吳長純喜談兵略，研究古今治亂海內(nèi)形勢。吳長慶甚器重之。又教之學(xué)游武庠，旋武舉。朝鮮亂作，隨族兄吳長慶赴朝鮮戡定“壬午兵變”，為裨將。時(shí)朝鮮王妃失蹤，國王懸賞二萬金求獲王妃，吳長純率部獲致于陰竹長湖院村，卻謝金不授，任駐朝鮮慶軍幫帶。吳長慶病逝后，吳長純駐防旅順。以平朝鮮功，擢副將。光緒二十年（1894年），中日甲午戰(zhàn)爭事起，旅順失利，吳長純感奮泣下。先是日兵來攻，吳長純率后部為先鋒，扼小平島、半南山各隘，七戰(zhàn)皆捷。不久日軍聚集過來，吳長純?cè)O(shè)伏力援，得免覆沒。吳長純自十月與日寇接仗，六十余日，皆在槍林彈雨中，沖鋒冒險(xiǎn)，屢瀕于危。襟袖下裳為彈洞穿，乘騎中槍仆地，猶氣不稍餒，仍欲收復(fù)失地。而各將不用吳長純之策，且長純僅率部千人，傷已過半，力不能支。后因練軍有方，授記名提督、天津鎮(zhèn)總兵、新建陸軍步兵右翼第二營統(tǒng)帶、北洋常備軍第二鎮(zhèn)翼長、陸軍第四鎮(zhèn)和第五鎮(zhèn)統(tǒng)制。