1986年8月2日，吉林省人民政府〔吉政函（1986）131號文〕批準建立吉林省查干湖自然保護區(qū)，列為省級自然保護區(qū)。設立吉林省查干湖自然保護區(qū)管理局，由前郭縣政府領導，吉林省環(huán)境保護局負責業(yè)務指導。

2004年，吉林省人民政府批準了《吉林查干湖省級自然保護區(qū)總體規(guī)劃》。

2007年4月6日，國務院（國辦發(fā)[2007]20號）正式批準查干湖自然保護區(qū)為國家級自然保護區(qū)。

吉林查干湖國家級自然保護區(qū)位于吉林省前郭爾羅斯蒙古族自治縣、乾安縣及大安市境內(nèi)，范圍在東經(jīng)124°03u203228u2033—124°30u203259u2033，北緯45°05u203242u2033—45°25u203250u2033之間。

吉林查干湖國家級自然保護區(qū)地貌主要特征是低平、微波起伏，東南高，西南略高，中央及東北低。查干湖東川頭、西川頭，青山頭一帶地勢較高，為140～160m。在查干湖附近地勢低洼，湖旁殘留有二級河流階地，幾個較大的湖泡水位有所差別，也有一些相對高度不超過5m的砂丘。根據(jù)成因和形態(tài)特征，該區(qū)域地貌可劃分為沖積湖積平原與河谷沖積平原。沖積湖積平原分布于查干湖湖區(qū)低洼處，河谷沖積平原分布于霍林河河谷及嫩江古河道。

(1) 沖積湖積平原

大部分地段為沖積湖積平原，地面高程一般為129～140m，局部140～160m。其中微波狀崗地分布于南部和北部，分布面積較大，表層巖性為第四系上更新統(tǒng)顧?quán)l(xiāng)屯組黃土狀壤土，在查干湖周圍多呈現(xiàn)為侵蝕崗地。微傾斜平地分布于西部及南部，表層巖性為第四系上更新統(tǒng)顧?quán)l(xiāng)屯組黃土狀壤土。湖沼洼地分布于湖泡的周圍，呈草原景觀，表層巖性為全新統(tǒng)湖沼堆積壤土，鹽漬化較發(fā)育。

(2) 河谷沖積平原

分布于西部霍林河河谷和嫩江河谷（庫里泡），地面高程127～132m，發(fā)育有一級階地和河漫灘，查干湖區(qū)為湖沼洼地。表層巖性為全新統(tǒng)沖積壤土、粘土及湖沼堆積的淤泥質(zhì)土類。

吉林查干湖國家級自然保護區(qū)氣候為中溫帶半濕潤大陸性季風氣候，四季分明。年平均日照2879.8小時，年平均氣溫4.5 ℃，無霜期141天，全年有效積溫為2916.8℃，年平均降水量450mm。

查干湖濕地位于吉林省西部半干旱地區(qū)，年徑流量很少，多年平均徑流深在5～10mm左右。年徑流深變化趨勢為區(qū)域中部（霍林河流域和洮兒河流域下游）小于8～10mm，逐漸向兩側(cè)增大。年徑流變差系數(shù)在0.8左右。保護區(qū)主要水源為引松花江水、周邊湖泡來水及區(qū)內(nèi)的天然降水、前郭灌區(qū)排水、霍林河來水、深重澇區(qū)排水等。湖區(qū)多年平均來水量為5.66億立方米，年季變化較大，特別是霍林河干流，在1957～1998年的42年中有連續(xù)20年徑流接近為零。區(qū)域徑流可利用水量為3.56億立方米。

吉林查干湖國家級自然保護區(qū)劃定了核心區(qū)、緩沖區(qū)和實驗區(qū)三個功能區(qū)。其中：核心區(qū)3處（辛甸泡、高家、廟東），面積為155.31平方公里，占保護區(qū)面積的31%；緩沖區(qū)3處，面積193.34平方公里，占保護區(qū)面積38%；其余為實驗區(qū)，面積為158.19平方公里，占保護區(qū)面積的31%。

吉林查干湖國家級自然保護區(qū)主要保護對象是保護半干旱地區(qū)湖泊水生生態(tài)系統(tǒng)、濕地生態(tài)系統(tǒng)和野生珍稀、瀕危鳥類。

查干湖國家級自然保護區(qū)保護區(qū)內(nèi)野生動植物種類豐富，呈現(xiàn)物種多樣性、珍稀性及及生境的典型性等重要特征。截止到2008年，在保護區(qū)棲息繁衍及過往停歇的鳥類共有239種，占遼寧省鳥類總數(shù)的73%。

其中，國家一級重點保護的鳥類有：東方白鸛、黑鸛、丹頂鶴、白頭鶴、白鶴、金雕、白尾海雕、大鴇等8種；國家二級重點保護的鳥類有：大天鵝、白枕鶴、灰鶴、白琵鷺、白額雁、鴛鴦等35種；一、二級重點保護鳥類共43種。陸上野生動物有狼、狐、貉等25種，兩棲爬行類9種，魚類46種，年產(chǎn)量達5000噸，昆蟲446種，植物200種，其中具有藥用價值的149種。地下還蘊藏著豐富的石油和天然氣資源。查干湖漁場2005年胖頭魚總產(chǎn)量3300噸，占中國同類產(chǎn)品的比例為1.5u2030，占吉林省同類產(chǎn)品的18.6%。

保護區(qū)有哺乳類獸類動物25種，隸屬于5目12科。占吉林省獸類總數(shù)（81種）的30.9%。在這25種獸類中食肉類動物計5種，占33.3%。包括狼、赤狐、貉、黃鼬及艾鼬。嚙齒目種類最豐富，計15種。占區(qū)內(nèi)獸類的60%。包括草原黃鼠、三趾跳鼠、黑線倉鼠、布氏田鼠、麝鼠、草原鼢鼠及巢鼠等。此外有兔形目的草原兔，食蟲目的達烏爾猬。有8種為國家要保護的“三有動物”，占區(qū)內(nèi)獸類總數(shù)的53.3%。

水生植物群落

水生植物群落是指生長于湖泊、水庫和池塘中的植物群落。吉林省西部的湖泊密集，占遼寧省面積的6%。查干湖是東北地區(qū)西部最大的天然湖泊。

1、浮水植物：這類植物漂浮于水面，根系懸浮于水中或扎于湖底的泥土中，而葉片及花則漂浮于水面之上。最常見的植物有荇菜、浮萍、多根萍、槐葉萍及菱角等。

2、沉水植物：植物體全部沉于水中，根系固著于水底的泥土中。主要分布于湖泊或池塘的深水區(qū)域。最常見的有菹草、金魚藻、狐尾藻、線葉眼子菜等植物。

沼澤植物群落

查干湖地區(qū)的濕地沼澤可劃分為下列植物群落。

1、蘆葦-苔草群落：該植物群落的形成初期以蘆葦為主，后有苔草侵入，由于常年積水，植物的種類相對較少，以種子植物為主，伴生有少量的苔蘚及蕨類。代表植物有蘆葦、小葉章、小白花地榆、苔草、驢蹄草、箭葉蓼等。

2、香蒲-蘆葦群落：該植物群落在查干湖地區(qū)較為普遍，主要分布于河灘地，地表長期積水，土壤為腐殖質(zhì)沼澤土，常見的植物有香蒲屬的各種植物，如寬葉香蒲、狹葉香蒲及普氏香蒲等。群落的外貌為綠色，夏秋季節(jié)，果穗為褐色，除了香蒲外，蘆葦也不少，其他植物有戟葉蓼、箭葉蓼、節(jié)蓼及杉葉藻等。

3、踏頭沼澤群落：由于地表季節(jié)性積水，形成以塔頭苔草為優(yōu)勢種形成斑點狀的，高約25-40cm，直徑約50cm的草丘，蓋度為90%以上。伴生植物有小葉章、水蓼、狐尾藻等。

4、菖蒲群落：分布于查干湖附近的河灘洼地和中小河流的舊河道中。群落的地表有薄層的積水，一般水深可達10cm左右，雨季可達30-50cm，土壤以淤泥沼澤土為主。植物種類較為貧乏，菖蒲為建群種，蓋度85%左右，伴生植物有苔草、澤芹、水蓼、地瓜兒苗及箭葉蓼等。

5、水稗草群落：此群落大部分為撂荒的水田和農(nóng)田，地表土壤的含水量大，但地表無明顯的積水，蓋度為70%左右。伴生植物有側(cè)莞莎、苔草、千屈菜、狹葉地榆等。

鹽堿化草甸

本地區(qū)內(nèi)的一些地段，因為載畜量過大，因而造成草場嚴重的退化。地上的植被所剩無幾，致使地下的鹽堿成分隨著地下水分的蒸發(fā)而不斷上升，在地表面形成“堿斑”俗稱叫“堿疤瘌”，一塊塊的白色，是草原上的“禿瘡”。只有一些極耐鹽堿的植物才能在上面生長、成活。如西伯利亞蓼、堿蓬、堿地膚及堿茅等。

草甸草原

在查干湖附近地勢較高處，季節(jié)性的洪水淹不到的地方，常有草原區(qū)典型植被的存在。主要代表植物為羊草，為根莖植物，喜生于中性或偏堿性的土壤中，它的適應性強，分布廣。伴生植物有拂子茅、細葉地榆、五脈山黧豆、水蒿、黃花菜等。

雜類草群落

主要分布于低海拔的林間空地或谷地的邊緣。在草原區(qū)形成斑塊狀的分布，沒有明顯的優(yōu)勢植物，其中多為雙子葉植物，花大，色澤鮮艷，五彩繽紛。俗稱為“五花草塘”或“狗肉地”。主要植物有地榆、蚊子草、風毛菊、單穗升麻、桔梗、知母、野豌豆等。在查干湖附近地區(qū)，開墾的農(nóng)田，由于耕作數(shù)年后，土壤的肥力遞減，而當?shù)睾苌偈┓�，所以只有棄耕而另開墾新的荒地，土地撂荒后，任憑雜草叢生。旱田里，多半是耕地的農(nóng)田雜草，如黃蒿、野艾蒿、東北苦菜、苣荬菜等。在撂荒的水田里生長的多半為水田雜草，如水稗草、千屈菜、牛毛氈苔草及苔草等。

人工植被（農(nóng)田）群落

吉林查干湖國家級自然保護內(nèi)的低洼地和水源充足的地方常被開墾為水田，種植水稻。崗地或臨時性的水淹地，則被開墾為旱田，種植玉米、黃豆及高粱等。查干湖附近多為沖積的沙質(zhì)土或沼澤土，土質(zhì)肥沃，種植的莊稼不用施肥或很少施肥。這些田地在年降水量較少時，可以得到較好的收成，一旦雨季洪水泛濫，可能顆粒無收。多年來在湖周圍開墾的農(nóng)田數(shù)量很大，主要是旱田或水田開墾。以至使原有的自然植被覆蓋率大為減少。

木本植物群落

在查干湖地區(qū)也生有少量的木本植物 ，其中一些楊樹及柳樹成塊狀分布，多為人工種植，另有一些樹木或灌木為自然生長，如榆樹、胡枝子及枸杞等。

吉林查干湖國家級自然保護區(qū)成立有查干湖旅游經(jīng)濟開發(fā)區(qū)（省級），開發(fā)區(qū)管委會積極挖掘查干湖歷史文化，依托生態(tài)資源和人文資源快速發(fā)展旅游業(yè)。累計投入資金5億多元，建設了妙因寺、成吉思汗召、王爺府商業(yè)區(qū)等一系列景觀景點，修建了道路、橋梁等基礎設施，開發(fā)了竹筏游湖、水上娛樂、冬網(wǎng)捕魚等游樂項目，完成了游客服務、商貿(mào)服務、郵電通訊等服務設施，把原來的小漁村建設成為國家AAAA級旅游景區(qū)、國家級水利風景區(qū)、全國縣域旅游品牌百強景區(qū)，查干湖冬捕被評為中華百大美景奇觀，成功入選“吉林八景”，被譽為“冰湖騰魚”，單網(wǎng)捕魚最高產(chǎn)量16.8萬公斤被列入世界吉尼斯紀錄。

在旅游規(guī)劃方面，在開發(fā)區(qū)成立之初，聘請了北京大學編制了《查干湖旅游度假區(qū)總體規(guī)劃暨中心區(qū)詳細規(guī)劃》和《查干湖旅游度假區(qū)控制性詳細規(guī)劃》，推動了旅游區(qū)健康發(fā)展；2006年，又重金聘請國內(nèi)知名的甲級設計單位—與英國合資的上海奇創(chuàng)旅游規(guī)劃設計公司進行查干湖旅游戰(zhàn)略運營策劃和詳細規(guī)劃修編，對未來旅游區(qū)發(fā)展指明了發(fā)展方向。

在旅游宣傳方面，連續(xù)舉辦了十屆“中國·吉林查干湖蒙古族民俗旅游節(jié)”和十屆“中國·吉林查干湖冰雪漁獵文化旅游節(jié)”，包括韓日、港澳臺等國內(nèi)外重要新聞媒體紛紛來查干湖采訪報道。旅游節(jié)期間，舉辦了攝影、書畫、詩歌、楹聯(lián)和垂釣等大賽。2006年“查干湖蒙古族民俗旅游節(jié)”和“查干湖冰雪捕魚旅游節(jié)”分別被評為“中國十大民俗類節(jié)慶”和“中國十大自然生態(tài)類節(jié)慶”。分別又被評為“最具旅游人氣中國節(jié)慶”和“最具文化傳承價值中國節(jié)慶”。開發(fā)區(qū)還通過參與、協(xié)助拍攝影視劇等進行宣傳促銷，先后有《圣水湖畔》、《美麗的田野》、《天道無欺》、《成長》和《關東漁王》等影視劇在查干湖拍攝，其中《圣水湖畔》在中央一套及地方臺電視臺熱播后，取得了轟動性的效果，極大地宣傳了查干湖，推動了查干湖旅游業(yè)的迅猛發(fā)展。

查干湖旅游度假區(qū)形成了夏季以大湖濕地、草原風光及蒙古族風情為特色，冬季以冬網(wǎng)捕魚、展現(xiàn)查干湖悠久漁獵文化為主要內(nèi)容，集觀光、娛樂、休閑、度假、餐飲、購物等功能為一體的綜合性旅游區(qū)。

在生態(tài)環(huán)境治理方面，吉林查干湖國家級自然保護區(qū)不斷加大對查干湖水域塌岸治理和植被恢復工作力度。由于吉林查干湖國家級自然保護絕大部分水域岸邊無護坡措施，加上湖岸全部為土質(zhì)結(jié)構(gòu)，抗湖水沖刷能力差，多年來已造成嚴重的水土流失。按照《查干湖自然保護區(qū)規(guī)劃》的總體要求，逐步對塌岸進行全面治理。隨著環(huán)境質(zhì)量的逐步改善，查干湖生物多樣性不斷豐富。2005年，倍受世界鳥類專家關注的世界極危級水鳥黑臉琵鷺在查干湖自然保護區(qū)內(nèi)的云字泡被發(fā)現(xiàn)。黑臉琵鷺全身雪白，臉部黑色，比大天鵝略小些，屬涉禽類。黑臉琵鷺是中國23種瀕危鳥類中被列為世界極危級的五種之一，現(xiàn)全球僅存1000余只。黑臉琵鷺在朝鮮和中國東北部繁殖，大部分在中國東南部及越南越冬。由于黑臉琵鷺是濕地的指示物種，根據(jù)《拉姆薩濕地公約》規(guī)定，如果一個地區(qū)的黑臉琵鷺超過全球數(shù)量的1%，就應該納入國際重要濕地保護區(qū)，因此，吉林查干湖國家級自然保護區(qū)更顯得珍貴。

查干湖濕地通過蒸發(fā)和植物蒸騰，不斷的補充大氣中的水汽，對調(diào)節(jié)吉林省西部半干旱地區(qū)氣候具有重要作用。濕地大量地吸收大氣中的二氧化碳，減緩區(qū)域的溫室效應，凈化環(huán)境，促進污染物沉積或被吸附，多樣化的厭氧環(huán)境，通過多種化學反應可去除污染物。

查干湖特殊的地理環(huán)境，大面積的濕地，以及周邊的高草叢沼澤、沼澤化草甸、草原，使這里的濕地鳥類和草原鳥類居多。周邊林地面積小，依附森林的鳥類較少。眾多的鳥類維系著濕地，濕地又為鳥類提供豐富的食物和棲息繁衍場所。因此，吉林查干湖國家級自然保護區(qū)具有重要的生態(tài)價值和保護意義。