歸國后先后任國立東南大學(xué)、建國法商學(xué)院、國立北京大學(xué)教授，北京女子大學(xué)、東北大學(xué)教務(wù)長，南京國立第四中山大學(xué)社會系主任。1933年任江西省政府委員兼省經(jīng)濟(jì)建設(shè)委員會主任委員�？箲�(zhàn)期間任省農(nóng)業(yè)院院長，主持省督導(dǎo)糧食增產(chǎn)委員會工作。為促進(jìn)江西農(nóng)業(yè)發(fā)展，引進(jìn)國內(nèi)外農(nóng)、林、牧優(yōu)良品種，開辦各種試驗場等。1941年“皖南事變”發(fā)生后，陳毅受命重整新四軍，缺乏糧餉，找到蕭純錦尋求幫助。他不顧安危，盡可能滿足陳毅的要求，并護(hù)送陳毅安全離去。1947年，南昌大學(xué)生為反饑餓、反迫害上街游行，與國民黨軍警發(fā)生沖突，蕭純錦特地去醫(yī)院看望被軍警打傷的學(xué)生，引起國民黨政客不滿，受到排擠，于1948年離任赴上海，任誠明文學(xué)院商學(xué)系主任、大同大學(xué)教授。新中國成立后，任上海貿(mào)易學(xué)院、上海復(fù)旦大學(xué)教授、上海市政協(xié)委員。“文化大革命”中受迫害逝世。著有《經(jīng)濟(jì)學(xué)》《國際貿(mào)易學(xué)》。