局決定將南通博物館委托南通市人民政府文教科代管。

1954年4月，江蘇省人民政府決定撤銷江蘇省南通博物館，館藏文物、家具大部分移交江蘇省博物館籌備處。

1956年5月21日，文化部副部長(zhǎng)鄭振鐸在全國(guó)博物館工作會(huì)議中提出：“中國(guó)博物館事業(yè)的歷史并不太久，最早的公共博物館，除了帝國(guó)主義者們?cè)谘睾５貐^(qū)所辦的幾個(gè)之外，要算是張謇他們辦的南通博物苑了�！�6月9日，江蘇省人民政府決定恢復(fù)南通博物館。

1957年4月，江蘇省人民委員會(huì)決定重建南通博物館，作為南通市文化事業(yè)機(jī)構(gòu)之一，由南通市領(lǐng)導(dǎo)。8月，南通博物館籌備處成立。9月，開(kāi)始維修館舍。

1958年10月1日，南通博物館正式恢復(fù)，由尤勉齋任館長(zhǎng)。

1968年9月，南通博物館與南通市圖書(shū)館、文化館、市勞動(dòng)人民文化宮、唐閘工人俱樂(lè)部合并為南通市勞動(dòng)人民文化館，成立革命委員會(huì)。

1972年12月，南通市革命委員會(huì)決定將圖書(shū)館、博物館從勞動(dòng)人民文化館劃出，成立南通市圖書(shū)、博物館革命委員會(huì)。

1973年4月，建立中共南通市圖書(shū)、博物館支部。

1976年10月，南通市革命委員會(huì)決定撤銷圖書(shū)、博物館革命委員會(huì)，分別成立南通博物館革命委員會(huì)和南通市圖書(shū)館革命委員會(huì)。

1977年1月，啟用“南通博物館革命委員會(huì)”印章。

1978年12月，市委組織部任命：穆烜同志任南通博物館黨支部書(shū)記，徐冬昌同志任南通博物館館長(zhǎng)。

1979年1月，恢復(fù)“南通博物館”名稱，同時(shí)啟用新印章。

1984年4月，江蘇省文化廳同意恢復(fù)南通博物苑原名及原貌。7月，正式恢復(fù)“南通博物苑”名稱。

1999年12月28日，南通市人民政府決定：人民公園成建制并入博物苑，結(jié)束了原博物苑長(zhǎng)期分為兩個(gè)單位的狀況，恢復(fù)到創(chuàng)苑初的包括園林部分的南通博物苑。

2000年11月，國(guó)家文物局批復(fù)《南通博物苑保護(hù)利用規(guī)劃》。

2001年2月，南通市文化局副局長(zhǎng)周德芝兼任南通博物苑苑長(zhǎng)。

2002年8月14日，南通博物苑委托吳良鏞院士為苑設(shè)計(jì)新展館。

2003年3月，南通博物苑總體規(guī)劃和新館建設(shè)論證會(huì)在北京舉行。5月，南通市市文化局副局長(zhǎng)王棟云兼任南通博物苑苑長(zhǎng)。7月，國(guó)家文物局批復(fù)《南通博物苑規(guī)劃設(shè)計(jì)+單體方案》。

2004年3月15日，中華人民共和國(guó)文化部和國(guó)家文物局同意共同舉辦：南通博物苑一百年暨中國(guó)博物館事業(yè)發(fā)展百年慶典活動(dòng)。

2005年9月24日至26日，南通博物苑百年暨中國(guó)博物館事業(yè)發(fā)展百年紀(jì)念大會(huì)慶典在江蘇南通隆重召開(kāi)。大會(huì)當(dāng)天，舉行南通博物苑新館的開(kāi)館儀式。

辦公室：負(fù)責(zé)苑綜合協(xié)調(diào)、人事、文秘、檔案、對(duì)外接待、財(cái)務(wù)、票務(wù)、信息管理等各項(xiàng)工作。

藏品部（資料室）：承擔(dān)藏品的收藏、保管、研究等工作。承擔(dān)圖書(shū)資料訂購(gòu)、保管、借閱；學(xué)術(shù)資料信息采集；圖片保管與提供等工作。

社教部：負(fù)責(zé)展覽講解、青少年社教基地輔導(dǎo)，巡回展覽組織等社會(huì)宣傳教育工作。

自然部：負(fù)責(zé)動(dòng)物、植物、礦石、化石標(biāo)本的采集、收藏、保管、研究等工作。

園林部：負(fù)責(zé)綠化養(yǎng)護(hù)、環(huán)境衛(wèi)生等工作。

保衛(wèi)部：承擔(dān)全苑安全保衛(wèi)工作。

歷史文化研究保護(hù)中心：負(fù)責(zé)不可移動(dòng)文物的保護(hù)、管理工作；做好南通市境內(nèi)地下文物的調(diào)查可勘探及考古發(fā)掘；地面文物的調(diào)查、保護(hù)維修和“四有”工作。

文物征集辦公室：負(fù)責(zé)為博物館向社會(huì)各方面征集文物。

學(xué)術(shù)研究委員會(huì)：負(fù)責(zé)制訂全館學(xué)術(shù)發(fā)展規(guī)劃，學(xué)術(shù)研究課題的設(shè)立與評(píng)審，重要展陳大綱的審議，研究人員業(yè)務(wù)成果。

產(chǎn)業(yè)發(fā)展辦公室：制訂產(chǎn)業(yè)發(fā)展規(guī)劃，組織文博產(chǎn)業(yè)工作。工會(huì)：依照《中華人民共和國(guó)工會(huì)法》的規(guī)定承擔(dān)相關(guān)工作。

南通博物苑內(nèi)文物、標(biāo)本來(lái)源于各地人士和寺院捐贈(zèng)、售予。1914年編印的《南通博物苑品目》，共收錄文物、標(biāo)本2973號(hào)，1933年增至3605號(hào)，每號(hào)一件至數(shù)件不等。

至1989年底，館藏品有40115件，其中自然標(biāo)本6126件，一級(jí)文物55件。藏品具有地方特色，如海安青墩新石器時(shí)代遺址出土的石器、陶器、玉器和骨角器，以及漢代的煎鹽工具盤(pán)鐵、1973年南通市出土的晚唐（公元827～907年）青瓷皮囊式壺（越州窯仿北方游牧民族革囊水壺形制燒造）。“陳若虛記”瓷乳，是明萬(wàn)歷間（1573～1620年）南通名醫(yī)陳實(shí)功（號(hào)若虛）特制研藥用具。書(shū)畫(huà)、刺繡等藝術(shù)品中，有揚(yáng)州八家的李方膺（南通人）的畫(huà)和近代刺繡家沈壽的繡品。革命文物中有抗日戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)期反清鄉(xiāng)斗爭(zhēng)的文獻(xiàn)、手稿、武器和烈士遺物。博物苑陳列面積450平方米，分歷史文物、革命文物、自然標(biāo)本3個(gè)基本陳列。

歷史部分有金、玉石、陶瓷、拓本、土木、車(chē)器、畫(huà)像、卜筮、軍器、刑具、獄具等展品；美術(shù)部分有書(shū)畫(huà)、雕刻、漆塑、織繡、緙絲、編物、文具等類，其中露香園的《晝錦堂記》字繡長(zhǎng)屏12幅、沈壽繡《耶穌》像為美術(shù)精品；教育部分有科舉、私塾、學(xué)校3類，有科舉時(shí)代的考卷、夾帶、窗課，有學(xué)校教學(xué)用的教具、模型。

歷史文物陳列的展品，上自原始社會(huì)，下至清末，其中有博物苑早期的藏品，如戰(zhàn)國(guó)的于、漢代的銅鼓、宋代龍泉窯青瓷爐、元代磁州窯白地黑花瓷枕、明代墓葬中出土的棉布；近代文物中，有張謇的手跡、文獻(xiàn)及其創(chuàng)辦大生紗廠、鹽墾以及文化教育事業(yè)方面的實(shí)物和歷史圖片；歷史文物陳列的最后部分是辛亥革命烈士、曾任北方革命軍參謀長(zhǎng)的白雅雨（南通人，李大釗的老師）的事跡；

革命文物反映了從1919年五四運(yùn)動(dòng)到一二·九運(yùn)動(dòng)、抗日戰(zhàn)爭(zhēng)、解放戰(zhàn)爭(zhēng)各個(gè)歷史時(shí)期，南通人民的革命斗爭(zhēng)歷程。文物中有1922年入黨的中國(guó)共產(chǎn)黨黨員吳亞魯創(chuàng)辦的《平民聲》報(bào)，有土地革命時(shí)期的共產(chǎn)黨黨旗，反清鄉(xiāng)斗爭(zhēng)的歷史文獻(xiàn)、證件和武器等。

自然部分有動(dòng)、植物活體、標(biāo)本、化石和礦物。動(dòng)物類有國(guó)外的標(biāo)本，如南洋群島的時(shí)樂(lè)鳥(niǎo)，印度的鱷魚(yú)，俄羅斯的斑鼠，美洲的袋鼠、蜂鳥(niǎo)，朝鮮的筆貝，新加坡的石蠶等標(biāo)本；植物類中有羊齒植物化石、各種果木和藥用植物；礦物類有1910年清末官商合辦的博覽會(huì)南洋勸業(yè)會(huì)結(jié)束后捐贈(zèng)的各省礦石標(biāo)本。

自然標(biāo)本陳列品中，有須鯨亞化石和現(xiàn)代鯨骨骼以及啟東隕石、本地珍稀鳥(niǎo)類和昆蟲(chóng)標(biāo)本。

乘5、8、12、51路均可抵達(dá)南通博物苑。

從南通火車(chē)站乘32路公交線至永興汽車(chē)總站，轉(zhuǎn)乘19路抵小石橋，轉(zhuǎn)51路至南通博物苑；

從南通火車(chē)站乘32路至南通長(zhǎng)途汽車(chē)站，轉(zhuǎn)乘8路至南通博物苑；

從南通火車(chē)站乘41路抵濠西書(shū)苑，轉(zhuǎn)乘51路至南通博物苑。

從南通港上岸后，乘公交4路線抵鐘樓廣場(chǎng)后轉(zhuǎn)乘公交51路可抵達(dá)南通博物苑。

抵南通機(jī)場(chǎng)后乘客運(yùn)班車(chē)至小石橋后轉(zhuǎn)乘51路至南通博物苑。

門(mén)票價(jià)格：全年免票

開(kāi)放時(shí)間：9:00—17:00；16:30謝客入內(nèi)（周一閉館）

2011年12月，獲得中央精神文明建設(shè)指導(dǎo)委員會(huì)授予的“第三批全國(guó)文明單位”榮譽(yù)稱號(hào)。

2021年6月，南通博物苑（張謇紀(jì)念館）被中宣部命名為“全國(guó)愛(ài)國(guó)主義教育示范基地”。