美國(guó)哈佛大學(xué)博士后研究〈1982年—1983年〉。

美國(guó)麻省理工學(xué)院有機(jī)化學(xué)博士〈1979年—1982年〉。

“國(guó)立”臺(tái)灣大學(xué)生化科學(xué)研究所碩士〈1977年〉。

1971年—1979年，臺(tái)灣“中央研究院”生化科學(xué)所有機(jī)生物化學(xué)助理和助理研究員(指導(dǎo)教授為“中研院”王光燦院士)。

1983年—1989年，美國(guó)德州Texas A & M University大學(xué)化學(xué)助理教授、副教授、教授。

1987年—1989年，美國(guó)德州Texas A & M University大學(xué)生物化學(xué)系、生物物理系，以及生物科學(xué)和技術(shù)學(xué)院教授。

1991年—1999年，日本理化研究所尖端科學(xué)醣科技實(shí)驗(yàn)室主任。

1993年—1999年，美國(guó) NIH Bioorg. and Natural Products Chemistry Study Section Member

Bioorg . and Med. Chem. 主編

2000年—2003年，美國(guó)National Research Council on Chemical Sciences and Technology Board Member

2000年—，德國(guó)Max-Planck-Institute（Dortmond）Scientific Advisor

2000年，主持“中央研究院”生物化學(xué)多醣體研究室。

2003年—2006年，“中央研究院”基因體研究中心特聘研究員兼中心主任。

1986—1991年，年輕領(lǐng)袖研究發(fā)現(xiàn)獎(jiǎng)，美國(guó)總統(tǒng)杰出青年化學(xué)獎(jiǎng)〈Presidential Young Investigator in Chemistry〉。

1993年，美國(guó)化學(xué)協(xié)會(huì)Arthur C. Cope學(xué)術(shù)人員獎(jiǎng)〈American Chemical Society A. C. Cope Scholar Award〉。

1994年，獲選為“中央研究院”第二十屆院士〈Academician, Academia Sinica, R. O. C.〉，國(guó)際碳水化合物獎(jiǎng)〈The IUPAC International Carbohydrate Award〉。

1995年，Carbohydrate Division Wolfram Award

1996年，獲選為美國(guó)人文與科學(xué)學(xué)院會(huì)員〈Fellow, American Academy of Arts and Science〉。

1998年，Harrison Howe Award in Chemistry

1999年，Claude Hudson Award in Carbohydrate Chemistry，

2000年，國(guó)際酵素工程獎(jiǎng)〈The International Enzyme Engineering Award〉，美國(guó)總統(tǒng)綠色化學(xué)獎(jiǎng)〈The Presidential Green Chemistry Award〉

2002年4月30日，獲選為美國(guó)國(guó)家科學(xué)院院士（Member, The US National Academy of Sciences）。

2005年，American Chemical Society Award for Creative Work in Synthetic Organic Chemistry

2006年5月，被選為新一任“中央研究院院長(zhǎng)”。

2014年1月，獲得沃爾夫化學(xué)獎(jiǎng)(Wolf Prize in Chemistry)。

世界首位成功以酵素技術(shù)大量合成復(fù)雜多醣物〈多醣及醣勝肽〉的科學(xué)家。這兩種方法目前也被工業(yè)界用來(lái)開(kāi)發(fā)治療心臟病、中風(fēng)及各種發(fā)炎疾病的新藥。

有機(jī)生物和合成化學(xué)，包括以酵素和化學(xué)酵素方法為基礎(chǔ)的新合成辦法研發(fā)、合理的設(shè)計(jì)和酵素抑制劑的合成、碳水化合物和相關(guān)物質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能以及合成研究、碳水化合物模擬疾病的發(fā)展、分子同本生物和蛋白質(zhì)工程學(xué)，以及結(jié)構(gòu)方法學(xué)。

翁院長(zhǎng)對(duì)很復(fù)雜的多醣體和醣蛋白的合成，有非常多原創(chuàng)性的貢獻(xiàn)。

曾擔(dān)任過(guò)無(wú)數(shù)國(guó)際科學(xué)會(huì)議演講人。曾在諾貝爾研討會(huì)上發(fā)表了有關(guān)“催化非對(duì)稱性合成”的專題演講。

2016年4月20日，翁啟惠被列為涉背信罪的他字案被告。在浩鼎掛牌前，以每股不到40元新臺(tái)幣的低價(jià)，轉(zhuǎn)讓3000張股票給翁啟惠的女兒翁郁琇，后者因此獲利10多億元。翁啟惠等人被質(zhì)疑涉及內(nèi)線交易和背信，引起臺(tái)灣各界廣泛關(guān)注。

2017年1月9日，臺(tái)灣士林地檢署偵結(jié)“浩鼎案”，認(rèn)定“中研院”前院長(zhǎng)翁啟惠涉嫌以女兒為人頭賬戶收受臺(tái)灣浩鼎生技公司股票，涉期約、收受賄賂罪嫌，依貪污罪起訴翁啟惠。同日，翁啟惠發(fā)表聲明稱，對(duì)士林地檢署穿鑿附會(huì)、濫行起訴，深感震驚與憤慨，將在司法程序，全力捍衛(wèi)清白。浩鼎也聲明稱，公司堅(jiān)信經(jīng)營(yíng)團(tuán)隊(duì)之清白，當(dāng)事人均已委請(qǐng)律師進(jìn)行處理。